環境癌における3p21領域ゲノム構造異常の詳細解析

2014 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 25460710
• Research Institution: Hyogo Medical University
• Principal Investigator: 江見 充 兵庫医科大学, 医学部, 特別招聘教授 (90221118)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 玉置 知子(橋本知子) 兵庫医科大学, 医学部, 教授 (10172868) ; 吉川 良恵 兵庫医科大学, 医学部, 助教 (10566673)
• Project Period (FY): 2013-04-01 – 2016-03-31
• Keywords: ゲノム不安定性 / ゲノムコピー数 / 環境癌 / アレイCGH / MLPA

Outline of Annual Research Achievements

昨年度見出した悪性中皮腫でBAP1以外にゲノム再構成しやすい3遺伝子について、検体数を増やし塩基配列解析による変異検出を実施したところ、これら遺伝子は複数検体で点突然変異や数塩基の挿入/欠失などの変異が検出された。さらに、生殖細胞系列に機能喪失型バリアントも少数例だが検出された。よって昨年度見出した遺伝子が腫瘍化に寄与する可能性がより高まった。
一方、昨年度構築した3p21領域の高解像度ゲノムコピー数解析用CGHアレイを用い、腎細胞癌と悪性中皮腫合わせて24検体のゲノムコピー数解析を実施した。解析に用いた悪性中皮腫検体については、Laser Capture Microdissectionを実施し、正常組織の混入率低下を目指した。にもかかわらず、いずれの検体もコピー数変化が小さく、ノイズとの判別が難しかった。上記の3遺伝子についてはわずかながらコピー数変化の可能性が示された。またアレイ解析前にBAP1のMLPA解析も実施し、本遺伝子を欠失する検体が含まれることをあらかじめ確認していたが、いずれのエクソンもコピー数変化は捉えられなかった。原因究明としてマイクロサテライト解析等を実施し、まだ正常組織が5～7割残存していることが判明した。Mbに及ぶコピー数変化であれば腫瘍割合が2割でも検出実績があり上記状況でも検出できることを期待していたが、数百bp～数Kbのコピー数変化は本アレイでも検出しにくいことが判明した。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

成果は出ているが、概要欄で記載した通り昨年度から引き続き微小領域のゲノムコピー数変化を捉えることの難しさを克服できずにいる。CGHアレイ解析前にLaser Capture Microdissectionし、抽出ゲノムDNAをマイクロサテライト解析，real-time PCRやBAP1 MLPA解析を実施し、腫瘍中の正常組織の混入率を5割以下にする必要があり、検体の準備にかなり手間取っている。

Strategy for Future Research Activity

できる限り純化した腫瘍検体を用いCGHアレイ解析を引き続き実施し、前述した3遺伝子以外にゲノム構造異常を生じ易い遺伝子を探索する。しかし、万全でないことはこれまでの検討から予想される。そこで、少なくとも候補3遺伝子については、アレイ以外の手法でゲノム構造異常検出系の確立を目指す。MLPAはエクソン単位でコピー数解析が可能であり、比較的精度が高いが、これら遺伝子のMLPAキット市販品は無いため、自身で構築する必要がある。

Causes of Carryover

物品購入時、値引きにより計画より値段が下がった分、わずかだが残った。

Expenditure Plan for Carryover Budget

残額はごくわずかだが次年度分と合わせて、計画的に使用予定である。次年度はMLPAキット構築のためのプローブ合成代金などの物品費と、人件費に充当したい。