2015 Fiscal Year Annual Research Report
自己免疫疾患における腸管自然免疫を介したＴリンパ球機能スペクトラムの制御
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25461488
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| Research Institution | St. Marianna University School of Medicine |
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Principal Investigator |
清水 潤 聖マリアンナ医科大学, 医学部, 准教授 (30509964)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 腸内細菌叢メタゲノミクス / ベーチェット病 / Tリンパ球 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、近年目覚ましく発展している腸内細菌メタゲノム解析データが、ヒトリンパ球機能と相関しているという仮説のもとに、健常人および自己免疫疾患患者におけるそれぞれのパラメータを収集および解析するものである。
平成27年度は、ベーチェット病12検体、健常人12検体まで測定検体を増やし、解析および論文作成を実施した。解析においては、昨年同様にオープンソースのQIIMEソフトウェアを中心に実施した。具体的には、元データの2.4GBのFastqファイル（テキストファイル、遺伝子約8千4百万リード数の解析結果）を同ソフトでフィルタリング・アノテーション・クラスタリングを実施した。その結果の菌種構成割合を統計処理するとともに、さらに同ソフトでαおよびβ多様性を計算した。
また同データを、PICRUStというソフトにて解析することによって、菌種構成の分岐図を作成し、引き続き有意差をもって疾患およびコントロールそれぞれに優勢となっている菌遺伝子機能を検討した。
以上の結果、ベーチェット病に特徴的な菌種構成が得られ、そのことを論文化・投稿し採択された（Shimizu J et al. PLOS ONE、印刷中）。また、菌遺伝子機能までの情報をまとめて邦文誌に総説を投稿した（清水ら アレルギーの臨床 2016;36:147-152）。このベーチェット病における腸内細菌叢遺伝子機能のデータは、他疾患のデータと比較し論文化する予定である。
上記の結果より、本研究の柱の一つである末梢血の「T細胞機能」の検討は大幅に簡略化可能と判断し、プロトコール作成を完了させた。すでに研究機関を本学に加え三宿病院、自衛隊中央病院、ともクリニックまで拡張しているが、今後さらに、横浜市立大学病院付属市民総合医療センター（炎症性腸疾患センター）および防衛医科大学校病院（消化器内科、膠原病アレルギー内科）も参加予定である。
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