環境癌における3p21領域ゲノム構造異常の詳細解析

2015 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 25460710
• Research Institution: Hyogo Medical University
• Principal Investigator: 江見 充 兵庫医科大学, 医学部, 非常勤講師 (90221118)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 玉置 知子 (橋本知子) 兵庫医科大学, 医学部, 教授 (10172868) ; 吉川 良恵 兵庫医科大学, 医学部, 助教 (10566673)
• Project Period (FY): 2013-04-01 – 2016-03-31
• Keywords: ゲノム再構成 / 悪性中皮腫 / BAP1 / SETD2

Outline of Annual Research Achievements

初年度構築した3p21領域の高解像度ゲノムコピー数解析用CGHアレイを用い、合計で腎細胞癌6検体と悪性中皮腫33検体のコピー数解析を実施した。後者については、Laser Capture Microdissectionにより、正常組織の混入率低下を心がけた。両腫瘍のゲノム再構成の状況は大きく異なり、腎細胞癌では3p21全体に及ぶと思われる1アレル欠損が見られるのみであったが、悪性中皮腫検体ではoscillating copy-number patternsが観察され、61％(20/33)の検体に2アレル欠損が観察された。2アレル欠損が見られた20検体内では1検体でのみ欠損が観察された遺伝子を含め合計46遺伝子の欠損が検出され、多くは個々に独立に欠損していた。3p21領域内の2アレル欠損位置には2つのクラスターが見られ47-48 Mb (SETD2, SCAP) と 52-53 Mb (BAP1, PBRM1) に集中していた。SCAPの欠損は特定intron領域で生じたが、他の遺伝子では欠損位置は検体間で異なった。悪性中皮腫ではSETD2, SMARCC1, BAP1 PBRM1について、NGSシーケンス解析による変異検出を実施したところ、SMARCC1を除き、これら遺伝子は複数検体で点突然変異や数塩基の挿入/欠失などの変異も検出された。NGSシーケンスデータを用いたコピー数解析も実施し、2アレル欠損頻度はシーケンスレベル頻度より多いか、同等であった。

Research Products

• [Int'l Joint Research] University of Hawaii/Cancer Center/Thoracic Oncology Program(米国)
  • Country Name: U.S.A.
  • Counterpart Institution: University of Hawaii/Cancer Center/Thoracic Oncology Program
• [Int'l Joint Research] New York University/Langone Medical Center/Department of Cardiothoracic Surgery(米国)
  • Country Name: U.S.A.
  • Counterpart Institution: New York University/Langone Medical Center/Department of Cardiothoracic Surgery
• [Journal Article] Frequent genomic rearrangements of BRCA1 associated protein-1 (BAP1) gene in Japanese malignant mesothelioma-characterization of deletions at exon level (2015)
  • Author(s): Emi M, Yoshikawa Y, Sato C, Sato A, Sato H, Kato T, Tsujimura T, Hasegawa S, Nakano T, Hashimoto-Tamaoki T
  • Journal Title: J Hum Genet Volume: 60（10） Pages: 647-649
  • DOI: 10.1038/jhg.2015.91
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] High Incidence of Somatic BAP1 Alterations in Sporadic Malignant Mesothelioma. (2015)
  • Author(s): Nasu M, Emi M, Pastorino S, Tanji M, Powers A, Luk H, Baumann F, Zhang YA, Gazdar A, Kanodia S, Tiirikainen M, Flores E, Gaudino G, Becich MJ, Pass HI, Yang H, Carbone M.
  • Journal Title: Journal of thoracic oncology Volume: 10 Pages: 565-576
  • DOI: 10.1097/JTO.0000000000000471
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Differences with BAP1- and PBRM1-mutations among malignant mesotheliomas and renal cell carcinomas (2015)
  • Author(s): 吉川良恵、江見充、佐藤鮎子、大搗泰一郎、辻村亨、中野孝司、玉置（橋本）知子
  • Organizer: 日本癌学会総会
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場(愛知県、名古屋市）
  • Year and Date: 2015-10-08 – 2015-10-10