2014 Fiscal Year Research-status Report
異所性脂肪蓄積の遺伝素因と環境因子の検索と前向き追跡調査での検証
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25461343
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
堀田 紀久子 京都大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (30360639)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
北本 卓也 京都大学, 医学(系)研究科(研究院), その他 (10456882)
北本 綾 京都大学, 医学(系)研究科(研究院), その他 (30381627)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 非アルコール性脂肪肝疾患 / メチル化 / 次世代シークエンサー / PNPLA3 / RNAシークエンス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は非アルコール性脂肪肝疾患（NAFLD）関連遺伝子領域に存在するPNPLA3、SAMM50、PARVB遺伝子の発現調節領域に存在する4ヶ所のCpG island（CpG99、CpG71、CpG26、CpG101）のメチル化解析と上記3遺伝子の発現解析を行った。NAFLD患者65名から採取した肝生検の組織からゲノムとRNAを抽出した。ゲノムをバイサルファイト処理し、PCRでCpG islandを含む領域を増幅し次世代シークエンサーでメチル化レベルを測定した。CpG26でNAFLDの繊維化に伴いメチル化が低下していることを明らかにした。CpG99では繊維化に伴いメチル化が増加し、PNPLA3の発現の低下が認められた。CpG99の変化はPNPLA3上のI148M多型のリスク型（MM）で顕著であり、IM型及びII型では繊維化によるメチル化やPNPLA3の発現の有意な変化は認められなかった。CpG26のメチル化低下はどちらの遺伝子多型でも認められた。CpG26のメチル化低下とCpG99のメチル化増加はC型肝炎での繊維化にも関連していることを明らかにし、肝臓疾患における繊維化においてこの2ヶ所のCpG islandのメチル化が重要であること、またNAFLDにおけるメチル化の変化の関与は遺伝子多型により影響を受けることを示し、論文報告を行った。
DNAメチル化チップを用いて48名のNAFLD患者の肝臓ゲノムのメチル化解析をゲノムワイドに行い、解析を行った。また、メチル化チップ解析を行った48名を含む53名の同じ肝臓組織より抽出したRNAを用いて次世代シークエンスを行った。
NAFLD発症に重要な因子であるアディポネクチン値とインスリン抵抗性に関して、ADIPOQ遺伝子上のSNPが女性においてアディポネクチン値とインスリン抵抗性に関連していることを示し、論文報告を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
本年度までにターゲットのゲノム解析とエピゲノム解析（DNAメチル化、RNA発現解析）を終了し、論文報告まですることが出来た。ゲノムワイドなメチル化解析とRNA発現解析の実験をほぼ終了したので、目標を予想より早く達成している。残すは解析のみである。追跡調査も連携研究者と進めており、論文投稿中である。
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| Strategy for Future Research Activity |
RNAシークエンスが終了したので、その解析を行う。解析の結果、有意差のついた遺伝子に関してはqPCRにて別サンプルで確認を行う。メチル化チップ解析結果の統計解析を行う。27年度は最終年度であるので、これらの研究について、論文にまとめいくことを中心に行う。
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Research Products
(7 results)
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[Journal Article] ADIPOQ polymorphisms are associated with insulin resistance in Japanese women.2015
Author(s)
Kitamoto A, Kitamoto T, So R, Matsuo T, Nakata Y, Hyogo H, Ochi H, Nakamura T, Kamohara S, Miyatake N, Kotani K, Mineo I, Wada J, Ogawa Y, Yoneda M, Nakajima A, Funahashi T, Miyazaki S, Tokunaga K, Masuzaki H, Ueno T, Chayama K, Hamaguchi K, Yamada K, Hanafusa T, Oikawa S, Sakata T, Tanaka K, Matsuzawa Y, Hotta K
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Journal Title
Endocr J
Volume: 62
Pages: 513-521
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] Targeted-bisulfite sequence analysis of the methylation of CpG islands in genes encoding PNPLA3, SAMM50, and PARVB of patients with nonalcoholic fatty liver disease.2015
Author(s)
Kitamoto T, Kitamoto A, Ogawa Y, Honda Y, Imajo K, Saito S, Yoneda M, Nakamura T, Nakajima A, Hotta K.
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Journal Title
J Hepatol
Volume: 印刷中
Pages: 印刷中
DOI
Peer Reviewed
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