2013 Fiscal Year Research-status Report
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25462868
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| Research Institution | Kagoshima University |
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Principal Investigator |
小松澤 均 鹿児島大学, 医歯(薬)学総合研究科, 教授 (90253088)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
松尾 美樹 鹿児島大学, 医歯(薬)学総合研究科, 講師 (20527048)
大貝 悠一 鹿児島大学, 医歯(薬)学総合研究科, 助教 (40511259)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | う蝕原因菌 / 歯周病原因菌 / バクテリオシン / small RNA / 細菌叢 |
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| Research Abstract |
平成25年度においては口腔内細菌の産生するペプチドを解析するため、まず最初に歯周病原因菌であるAggregatibacter actinomycetemcomitans (Aa)におけるペプチドをコードするsmall RNAの解析を行うこととした。Aa菌の産生するペプチドおよび発現調整性RNAの解析のために、網羅的にsmall RNAの同定を、ゲノム情報解析およびRNA解析により試みた。 Small RNAの解析のためには遺伝子間領域に置いて詳細な情報が必要となる。しかし、Aa HK1651株の公開されているゲノム情報においては不明瞭な点もも認められたため、in silico Molecular Cloning ソフトウェアを用い正確な遺伝子化領域の決定を行った。今後、RNA-seqを行うことによりAa HK1651の全転写産物の発現性を解析し、遺伝子間やアンチセンス鎖に発現が見られる領域を新規small RNAの候補として解析する予定である。これまでに、RNA-seqのために必要なtotal RNAの精製を種々の方法を用いて行い、最適な方法（酸性フェノール法）を確立した。以後、rRNAの除去を行い、MiSeqにて解析予定である。
RNAの解析と並行して、乳酸菌の産生するバクテリオシンに対するレンサ球菌、特に化膿性レンサ球菌への感受性について検討を行った。乳酸菌の産生するナイシン（Nisin A）およびナイシン産生菌を用いて、感受性試験を行った結果、感受性に違いが認められたもののいずれも感受性を示した。また、化膿性レンサ球菌におけるナイシン感受性に影響を及ぼす因子を同定した。現在、ナイシン産生菌と口腔内レンサ球菌との共培養試験法の確立のための実験を開始した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
う蝕原因菌および歯周病原因菌の産生する実際のペプチドの解析の進捗が悪い。これは、RNAの解析が予想以上に困難で、ゲノム情報を用いた解析を自身でする必要が生じたためにやや進捗が遅れた。しかし、RNAseqの準備はすでに完了しており、次年度には結果が出ると期待している。また、化膿性レンサ球菌のバクテリオシン感受性に関する検証を先に進めたために、種々の口腔内細菌の産生するペプチドの網羅解析の遅れが生じた。
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| Strategy for Future Research Activity |
１）RNAの解析：RNAseqより得られた情報をもとにAa菌の産生するペプチドの網羅的解析を行う。必要に応じて定量性PCR、ノーザン解析などにより詳細な検証を行う。Aa菌が平成26年度で完結した場合には他の歯周病原因菌について解析を行っていく。
２）Aa菌の産生するペプチドについて高速液体クロマトグラフィー（HPLC）を用いて同定を行い、RNA解析の結果と照合する。
３）ミュータンス菌および歯周病原因菌の産生するペプチドの解析・同定をHPLCを用いて行う。主要なペプチドは精製を行い、性状について検討する。
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