全エクソンシークエンスによる大腸癌の染色体不安定性の原因となる新規遺伝子の同定

2014 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 25460956
• Research Institution: Nagoya City University
• Principal Investigator: 澤田 武 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (60345626)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 鈴木 拓 札幌医科大学, 医学部, 教授 (20381254) ; 山本 英一郎 札幌医科大学, 医学部, 助教 (60567915)
• Project Period (FY): 2013-04-01 – 2017-03-31
• Keywords: 染色体不安定性

Outline of Annual Research Achievements

臨床検体に関して、札幌医科大学倫理審査委員会、研究協力施設である秋田赤十字病院倫理審査委員会の承認を得て、既に採取、保有されているものを用いる予定であったが、不足があったため、新たに名古屋市立大学大学院医学研究科倫理審査委員会の承認を得て、名古屋市立大学病院でも検体の採取、核酸抽出を行うことができる体制を整えた。具体的には、内視鏡検査もしくは治療の際に、病変部と背景粘膜からそれぞれ組織採取を行う、また、表面構造の異なる部位があれば、それぞれの部位から組織採取を行うこととした。さらに、DNAのみでなく、RNAも抽出、保存することとした。臨床検体の採取、採取した検体からの核酸の抽出、保存を開始したが、採取の目標とする病変が少なく、解析に十分な臨床検体が確保できていないのが現状である。
また、増幅や欠失などのDNAコピー数変化の解析をcomparative genomic hybridization（CGH）アレイ法によって行う予定としていたが、その約半数の解析が終了している。今後、症例を重ね、DNAコピー数変化のクラスタリング解析を行う予定である。
その後、染色体不安定性の原因となる遺伝子変異を検索するのに適した病変を抽出する予定である。加えて、大腸癌で従来報告されてきた遺伝子変異と、染色体不安定性との関連が示唆される（細胞周期関連遺伝子などの）遺伝子をパネル化し、変異解析を行う予定である。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

臨床検体の採取、採取した検体からの核酸の抽出、保存を行う体制が整ったが、採取の目標とする病変が少なく、臨床検体の収集が遅れている。そのため、解析に十分な臨床検体が確保できていないのが現状である。

Strategy for Future Research Activity

臨床検体の確保に努力する。臨床検体の収集が困難であれば、解析対象を腺腫内癌ではなく、他の前癌病変に変更することも検討する。
また、全エクソンシークエンス解析が費用の点で施行困難であれば、従来大腸癌において変異が報告されている遺伝子と、（細胞周期関連遺伝子などの）染色体不安定性と関連が疑われる遺伝子をパネル化し、その特定遺伝子のみの変異解析を行うこととする。また、遺伝子メチル化の解析なども検討する。

Causes of Carryover

全エクソンシークエンスなどを行わなかったため、試薬や解析にあてる物品費が未使用となっているため。また、旅費も使用していない。

Expenditure Plan for Carryover Budget

今年度に解析を行うため、試薬などにあてることとする。また、学会発表のための旅費にも用いる。