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2013 Fiscal Year Research-status Report

p53標的大型介在性非コードRNAの同定と機能解析による消化器発癌機構の解明

Research Project

Project/Area Number 25460929
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Research InstitutionSapporo Medical University

Principal Investigator

井戸川 雅史  札幌医科大学, 医学部, 講師 (00404749)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
Keywordsp53 / lincRNA / 癌 / ChIP-seq / lncRNA / non-coding RNA
Research Abstract

p53は,細胞がDNA障害などのストレスを受けた際に細胞死を誘導する最も重要な癌抑制遺伝子のひとつであり,消化器癌でも高頻度に変異が認められる.そこで,ゲノム網羅的p53結合配列のコンピュータ解析と,次世代シーケンサーによるクロマチン免疫沈降産物解析(ChIP-seq)を組み合わせることで,p53の直接的な転写標的の同定を試みた.
まず,p53結合モチーフRRRCWWGYYY+spacer+RRRCWWGYYYを用いたp53結合配列予測アルゴリズムによりin silicoでヒトゲノムの全塩基配列を検索したところ,636,233のp53結合配列候補が同定された.次に,p53が欠失している癌細胞に対してアデノウイルスを用いてp53を導入しChIP-seqを行ったところ,36,089,861のリード配列が得られた.この配列をBowtieソフトウェアを用いてヒトゲノムと照合したところ,48.9%が適切にマッピングされた.マッピングされた配列を元にMACSソフトウェアを用いてリードの積層によるピークを検出したところ,8630領域が認められた.このうちin silicoで同定されたp53結合配列候補を含むものは1447(16.8%)であった.この中には,既知のp53標的遺伝子であるp21やMDM2が含まれていたことから,解析手法に問題はないと考えられた.
In silico p53結合配列解析とChIP-seqで同定された領域について,近傍に存在する長鎖遺伝子介在性非コードRNA(large intergenic non-coding RNA, lincRNA)をその遺伝子座情報を用いて検索したところ,約150のlincRNAが存在することが明らかとなった.今後,これらのlincRNAについて発現および機能解析を進めていく予定である.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

大きな問題なくほぼ申請時の計画の通りp53の標的候補lincRNAが抽出されており,今後の研究も支障なく遂行できると考えられるため.

Strategy for Future Research Activity

lincRNAは通常のコード遺伝子と異なり発現量が少ないため,その点に留意して実験手法を工夫しつつ研究を進めていきたい.

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

研究の進展状況により,使用額が予定額を下回ったため.
少額のため次年度の研究に組み入れて使用する.

  • Research Products

    (4 results)

All 2013

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (3 results)

  • [Journal Article] AKR1B10, a transcriptional target of p53, is downregulated in colorectal cancers associated with poor prognosis.2013

    • Author(s)
      Ohashi T, Idogawa M, Sasaki Y, Suzuki H, Tokino T.
    • Journal Title

      Molecular Cancer Research

      Volume: 11 Pages: 1554-1563

    • DOI

      10.1158/1541-7786.MCR-13-0330-T

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ゲノム網羅的p53結合領域解析によるp53ファミリーの転写標的となる大型遺伝子介在性非コードRNA(lincRNA)の同定と機能解析2013

    • Author(s)
      井戸川 雅史
    • Organizer
      第36回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      20131203-20131203
  • [Presentation] ゲノム網羅的p53結合領域解析によるp53ファミリーの転写標的となる大型介在性非コードRNA(lincRNA)の同定と機能解析2013

    • Author(s)
      井戸川 雅史
    • Organizer
      第72回日本癌学会学術総会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20131004-20131004
  • [Presentation] Identification of novel p53 family target genes by ChIP-Seq and mRNA expression analysis combined with genome-wide p53-binding motif analysis in silico.2013

    • Author(s)
      Masashi Idogawa
    • Organizer
      6th p63/p73 International Workshop.
    • Place of Presentation
      Chiba
    • Year and Date
      20130916-20130917

URL: 

Published: 2015-05-28  

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