重度歯周病原細菌のnon-coding RNA検索とその動態

2015 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 25463230
• Research Institution: Nihon University
• Principal Investigator: 平塚 浩一 日本大学, 松戸歯学部, 教授 (80246917)
• Project Period (FY): 2013-04-01 – 2016-03-31
• Keywords: non-coding RNA / 細菌 / 歯周病 / Red complex

Outline of Annual Research Achievements

平成26年度に調整し直したTannerella forsythia, Treponema denticola およびA. actinomycetemcomitansの３菌種の次世代シークエンサーによる塩基配列の解読を行った。Tannerella forsythiaに関しては解読後のシークエンスがレファレンスゲノムと一致せず，培養方法をプレート培養に変え，再度サンプルを取り直した上で塩基配列の解読を行った。次世代シーケンサHiSeq2000 を使用し，解析は，Paired-Endとし，読み取り塩基長は100 塩基／１リード, 参考取得リード数は2000 万リード, 参考取得データ量は2Gbとした。出力データの解析・カタログ化として，（１）ベースコール，（２）フィルタリング，（３）レファレンスとなる細菌ゲノム塩基配列へのマッピング処理を行い，各遺伝子の発現状態（発現の有無とその量）と遺伝子領域でないゲノム上からの non-coding RNA 発現の予測を行った。予測には，細菌を含めた non-coding RNA 予測が可能な Sanger Institute データベース Rfam (http://rfam.sanger.ac.uk/) と，口腔内細菌に特化し，non-coding RNA を独自で予測しいる Los Alamos データベース [Oral pathogens non-coding small RNA prediction] で得られる領域を同時にマッピングして，新規の領域を含め解析を行った。続いて，全coding RNA（遺伝子）に加え，解析結果より予測されたnon-coding RNAの両方のプローブを設計し，発現解析用のカスタムマイクロアレイを作製して，各環境変化に対しての遺伝子およびnon-coding RNA の発現プロファイリングを検証し，興味ある結果が得られた。