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2015 Fiscal Year Annual Research Report

代謝工学による高等植物の代謝デザインと有用物質生産

Research Project

Project/Area Number 25660084
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

平井 優美  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, チームリーダー (90415274)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
Keywords数理モデル / 代謝 / 高等植物 / メタボローム
Outline of Annual Research Achievements

本研究は、微生物発酵などで行われてきた代謝工学の理論を高等植物に導入し、合理的な代謝改変を行って短期間に目的とする作物を開発することを最終目標とする。微生物などの単細胞生物で、代謝物数の少ない小さい代謝系を対象に用いられてきたフラックスバランス解析(FBA)やバイオケミカルシステム理論(BST)を、高等植物のゲノムスケールの代謝系に適用し、グルコシノレートなどの健康機能成分の生合成経路のボトルネックや不要な経路を予測して実験的に検証することを目的としている。
平成27年度は、前年度に確立した薬剤添加により誘導される遺伝子過剰発現株および遺伝子機能破壊株を主に用いて解析を行なった。BSTにより構築したシロイヌナズナのアミノ酸代謝の数理モデルを用い、当該遺伝子の過剰発現および機能破壊による代謝変動のシミュレーションを行ったところ、実際に観察されたアミノ酸量の変動と部分的な不一致が認められた。この不一致を説明するための数理解析を行ない、これまでに知られていない遺伝子発現制御を予測し、実験的に検証することができた。また、特定の有用アミノ酸の蓄積量を増大させるためのボトルネックを予測した。以上の結果を論文にまとめ、近く投稿予定である。

  • Research Products

    (5 results)

All 2016 2015 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (3 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Mathematical modeling and dynamic simulation of metabolic reaction systems using metabolome time series data.2016

    • Author(s)
      Sriyudthsak K, Shiraishi F, Hirai MY
    • Journal Title

      Front. Mol. Biosci.

      Volume: 3 Pages: 1-3

    • DOI

      10.3389/fmolb.2016.00015

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Prediction of unknown regulation in a metabolic pathway using omics time-series data.2016

    • Author(s)
      シユタサ カンスポーン,澤田有司, 桑原亜由子,佐藤心郎,尾之内 均,内藤哲,平井優美
    • Organizer
      第57回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      盛岡
    • Year and Date
      2016-03-19
  • [Presentation] 時系列オミクスデータに基づく代謝ネットワーク解析2016

    • Author(s)
      平井優美
    • Organizer
      CRESTシンポジウム「トランスオミクスによる生命システムの解明」
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2016-03-04
    • Invited
  • [Presentation] オミクス時系列データに基づく代謝経路 と制御の予測2015

    • Author(s)
      シユタサ カンスポーン、桑原 亜由子、 澤田 有司、佐藤 心郎、尾之内 均、 内藤 哲、平井 優
    • Organizer
      第33回日本植物細胞分子生物学会(東京)大会・シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2015-08-11
  • [Remarks] PASMet

    • URL

      http://pasmet.riken.jp/

URL: 

Published: 2017-01-06  

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