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2014 Fiscal Year Annual Research Report

分子応答性RNAプロセシングシステムの開発と人工シュードリボスイッチへの応用

Research Project

Project/Area Number 25708027
Research InstitutionEhime University

Principal Investigator

小川 敦司  愛媛大学, プロテオサイエンスセンター, 准教授 (30442940)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
Keywordsリボスイッチ / プロセシング / tRNA
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、tRNAの末端成熟過程(プロセシング)を利用した、分子応答性遺伝子発現制御システム(シュードリボスイッチ)の構築を目指している。我々の研究室では、本研究開始以前に、真核生物(植物)であるコムギの胚芽抽出液中で非常に効率よく働くsuppressor tRNAを人工進化によって獲得しており、1年目(平成25年度)は、このtRNAを基盤に、当該抽出液中におけるtRNAプロセシング機構を調査した。2年目の昨年度(平成26年度)は、その調査結果に基づいて、核酸応答性のシュードリボスイッチを構築する予定であったが、より本研究の最終目標に近い分子応答性のシュードリボスイッチ構築に向けて、そのプロトタイプ作製に成功した。具体的には、テオフィリンという小分子に特異的に結合するRNAアプタマーを上記tRNAに結合させ、テオフィリン依存的にプロセシングを誘起するシステムを構築した。プロセシングを受け成熟化したsuppressor tRNAは、対応するコドンを含むレポーター遺伝子の完全発現を促進できるため、分子応答性の遺伝子発現制御が可能となる。本システムは、1年目の調査で判明したtRNAプロセシング機構の特徴が非常に巧妙に利用されており、全く新しい遺伝子発現制御システムとなっている。今後は、このプロトタイプを基盤に分子応答性を最適化するとともに、汎用性のあるシュードリボスイッチ設計法の確立を図りたい。また、交付申請書に示した通り、発現ON時の翻訳効率を上げるためのmRNAの改良にも取り組み、一定の成果を得た。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

trans型ではあるものの、シュードリボスイッチのプロトタイプ作製に成功しており、また、当初計画になかったmRNAの改良にも一定の成果を挙げている。以上のことから、研究はおおむね順調に進展していると考える。

Strategy for Future Research Activity

今後は、昨年度に作製したtrans型シュードリボスイッチのプロトタイプを基盤に分子応答性を最適化するとともに、汎用性のある『シュードリボスイッチ』設計法を確立する。また、核酸応答に特化したシュードリボスイッチを構築することで、微量核酸検出への応用も図りたい。さらに時間が許せば、現在trans型であるシュードリボスイッチをcis型に発展させることを検討する。

Causes of Carryover

H27度交付予定額がH26年度交付額(前年度からの繰り越し含む)の半分程度であり、H27年度の研究計画から当該年度の研究遂行が困難になると予想されるため、繰り越しを決定した。

Expenditure Plan for Carryover Budget

物品費やその他の費用として使用する予定である。

  • Research Products

    (8 results)

All 2015 2014 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 3 results) Presentation (4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Investigation of end processing and degradation of premature tRNAs and their application to stabilization of in vitro transcripts in wheat germ extract2015

    • Author(s)
      Atsushi Ogawa,* Yasunori Doi
    • Journal Title

      Org. Biomol. Chem.

      Volume: 13 Pages: 1008-1012

    • DOI

      10.1039/C4OB02221A

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Engineering of Ribosomal Shunt-Modulating Eukaryotic ON Riboswitches by Using a Cell-Free Translation System2015

    • Author(s)
      Atsushi Ogawa*
    • Journal Title

      Methods Enzymol.

      Volume: 550 Pages: 109-128

    • DOI

      10.1016/bs.mie.2014.10.033

    • Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Identification of short untranslated regions that sufficiently enhance translation in high-quality wheat germ extract2014

    • Author(s)
      Atsushi Ogawa,* Junichiro Tabuchi, Yasunori Doi
    • Journal Title

      Bioorg. Med. Chem. Lett.

      Volume: 24 Pages: 3724-3727

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2014.07.004

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Identification of short untranslated regions that sufficiently enhance translation in wheat germ extract2014

    • Author(s)
      Junichiro Tabuchi, Yasunori Doi, and Atsushi Ogawa
    • Organizer
      Protein Island Matsuyama International Symposium 2014
    • Place of Presentation
      Ehime University (Ehime, Matsuyama)
    • Year and Date
      2014-09-17 – 2014-09-17
  • [Presentation] Hybridization switch-freeの真核系ONリボスイッチを創る2014

    • Author(s)
      小川敦司
    • Organizer
      第8回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡山大学(岡山県・岡山市)
    • Year and Date
      2014-09-11 – 2014-09-11
  • [Presentation] コムギ胚芽抽出液中で高い翻訳促進効果を発揮する短い非翻訳領域2014

    • Author(s)
      田渕潤一郎、土居靖典、小川敦司
    • Organizer
      第8回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡山大学(岡山県・岡山市)
    • Year and Date
      2014-09-11 – 2014-09-11
  • [Presentation] 分子応答性RNAプロセシングシステムの開発2014

    • Author(s)
      小川敦司
    • Organizer
      新世代の生物有機化学研究会2014
    • Place of Presentation
      東京大学(東京都・目黒区)
    • Year and Date
      2014-06-21 – 2014-06-21
  • [Remarks] 小川研究室:Ogawa Lab

    • URL

      http://www.pros.ehime-u.ac.jp/ogawa/

URL: 

Published: 2016-06-01  

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