長鎖非コード／アンチセンスＲＮＡを標的にした薬剤耐性がん細胞抑制の新戦略

2013 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 25640067
• Research Category: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• Research Institution: Kochi University
• Principal Investigator: 清澤 秀孔 高知大学, 医学部, 准教授 (30295422)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 近藤 伸二 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(新領域融合研究センター及びライフサイ, 大学共同利用機関等の部局等, 准教授 (30415161) ; 加藤 英政 埼玉医科大学, 医学部, 講師 (50292123)
• Project Period (FY): 2013-04-01 – 2015-03-31
• Keywords: 薬剤耐性 / 非コードRNA / アンチセンスRNA / エピジェネティクス / トランスクリプトーム / RNA-seq

Research Abstract

ヒト肺腺がん由来細胞株PC9細胞にて抗がん剤gefitinibを用いて薬剤耐性株を作製した。先行論文を参考にして8-12uMの濃度が我々の条件下では最適であった。すなわち薬剤投与後、7-10日程度でほとんどの細胞が死滅し、生き残った細胞（DTP細胞）が薬剤下でほぼ分裂を停止した状態で存在し、約1ヶ月後にもとのPC9細胞に近い分裂能を有する状態（DTEP細胞）となった。
これらオリジナルのPC9細胞、DTP細胞、DTEP細胞からtotal RNAを単離し、次世代シーケンサーによりRNA-seqを行った。配列決定の際、内在性のアンチセンスRNAを効率的に解析するため、鎖特異的な配列決定を行った。また、ポリA鎖の無いRNAもしくは非常に長鎖のRNAも解析の対象とするため、ポリAセレクションを行ったRNAと共に、total RNAの両方のRNA-seqを行った。
mRNAに対してtotal RNAの発現が有意に高い遺伝子座や内在性のアンチセンスRNA転写に注目しつつ、現在、上記3種類の細胞のトランスクリプトーム解析を行っている。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

順調にDTP細胞、DTEP細胞を作製することができ、RNA-seqが完了している。

Strategy for Future Research Activity

3種類の細胞のトランスクリプトームの違いを解析し、アンチセンスRNAや非コードRNAによりエピジェネティックな制御の関与が予想される領域を特定する。そのようなRNAが存在すれば、ノックダウン、強制発現などにより機能解析を行う。
同時にDTP細胞やDTEP細胞を特徴付ける新規マーカーなどの探索を行う。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

次世代シーケンサーによるRNA-seqの部分がゲノム支援に採択されたため。
条件を変えた次世代シーケンシングもしくは更なる機能解析へ使用する。