2015 Fiscal Year Research-status Report
放線菌における系統分類と生産物質のデータベース化と新規生産株の簡易検出法の開発
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25650136
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| Research Institution | National Institute of Advanced Industrial Science and Technology |
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Principal Investigator |
北川 航 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生物プロセス研究部門, 研究グループ付 (60415669)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | Rhodococcus / gyrB / antibiotics |
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| Outline of Annual Research Achievements |
放線菌の詳細な系統分類を1つの遺伝子で行うために適したものはgyrB(DNAジャイレースサブユニットB)もしくはrpoB(RNAポリメラーゼβサブユニット)である事がこれまでに分かっている。ロドコッカス属細菌は近年抗生物質生産菌としても認識されてきていることから、また公開データベースにもストレプトマイセス属細菌と比べて数が少ない事から、本属のgyrB遺伝子を広く解析した。すでに抗生物質(抗菌タンパク・ペプチドを含む)を生産する事が明らかになっている25株に加え、非生産株約30株の遺伝子解析を取得した。また公開データベースからも30株程度取得したが、短い部分配列である場合が多く、極めて保存性の高い本遺伝子において詳細な解析には不向きな場合が多かった。系統解析の結果、同じ抗生物質を生産するグループは系統的に極めて近い集団である事が改めて示された(1233塩基にわたって完全に同一の配列)。しかしその他の株は特に目立ったブランチを形成せず、それぞれお互いに少しずつ離れた系統である事が示された。これらの株は抗生物質生産菌とは認識されていないが、もし活性がある株であればgyrB配列のみで既知の生産菌とは区別されたはずであり、判別法としては少なくともロドコッカスでは可能であった。
データベース化の作業としては既知の抗生物質生産菌の物質、16S rRNA遺伝子、gyrB遺伝子配列の整理を進めた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
ロドコッカスのゲノム解析、gyrB解析については順調に進めることができている。しかしその他の放線菌を含めた抗生物質生産株と抗生物質、遺伝子配列に関するデータベース化には非常に時間がかかっており、やや遅れている。
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| Strategy for Future Research Activity |
データベース化にかなり時間がかかっているが、一旦情報を集めてしまえば単純作業となる部分も多い。この点は人数をかけて最新の関連データを多数取得出来る様に工夫して進める。文献調査などでは比較的容易に論文、データが得られるものがある一方、古い文献などは入手に時間がかかる、またgyrBのデータは存在せず、株が手に入らないなど自身での解析にも限界がある。近年発表のものにある程度的を絞る、あるいは知り合いの放線菌学者にも協力をして頂くなどの方策をとる。
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| Causes of Carryover |
研究計画のうち微生物やDNAを扱うウェットな実験系とデータを扱うドライな解析系において、特にウェットな実験系で当初計画よりも効率的・効果的に進めた結果、直接経費をかなり節約することができた(研究所内外の研究者の協力を得ることも出来た)。これによりドライな解析がやや後ろ倒しになった。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
実験に必要な消耗品に使用すると共に、データベースの構築のために人員を集め、その謝金などに使用する予定。またこれまでの成果の発表のため学会参加費、旅費に使用する予定。
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