2014 Fiscal Year Annual Research Report
非完全ランダムプライマーによる網羅的ウイルス検出法の開発
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25670271
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
中村 昇太 大阪大学, 微生物病研究所, 助教 (90432434)
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2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | メタゲノム / 感染症 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
我々は近年急速に発展している次世代シーケンサーによるメタゲノム解析を応用した感染症診断システム“メタゲノミック診断法”を開発している。この方法では、特異的プライマーや病原体毎に異なる複雑な処理なしに、検体中の核酸を完全ランダムプライマーによる増幅後、網羅的に配列解読し病原体由来遺伝子を検出する。これまでの取組みからメタゲノミック診断法の実用化にとって解決すべき課題は、臨床検体中に多く含まれるヒトゲノムの存在により検出感度が下がる問題である。そこでホストゲノムのメタゲノムデータ中の相対量を減少させるような非完全ランダムプライマーセットのデザインやDNA分解酵素を用いたメタゲノム解析のプロトコル改善を行った。非完全ランダムプライマーセットの検討を行ったが、ホストゲノムの期待通りの低減化効率は得られていない。現在、さらにプライマーセットの検討を進めている。また次世代シークエンス自体のスループットの向上に合わせた解析システムの改良とメタゲノム解析プロトコルの改善を行った。この改良したメタゲノム解析法により、大阪大学医学系研究科と共同で、アレルギー性気管支炎例からアスペルギルス・フミガタスとツキヒロタケの共感染や重症肺炎例からメタニューモウイルスの共感染、また感染性心内膜炎例の3例からEnterococcus faecalis、Streptococcus mutans、Streptococcus sanguinis を同定した。
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[Journal Article] Emergence of infectious malignant thrombocytopenia in Japanese macaques (Macaca fuscata) by SRV-4 after transmission to a novel host.2015
Author(s)
Okamoto M, Miyazawa T, Morikawa S, Ono F, Nakamura S, Sato E, Yoshida T, Yoshikawa R, Sakai K, Mizutani T, Nagata N, Takano J, Okabayashi S, Hamano M, Fujimoto K, Nakaya T, Iida T, Horii T, Miyabe-Nishiwaki T, Watanabe A, Kaneko A, Saito A, Matsui A, Hayakawa T, Suzuki J, Akari H, Matsuzawa T, Hirai H.
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Journal Title
Sci Rep.
Volume: 5
Pages: 8850
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Performance comparison of second- and third-generation sequencers using a bacterial genome with two chromosomes.2014
Author(s)
Miyamoto M, Motooka D, Gotoh K, Imai T, Yoshitake K, Goto N, Iida T, Yasunaga T, Horii T, Arakawa K, Kasahara M, Nakamura S.
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Journal Title
BMC Genomics
Volume: 15
Pages: 699
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Comprehensive metagenomic approach for detecting causative microorganisms in culture-negative infective endocarditis.2014
Author(s)
Imai A, Gotoh K, Asano Y, Yamada N, Motooka D, Fukushima M, Kanzaki M, Ohtani T, Sakata Y, Nishi H, Toda K, Sawa Y, Komuro I, Horii T, Iida T, Nakamura S, Takashima S.
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Journal Title
Int J Cardiol
Volume: 172
Pages: 288-9
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Virus purification and enrichment by hydroxyapatite chromatography on a chip2014
Author(s)
Niimi, M., Masuda, T., Kaihatsu, K., Kato, N., Nakamura, S., Nakaya, T., and Arai, F.
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Journal Title
Sensors and Actuators B: Chemical
Volume: 201
Pages: 185-190
Peer Reviewed
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[Journal Article] Allergic bronchopulmonary mycosis due to co-infection with Aspergillus fumigatus and Schizophyllum commune2014
Author(s)
Seki, M., Ohno, H., Gotoh, K., Motooka, D., Nakamura, S., Iida, T., Miyazaki, Y., and Tomono, K.
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Journal Title
ID Cases
Volume: 1
Pages: 5-8
Peer Reviewed
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[Journal Article] Severe respiratory failure due to co-infection with human metapneumovirus and Streptococcus pneumoniae2014
Author(s)
Seki, M., Yoshida, H., Gotoh, K., Hamada, N., Motooka, D., Nakamura, S., Yamamoto, N., Hamaguchi, S., Akeda, Y., Watanabe, H., Iida, T., and Tomono, K.
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Journal Title
Respiratory Medicine Case Reports
Volume: 12
Pages: 13-15
Peer Reviewed
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