2014 Fiscal Year Annual Research Report
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25660006
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
安井 康夫 京都大学, (連合)農学研究科(研究院), 助教 (70293917)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
相井 城太郎 新潟薬科大学, 応用生物科学部, 助教 (10391591)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | ソバ / 育種 / 変異スクリーニング / NGS |
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| Outline of Annual Research Achievements |
【変異導入（M1作成）】
EMS処理を施した約1,000個体のM1ソバと重イオンビーム照射を行った約1,000個体のM1ソバを圃場に展開し、１個体あたり1－4粒ずつ採取した。
【M2植物育成】
本課題では数多くのM2ソバを管理・育成・採種し、DNA抽出を行うことが重要となる。このため、ソバを悪天候の影響を受けないハウス内で栽培し、DNA抽出を行った。また通常のソバ（秋ソバ）は気温が高い８月播種となるため、ハウス栽培は不可能となる。このため、春栽培品種（春の息吹）を利用した。また、９６穴の紙ポットを利用して格子状に栽培することにより、DNA抽出用の葉のサンプリングを効率化した。EMS集団および重イオンビーム集団を1,000個体程度ずつ育成し、DNAを抽出した。
【実験】
２５年度では超音波破砕機（コバリス）を用いてPCR産物の断片化を実施していた。しかしながら、本研究では多くのサンプル（３０サンプル）を処理する必要がある。このため、本年度はイルミナ社から販売されているタグメンテイションキットを導入し、時間・労力の効率化を図った。タグメンテイション後のDNA断片サイズの分布は50bp程度から1Kbp程度と広い範囲となった。そこで、次世代シーケンサ（Hiseq2000）を利用する際には断片化後のDNAを磁性ビーズ（AMpure）を用いて、200bp－500bp程度のサイズを選抜した。本キットではDNAの断片化とバーコードアダプターの付加が同時に実施されるため、非常にスピーディーに実験を行えた。
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