非コードDNA-男性不妊症をひき起こすAlu配列に関連した遺伝子異常を検索する-

2013 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 25670679
• Research Category: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• Research Institution: Kanazawa University
• Principal Investigator: 並木 幹夫 金沢大学, 医学系, 教授 (70155985)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 高 榮哲 金沢大学, 医学系, 准教授 (90283134) ; 泉 浩二 金沢大学, 医学系, 特任助教 (80646787)
• Project Period (FY): 2013-04-01 – 2015-03-31
• Keywords: 男性不妊症 / 造精機能低下 / ゲノム病 / Alu / BPY2

Research Abstract

Y染色体長腕に存在するMSY(male specific region on Y)、更にY染色体パリンドーム1,2,3近傍に焦点を絞ってreference sequenceをダウンロードしRepeatMasker (http://www.repeatmasker.org/)を用いて同領域の反復配列を確認した。その結果537のAlu配列が確認された。これらのうちBPY2およびその近傍に存在するAlu配列に限定して調べたところ、3つ存在するBPY2のコピー全てにおいてその領域内にはAlu配列は認めておらず、その前後約10-20kbpに限定するとそれぞれのコピーの上流、下流において2つずつ計12のAlu配列を認めていた。これらに関して韓国の国立釜山大学の生物化学科のデータベースでも大きな相違が無いことを確認した。ダイレクトシーケンス法で、まずコントロールとしての400例の妊孕性患者の塩基配列を確認した。同領域には既知のSNPsも含まれておらず、塩基配列に新たな変異も検出されなかった。現在男性不妊症患者サンプルDNAについても同様に解析を行っているが、同様に新規変異は検出されていない。同時にcDNAが得られているものに関して定量RT-PCRを行いBPY2の発現を確認しているが、Y染色体微小欠失を認める患者サンプルは除外しているため、現在のところ明らかに発現が低下しているサンプルは確認されていない。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

サンプルDNAの質が一定していないためシーケンシングの結果が安定しておらず、複数回の解析を必要としているため時間を要している。同様にcDNAに関しても濃度調整から行っているため予定よりも時間を要している。

Strategy for Future Research Activity

現在のところ新たな知見が得られていないため、患者サンプルを高度造精機能障害（無精子症から精子濃度100万/mL以下の高度乏精子症）に限定して解析を進めて行く予定である。また、同時に測定の効率化のために既知のSNPsにターゲットを絞りその変異を検出できるようプライマー設定を行い、マルチプレックスPCRで増幅した後にLuminexシステムのsuspension arrayでの検出を予定する。シーケンシングも平行して継続するが、今後新規変異が検出されればその領域も適宜追加してゆく予定である。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

シーケシング解析およびcDNAに関しての実験が予定より遅れ、来年度に繰り越した為、それに使用する実験費用に残額が生じた。
suspension arrayの実験で使用する予定だったPCRプローブ、合成キットを次年度へ繰り越し使用することとする。引き続きLuminexシステムでの解析に必要な試薬等を購入する。