全エクソンシークエンスによる大腸癌の染色体不安定性の原因となる新規遺伝子の同定

2013 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 25460956
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Research Institution: Nagoya City University
• Principal Investigator: 澤田 武 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 臨床研究医 (60345626)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 鈴木 拓 札幌医科大学, 医学部, 教授 (20381254) ; 山本 英一郎 札幌医科大学, 医学部, 助教 (60567915)
• Project Period (FY): 2013-04-01 – 2016-03-31
• Keywords: 大腸癌 / 遺伝子解析 / 染色体不安定性

Research Abstract

臨床検体に関して、札幌医科大学倫理委員会、研究協力施設である秋田赤十字病院倫理委員会の承認を得て、既に採取、保有されているものを用いる予定であった。しかし、検体に若干の不足があったため、新たに名古屋市立大学大学院医学研究科倫理審査委員会の承認を得て、名古屋市立大学病院でも検体の採取、DNA抽出を行うことができる体制を整えた。具体的には、以前に大腸内視鏡検査で大腸の早期癌と腺癌が共存する病変（腺腫内癌）が発見された患者を対象とし、内視鏡治療の際に拡大内視鏡で観察を行い、異なる表面構造を伴う部位からそれぞれ組織採取を行うこととした。その後に病変を一括切除し、組織を採取した領域の病理所見を確認することにより、腺腫部分と癌部分から正確に組織採取が行われているかを判断できるようにした。
さらに、新たに同定された腺腫内癌の癌部分における、増幅や欠失などのDNAコピー数変化の解析をcomparative genomic hybridization（CGH）アレイ法によって行う予定としていたが、その約半数の解析を終了した。今後、症例を重ね、DNAコピー数変化のクラスタリング解析を行い、欠失が優位な群、増幅が優位な群、微小変化群に分類を行う。その後、全エクソンシークエンス解析を行い染色体不安定性の原因となる遺伝子変異を検索するのに適した病変を抽出する予定である。加えて、大腸癌で従来報告されてきた遺伝子変異と、染色体不安定性との関連が示唆される（細胞周期関連遺伝子などの）遺伝子をパネル化し、腺腫内癌の腺腫部分で変異解析を行う予定である。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

CGHアレイ解析、シークエンス解析の遅延。主研究者の所属研究機関の変更により、連携が取りにくくなっている点も理由の一つである。

Strategy for Future Research Activity

CGHアレイ解析、シークエンス解析の遂行。
シークエンス解析を行うため、容量の大きなデータを解析可能なコンピューターを購入し、データ解析のセットアップを行う。
腺腫における全エクソンシークエンス解析が費用の点で施行困難であれば、従来大腸癌において変異が報告されている遺伝子と、（細胞周期関連遺伝子などの）染色体不安定性と関連が疑われる遺伝子をパネル化し、その特定遺伝子のみの変異解析を行うことも検討する。その後、コピー数変化のクラスターと変異を認めた遺伝子群との関連を調べることとする。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

解析の遅延により、物品費の使用が少なかったため。
解析を進め、試薬などの物品費の購入を行う。