新規O血清群に属する志賀毒素産生性大腸菌のゲノム構造と病原因子の解析

2013 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 25460540
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Research Institution: University of Miyazaki
• Principal Investigator: 井口 純 宮崎大学, IR推進機構, 助教 (00437948)
• Project Period (FY): 2013-04-01 – 2016-03-31
• Keywords: 志賀毒素産生性大腸菌 / O血清群 / ゲノム / 進化系統

Research Abstract

大腸菌の新規O血清群株について、ゲノム情報を基盤とした遺伝学的特徴の解析を行った。2011年に大腸菌のレファランスセンターであるデンマーク国立血清研究所（Statens Serum Institut：SSI）により新しく6種類のO血清群（O182からO187）が追加された。これらの新規O血清群は、前回2004年にSSIにより8種類（O174からO181）が追加された時と同様に、志賀毒素産生性大腸菌（Shiga toxin-producing E. coli：STEC）に見出された未同定のO血清群が追加されたと予想された。SSIより入手した新規O血清群STEC参考株を用いて病原関連遺伝子（stx1, stx2, eae）の保有をPCRにより確かめたところ、O182：stx1/eae、O183：stx2、O185：stx1/stx2、O186：stx2/eaeであり、O184とO187はいずれも陰性（non-STEC）であった。7種類のハウスキーピング遺伝子の配列情報を基に系統分類を行ったところ、O184およびO186は系統Aグループ、O181およびO182はB1グループ、O183およびO185はB2グループに分類された。MiSeqシステムにより各株のドラフトゲノムを取得し、まずはO抗原コード領域を抽出してそれぞれのO血清群に特異的なPCRプライマーをデザインした。これまでに収集したヒト患者およびウシ糞便由来株STECについて特異的PCRを行ったところ、O182-9株、O183-12株、O185-1株が確認された。

Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

SSI参考株を用いた病原関連遺伝子保有の確認、進化系統解析、ドラフトゲノムの取得など、計画に沿った内容を実施できた。さらに26年度以降に計画していた検出法の開発についてはH25年度に先行して実施しており、計画以上の進展が見られる。

Strategy for Future Research Activity

ヒト患者およびウシ糞便分離株より鑑別したO182、O183、O185株のドラフトゲノムを取得し、SSI参考株とあわせた比較ゲノム解析により各グループ内での遺伝学的特徴の相違を明らかにする。