2014 Fiscal Year Research-status Report
非モデル生物を用いた異質倍数体形成を介した植物の種分化の分子機構解明
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25650129
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
楠見 淳子 九州大学, 比較社会文化研究科(研究院), 准教授 (20510522)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 種分化 / 異質倍数体 / RAD-seq / 共種分化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
昨年度は、得られた材料のうち、オオヤマイチジク、オオトキワイヌビワ、トキワイヌビワ計4個体を用い、RAD-seq法により分子マーカーの開発を行った。これまでに4個体で相同な約10MBの領域の配列を得ている。これらの相同配列のうち、種内あるいは種間で約14万個のマーカー候補座位を同定した。そのうち約４万箇所に種間および種内変異が見つかっている。
また、前年度に引き続き小笠原父島、母島の調査、採集を行った。今回は２つの島に分布するオオトキワイヌビワ、トキワイヌビワのサンプルを各島で採集し、種間だけでなく島間での遺伝的分化の程度を明らかにするための材料を得ている。今回の調査では、特に、オオトキワイヌビワの形態が多様性に富んでいることを発見した。オオトキワイヌビワは、同じ島内でも生息環境によって明確な樹形の違い(匍匐性、灌木、立木)がみられる。形態的変異と遺伝的変異の関連性についても今後検討する。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
RAD-seq法の実験手法の改善に時間を要したため、やや実験が遅れている。
多数の個体を解析対象とした場合、得られるリード数が制限される中で、より多くの共通配列を得ること、各配列のリード数をなるべく揃えることが今後のデータ解析の信憑性に大きく影響する。これを克服するため、使用する制限酵素やライブラリの精製方法を検討し、実験手法を確立した。26年度末に行った実験では、良好な結果を得ている。今後はさらに個体数を増やして配列解析を行い、種間、集団間の遺伝的分化の程度を明らかにする。
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| Strategy for Future Research Activity |
異質倍数体はゲノムサイズが大きいうえに、相同な配列の中から２系統の祖先配列に由来するアレルを識別する必要がある。今回得られたRAD-seqの解析結果では、トキワイヌビワ（二倍体）、オオトキワイヌビワ（二倍体）、オオヤマイチジク（異質四倍体）の相同配列の中に、明らかに変異量の多い座位を見いだすことができた。従って、アレル頻度と変異量をもとに２系統の祖先配列に由来するアレルを識別することが可能と考えられる。25年度に行った核遺伝子マーカーを用いた変異量の解析の結果と比較しながら、慎重に解析を進める。
今後は、既存の多型検出プログラムによるデータ解析を進めると共に、変異量を指標にアレルの同定と頻度推定を行うプログラムの開発を進める。
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| Causes of Carryover |
25年度に当該助成金で購入する予定であったコンピューター（予算、約50万円）を別経費で購入することができたため、物品費の支出が抑えられている。26年度は追加の試薬等の購入を行ったが、25年度の余剰分が継続して繰り越しになっている。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
繰越分はMiseqに使用する試薬類の購入に使用する。個体あたりのリード数を増やし、多型データの正確性を高めることにより、アレルの同定、アレル頻度の推定に十分なデータを得たいと考えている。また、当初の計画以上のサンプル数を得ており、できるだけ多くの個体で配列解析を行いたいと考えている。
旅費、人権費についてはほぼ計画通りの使用状況になっている。27年度は、配列解析、データ解析を中心に研究を進める。
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