2015 Fiscal Year Annual Research Report
卓上型次世代シーケンサーを用いた白質脳症の遺伝子診断法の開発と遺伝的背景の解明
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25461287
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| Research Institution | Yokohama City University |
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Principal Investigator |
上田 直久 横浜市立大学, 附属市民総合医療センター, 准教授 (00305442)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
土井 宏 横浜市立大学, 医学部, 講師 (10326035)
田中 章景 横浜市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (30378012)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 白質脳症 / ターゲットキャプチャー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
白質脳症の原因として知られる55種類の遺伝子についてエクソンキャプチャーキットを設計し、Iｌlumina社卓上次世代シーケンサーMiSeqを用いた白質脳症原因遺伝子スクリーニング法の確立を行うことを目的とした研究である。
平成25年度はカスタムキャプチャーキットの作成を行った。Agilent社SureSelectでカスタムキャプチャーキットの設計を行った。白質脳症に関連する遺伝子として知られる55遺伝子を選択し、5’-UTR、3’-UTRを含めた転写産物上の全配列に対象領域を設定した。対象遺伝子のうち、45遺伝子で解析対象領域を100％のカバーするベイトの設計が可能であり、残る9遺伝子についても96％以上のカバー率で設計することができた。高血圧性脳梗塞や脱髄性疾患、感染性疾患など原因の明らかな白質病巣を呈する症例は除外して、原因不明の白質脳症検体の収集を行い、現在までに69例について、カスタムキャプチャーキットを用いた症例の解析を終了した。
結果、対象全遺伝子のdepth of coverageは平均で200とコピー数解析も十分可能なデータが得られた。また、30遺伝子でターゲット部位100%が10 x以上のリード数であり、全遺伝子においても平均98.7%の部位が10 x以上のリード数で解析できた。明らかに病的と判断できる変異としてはNOTCH3変異4例（未報告変異1例を含む）、EIF2B2変異1例、POLR3変異1例であり、診断確定したの8.7%であった。さらに既報告の変異でないが、表現型から原因である可能性が高いものとして、NOTCH3変異2例、CSF1R変異1例、APP変異1例、GLA変異1例を同定した。これらについては今後病的意義を検討する予定である。本研究の条件において収集した白質脳症においてはCADASILが最も多く、その他の稀少疾患も診断可能であることが示唆された。
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