2014 Fiscal Year Research-status Report
歯周病病原菌由来ペプチド分解酵素に関する構造機能相関研究
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25462872
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| Research Institution | Iwate Medical University |
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Principal Investigator |
阪本 泰光 岩手医科大学, 薬学部, 助教 (00349036)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | S46 / DPP / Antibiotics / Perio |
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| Outline of Annual Research Achievements |
今年度は、歯周病菌由来S46ファミリーDPP11の結晶化スクリーニングを実施し、構造解析に十分な分解能を持つ結晶の作製に成功した。14年度末までに60セットの回折強度データを高エネルギー加速器研究機構とSPring-8にて収集し、昨年構造解析に成功した同じファミリーに属するDAP BIIの立体構造をモデル構造とした分子置換法を試みたが、成功しなかった。そのため、セレノメチオニン化DPP11の結晶から得られたデータを利用した多波長異常分散法による位相決定と精密化を進めている。また、最も高分解能のデータはJAXAとの共同研究で得られた微小重力下で結晶化したDPP11の結晶から得られており、MADで位相決定した構造と共に精密化を進めている。歯周病菌由来DPP11及びDPP7と同じS46ファミリーに関するDAP BIIの複合体についても構造解析に成功し、その成果を論文として発表した。DAP BIIと歯周病菌DPP7の基質特異性は類似しているため、DPP7の基質認識機構の解明に役立つと考えられる。また、S46ファミリーの酵素は歯周病菌だけでなく多剤耐性菌であるStenotrophomonas maltophiliaにも存在し、そのペプチド代謝系に重要であることから歯周病菌だけでなくグラム陰性糖非発酵性病原菌に対する阻害剤の創出に貢献できる。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
歯周病菌や多剤耐性菌の生育に重要なS46ファミリーの酵素であるDAP BIIの立体構造を世界で始めて明らかにした。今年度は、同じS46ファミリーに属する歯周病菌DPP11の結晶化及び構造解析に成功しつつあり、立体構造に基づく阻害剤の探索が可能となりつつある。
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| Strategy for Future Research Activity |
歯周病菌DPP11の構造解析を実施し、本研究で明らかにしたDAP BIIの構造を基にしたDPP7の予測構造及びDPP11の立体構造を用いたインシリコスクリーニングとヒットした化合物による化合物アッセイを実施する。
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| Causes of Carryover |
インシリコスクリーニングの準備が遅れているためと研究協力者の出張旅費の回数が予定よりも少なかったため。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
次年度は、病原菌由来S46ファミリーの酵素の構造解析と、構造解析に成功した酵素の立体構造を用いたインシリコスクリーニングとそのヒット化合物による化合物アッセイを実施する予定である。
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[Journal Article] S46 peptidases are the first exopeptidases to be members of clan PA.2014
Author(s)
Sakamoto Y, Suzuki Y, Iizuka I, Tateoka C, Roppongi S, Fujimoto M, Inaka K, Tanaka H, Masaki M, Ohta K, Okada H, Nonaka T, Morikawa Y, Nakamura KT, Ogasawara W, Tanaka N.
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Journal Title
Scientific Reports
Volume: 4
Pages: 4977
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
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[Presentation] Structural basis of exopeptidase activity of a dipeptidyl aminopeptidase BII, a member of the family S46 peptidases.2014
Author(s)
Sakamoto Y, Suzuki Y, Iizuka I, Tateoka C, Roppongi S, Fujimoto M, Inaka K, Tanaka H, Masaki M, Ohta K, Okada H, Nonaka T, Morikawa Y, Nakamura KT, Ogasawara W, Tanaka N.
Organizer
15th International Conference on the Crystallization of Biological Macromolecules.
Place of Presentation
ハンブルグ（ドイツ）
Year and Date
2014-09-17 – 2014-09-17
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[Presentation] Crystal Structure analyses of dipeptidyl aminopeptidase BII from P. mexicana WO24.2014
Author(s)
Sakamoto Y, Suzuki Y, Iizuka I, Tateoka C, Roppongi S, Fujimoto M, Inaka K, Tanaka H, Masaki M, Ohta K, Okada H, Nonaka T, Morikawa Y, Nakamura KT, Ogasawara W, Tanaka N.
Organizer
The 23rd Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography.
Place of Presentation
モントリオール（カナダ）
Year and Date
2014-08-11 – 2014-08-11
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[Presentation] Crystal Structures of Dipeptidyl aminopeptidases from Pseudoxanthomonas mexicana WO24.2014
Author(s)
Roppongi S, Suzuki Y, Iizuka I, Tateoka C, Fujimoto M, Inaka K, Tanaka H, Masaki M, Ohta K, Okada H, Morikawa Y, Nakamura KT, Ogasawara W, Tanaka N, Sakamoto Y, Nonaka T.
Organizer
New York Structural Biology Discussion Group Summer Meeting.
Place of Presentation
ニューヨーク（米国）
Year and Date
2014-08-05 – 2014-08-05
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[Presentation] Crystal structure studies of dipeptidyl aminopeptidase BII from Pseudoxanthomonas mexicana WO24.2014
Author(s)
Sakamoto Y, Suzuki Y, Iizuka I, Tateoka C, Roppongi S, Fujimoto M, Inaka K, Tanaka H, Masaki M, Ohta K, Okada H, Nonaka T, Morikawa Y, Nakamura KT, Ogasawara W, Tanaka N.
Organizer
The 28th Symposium of the Protein Society
Place of Presentation
サンディエゴ（米国）
Year and Date
2014-07-27 – 2014-07-27
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