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2015 Fiscal Year Annual Research Report

非平衡非定常現象への統計科学の展開と生体分子の機能発現機構に対するその応用

Research Project

Project/Area Number 25610105
Research InstitutionNara Women's University

Principal Investigator

戸田 幹人  奈良女子大学, 自然科学系, 准教授 (70197896)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 高見 利也  大分大学, 工学部, 教授 (10270472)
福水 健次  統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (60311362)
藤崎 弘士  日本医科大学, 医学部, 准教授 (60573243)
Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
Keywords時系列解析 / ウェーブレット変換 / 主成分解析 / 正準相関解析 / 生体分子 / 情報縮約 / 集団運動
Outline of Annual Research Achievements

生体分子を代表例とする大自由度力学系に対して、重要な集団自由度を抽出する解析手法を開拓した。非定常な時系列から、時々刻々変化する振動モードを抽出するウェーブレット変換と、情報縮約に用いられる主成分解析・正準相関解析を組み合わせ、変動する集団運動を解析する。これらの手法を、化学反応のミニマルモデル、振動エネルギー移動をモデル化するフェルミ・パスタ・ウラム結合振動子系、生体分子の分子動力学データに応用した。化学反応のミニマルモデルとフェルミ・パスタ・ウラム振動子系では、振動子間のエネルギー移動を解析する手法により、非定常なエネルギー移動の変化点を特定できる可能性を明かにした。より本格的な反応過程への応用は今後の課題である。生体分子の分子動力学データに対しては、個々のアミノ酸残基の振動運動の相関を解析することにより、タンパク質において複数の2次構造が関与する集団運動の存在を示した。この集団運動はアロステリック効果とも関係する可能性があり、生体分子の機能発現など、生命現象において重要な過程を明かにする方向を示している。ここまでは振動運動を中心とする解析であるが、振動運動のみならず、減衰運動や増大する過程に対しても、これらの手法を拡張する手法の開拓が望まれる。これらは今後の課題である。

  • Research Products

    (17 results)

All 2016 2015

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Acknowledgement Compliant: 5 results,  Open Access: 1 results) Presentation (12 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 6 results)

  • [Journal Article] Mechanism and Experimental Observability of Global Switching Between Reactive and Nonreactive Coordinates at High Total Energies2015

    • Author(s)
      H. Teramoto, M.Toda, H.Kono, M.Takahashi, T.Komatsuzaki
    • Journal Title

      Physical Review Letters

      Volume: 093003 Pages: 093003,5 pages

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.115.093003

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Breakdown Mechanisms of Normally Hyperbolic Invariant Manifolds in terms of unstable periodic orbits and homoclinic/heteroclinic orbits in Hamiltonian Systems2015

    • Author(s)
      H. Teramoto, M.Toda, T.Komatsuzaki
    • Journal Title

      Nonlinearity

      Volume: 28 Pages: 2677-2698

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1088/0951-7715/28/8/2677

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] A coarse graining method to extract cooperative modes of water molecules2015

    • Author(s)
      H. Teramoto, M.Toda, T.Komatsuzaki
    • Journal Title

      Advances in Science, Technology and Environmentology

      Volume: 11 Pages: 7-11

    • DOI

      no DOI

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Understandings of Chemical Reaction Dynamics in terms of Dynamical System Theory2015

    • Author(s)
      H. Teramoto, M.Toda, T.Komatsuzaki
    • Journal Title

      AIP Conf. Proc.

      Volume: 1702 Pages: 090042 ,4 pages

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1063/1.4938850

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] A network structure of emotional interactions in an electronic bulletin board2015

    • Author(s)
      H.Adachi, M.Toda
    • Journal Title

      Proceeding of Social Modeling and Simulations + Econophysics Colloquium

      Volume: no volume Pages: 311-322

    • DOI

      10.1007/978-3-319-20591-5_28

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] 結合振動子系における多様な動的現象の解析32016

    • Author(s)
      森田紗代、戸田幹人
    • Organizer
      日本物理学会年会
    • Place of Presentation
      東北学院大学
    • Year and Date
      2016-03-20
  • [Presentation] Fermi-Pasta-Ulam結合振動子系における動的緩和現象の解析42016

    • Author(s)
      神戸舞、冨士香奈、戸田幹人
    • Organizer
      日本物理学会年会
    • Place of Presentation
      東北学院大学
    • Year and Date
      2016-03-20
  • [Presentation] Dynamical Reaction Theory Beyond Conventional Statistical Reaction Theory2015

    • Author(s)
      Mikito Toda
    • Organizer
      Workshop on "Theory of Gas Phase Scattering and Reactivity for Astrophysics"
    • Place of Presentation
      Max-Planck Institute for Extraterrestrial Physics, Munchen, Germany
    • Year and Date
      2015-11-27
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 大自由度力学系の特徴集出2015

    • Author(s)
      戸田幹人
    • Organizer
      ワークショップ「大自由度分子系における化学反応機序の理解と制御」
    • Place of Presentation
      北海道大学
    • Year and Date
      2015-11-01
    • Invited
  • [Presentation] 大自由度力学系の集団運動2015

    • Author(s)
      戸田幹人
    • Organizer
      研究会「非線形現象の捉え方」
    • Place of Presentation
      福岡工業大学セミナーハウス
    • Year and Date
      2015-10-10
    • Invited
  • [Presentation] Fermi-Pasta-Ulam結合振動子系における動的緩和現象の解析32015

    • Author(s)
      神戸舞、冨士香奈、戸田幹人
    • Organizer
      日本物理学会秋季大会
    • Place of Presentation
      関西大学
    • Year and Date
      2015-09-17
  • [Presentation] 特異点論を用いた非断熱交差の安定性と分岐の解析2015

    • Author(s)
      寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
    • Organizer
      日本物理学会秋季大会
    • Place of Presentation
      関西大学
    • Year and Date
      2015-09-16
  • [Presentation] Geometry and Dynamics in systems of more than 2 dof2015

    • Author(s)
      Mikito Toda
    • Organizer
      Workshop on "Geometry of Chemical Reaction Dynamics in Gas and Condensed Phases"
    • Place of Presentation
      Telluride Science Research Center
    • Year and Date
      2015-08-05
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Dynamical reaction theory from micro to macro through mesoscopic levels2015

    • Author(s)
      Mikito Toda
    • Organizer
      R. Stephen Berry Tribute Symposium
    • Place of Presentation
      Telluride Science Research Center
    • Year and Date
      2015-06-25
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Time-frequency approach to molecular dynamics simulation of proteins2015

    • Author(s)
      Mikito Toda
    • Organizer
      Workshop on "The Complexity of Dynamics and Kinetics from Single Molecules to Cells"
    • Place of Presentation
      Telluride Science Research Center
    • Year and Date
      2015-06-18
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] A Global Dynamical Switching of a Reaction Coordinate and its Experimental Observability2015

    • Author(s)
      寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
    • Organizer
      第31回化学反応討論会
    • Place of Presentation
      北海道大学
    • Year and Date
      2015-06-03
  • [Presentation] 非線形動力学に依拠した情報発掘法の開拓と生体分子への応用2015

    • Author(s)
      戸田幹人
    • Organizer
      第5回物質・デバイス領域共同研究拠点報告会
    • Place of Presentation
      九州大学
    • Year and Date
      2015-04-20

URL: 

Published: 2017-01-06  

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