2014 Fiscal Year Annual Research Report
永久歯先天性欠如の空間的制御機構を解明するための変異タンパク質立体構造解析
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25670880
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| Research Institution | Showa University |
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Principal Investigator |
槇 宏太郎 昭和大学, 歯学部, 教授 (80219295)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
山口 徹太郎 昭和大学, 歯学部, 准教授 (40384193)
杉浦 茉美 昭和大学, 歯学部, 助教 (10611741)
新 真紀子 昭和大学, 歯学部, 助教 (20585806)
筒井 佐和子 昭和大学, 歯学部, 助教 (80644913)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 永久歯先天欠如 / エクソンシーケンス / 下顎前歯 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
①DNAの調整：先天性欠如罹患者を含む家系のうち罹患者および非罹患者のDNAを厳密に測定した。②エクソンキャプチャー：DNAからDNAライブラリーを作成し、エクソン配列のDNA断片のみを濃縮する。エクソンキャプチャーにはSure Select Huamn All Exon Kit（Agilent）を用いた。エクソンキャプチャー法はヒトゲノムの全エクソン領域を選択的に濃縮する技術である。この手法の採用によりわずか数日で全エクソン領域のDNAを得ることができた。③シーケンス：Genome Analyzer IIx（Illumina）にて100bpのペアエンドにて行った。④シーケンスデータの解析：得られたシーケンスデータ（read）はUCSC hg19を標準ゲノム配列として、bwaおよびsamtoolsによってマッピングおよび変異リスト化した。Readの信頼性となるcoverage depth、変異のコールはsamtoolsによるpileupファイルを独自に研究協力者らが開発したプログラムにより解析し、信頼性も評価した変異リストをDNAプールのアリル頻度ともに出力し、この変異リストをフィルタリングすることで、候補となる変異を絞り込んだ。⑤フィルタリング： １）連鎖解析の高LOD領域に存在する ２）変異アリルの出現頻度（0.4～0.6） ３）新規かつアミノ酸置換を伴う ことにより行った。申請者の有する候補家系は優性遺伝が想定されることから、プールした検体すべてがヘテロ接合となることが予測されることから、頻度が0.4～0.6となるものを選択する。⑥原因変異の同定から、他の罹患家系、弧発例について疾患遺伝子のリシーケンスを行った。⑦各々の症例における変異と臨床的多様性について考察した。⑧研究成果の総括：本研究成果を学会報告した。論文を投稿した。
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