2014 Fiscal Year Annual Research Report
位置間の進化系統距離に基づくインフルエンザウイルス塩基配列集合の解析
| Project/Area Number |
25540137
|
|---|
| Research Institution | Kyushu Institute of Technology |
|---|
Principal Investigator |
平田 耕一 九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 教授 (20274558)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
伊藤 公人 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 教授 (60396314)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
|
| Keywords | 進化系統樹 / 進化系統樹カーネル / 塩基配列カーネル / 機械学習 / インフルエンザウイルス |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は，昨年度に引き続き，塩基配列の集合から進化系統樹を推定し，その進化系統樹の葉のラベルをある位置の塩基に置き換えた再ラベル進化系統樹，および，再ラベル進化系統樹に近隣剪定法を適用して得られた剪定進化系統樹を解析するための進化系統樹カーネルを設計し実装することで，塩基配列位置の解析を進めた．進化系統樹カーネルとしては，最近共通先祖と葉のラベルを保存するマッピングを数え上げる合致部分木マッピングカーネル，および，葉と葉の間のパスを数え上げる葉間パスカーネルを導入した．
そして，これらの進化系統樹に加えて，配列カーネル，重集合カーネル，文字列カーネルという塩基配列を直接入力とする塩基配列カーネルを比較対象として，インフルエンザウイルスのパンデミック解析や地域間相違解析，および，パッケージングシグナル位置解析に取り組んだ．
その結果，塩基配列カーネルは，パンデミック解析とパッケージングシグナル位置解析では高精度での分類に成功したものの，地域間相違解析では分類に失敗した．また，合致部分木マッピングカーネルはパンデミック解析と地域間相違解析では高精度の分類に成功したものの，パッケージングシグナル位置解析では分類に失敗した．一方，葉間パスカーネルでは，パンデミック解析，地域間相違解析，パッケージングシグナル位置解析のいずれの場合も高精度での分類に成功した．
|
