2015 Fiscal Year Annual Research Report
次世代シーケンサーを用いた潰瘍性大腸炎病原ウイルスの同定
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25460961
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
松岡 克善 東京医科歯科大学, 医歯(薬)学総合研究科, 寄附講座講師 (40307393)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 潰瘍性大腸炎 / 病原ウイルス / 次世代シーケンサー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
潰瘍性大腸炎(ulcerative colitis; UC)は、大腸の慢性炎症に伴い下痢・血便・腹痛などの症状を引き起こす、原因不明の疾患である。患者数は年々増加し、現在日本では若年者を中心に約18万人以上の患者がいる。
次世代シーケンサーは、従来のサンガー法によるシーケンサーとは異なり、既知の配列情報を必要とせず、大量の塩基配列を一度に決定可能なため、未知の病原ウイルスの同定に用いられるようになってきている。
本研究では、UCの病因として未知の腸炎ウイルスを想定し、次世代シーケンサーを用いて、UC病原ウイルスを同定することを目的としている。
同意を得たUC患者7名より大腸内視鏡検査施行時に大腸粘膜組織を採取し、RNAを抽出、cDNAに変換後、次世代シーケンサー(Illumina社・MiSeq)で網羅的に塩基配列を決定した。ここで得られた塩基配列情報からBLASTおよびMega BLASTを用いて、ヒトや最近などの既知の塩基配列情報を除去し、BLASTXおよびBLASTNによる相同性解析から、候補ウイルス配列を抽出した。その結果、1サンプルあたり300以上のウイルス由来の可能性のある配列が得られた。得られた主なものは、Human endogenous retrovirus, Stealth virus, Monkeypox virusなどに類似した配列であった。
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[Journal Article] Ulcerative Colitis Endoscopic Index of Severity Is Associated with Long-term Prognosis in Ulcerative Colitis Patients Treated with Infliximab2016
Author(s)
Keiichiro Saigusa, Katsuyoshi Matsuoka, Shinya Sugimoto, Mari Arai, Hiroki Kiyohara, Kozue Takeshita, Shinta Mizuno, Kiyoto Mori, Kosaku Nanki, Tatsuya Takeshita, Yoshihiro Nakazato, Tomoharu Yajima, Makoto Naganuma, Tadakazu Hisamatsu, Haruhiko Ogata, Yasushi Iwao, Takanori Kanai
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Journal Title
Digestive Endsoscopy
Volume: 印刷中
Pages: 印刷中
DOI
Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
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