2014 Fiscal Year Annual Research Report
シークエンス解析による新規の肝炎・肝癌関連微生物の探索
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25670375
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
中川 英刀 独立行政法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, チームリーダ- (50361621)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | ゲノム / 肝がん |
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| Outline of Annual Research Achievements |
240例の肝がんのRNA-Seq解析を行った。これらRNA-Seqのシークエンスデータのうち、ヒトゲノム配列にアライメントされる配列を除き、ヒトゲノム由来でない可能性の配列をABySSにてde novo assmblingを行った。200塩基以上のcontigに関して、NCBI Nucleotide collectionのデータベースに当てはめて、ヒト以外の細菌やウイルス由来のゲノム配列を同定した。
細菌ゲノムとして、Pseudomonas、Lactobacillus、Flavobacterium、Acinetobacter、Staphylococcus epidermidisを同定し、Pseudomonasに関しては、元のRNAおよびDNAにて、PCRにて菌の存在を確認した。また、別に肝がん/肝炎と関連のある可能性のあるウイルス配列も同定し、元のRNAおよびDNAにて、確認ができた。
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