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2016 Fiscal Year Annual Research Report

細胞世代時間の平均-分散関係と環境に依存しない固有成長性質の抽出

Research Project

Project/Area Number 25711008
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

若本 祐一  東京大学, 総合文化研究科, 准教授 (30517884)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2018-03-31
Keywords1細胞計測 / 細胞情報・動態 / 成長・分裂
Outline of Annual Research Achievements

1. 分裂酵母における分裂率と死亡率の関係
前年度までの実験で、分裂酵母Schizosaccharomyces pombeでは、定常環境下において、分裂率と死亡率が世代によらず一定であり、細胞齢に依存した加齢(Aging)が起きないことを明らかにしている。この分裂率と死亡率には線型関係があることも前年度までに示していたが、この定常環境下で起こる突然死の原因を探るため、細胞内に生じるタンパク質凝集体の挙動を1細胞レベルで計測する実験を行った。その結果、従来広く受け入れられていた結果と反し、タンパク質凝集体の量や保持時間と、細胞の世代時間、死亡率のあいだに相関がないことを明らかにした。これにより、タンパク質凝集体の量がある閾値を超えることで、細胞に負荷がかかり死亡するという描像は、少なくとも分裂酵母では成り立たないことが明らかになった。

2. マウス白血球系ガン細胞L1210の1細胞計測
マウス白血球系ガン細胞L1210を対象とした長期1細胞計測を実現する、マイクロデバイスを構築した。これは、上記1で開発した分裂酵母用のデバイスを改変するとともに、動物細胞特有のCO2濃度を制御した顕微鏡システムを組み合わせることで実現した。このデバイスを利用した1細胞計測によって、L1210細胞の定常環境下での世代時間の分布や世代間相関を計測し、これまで調べた大腸菌や分裂酵母と異なり、世代時間の世代間相関が強い、世代時間にエピジェネティックな正の相関があることが明らかになった。また、世代時間の相関次元の解析をおこない、世代時間のゆらぎが実は決定論的なダイナミクスに駆動されているという最近の報告(Sandler, et al., Nature, 2015)と相反する結果を得ており、動物細胞の世代時間の変動を理解する上で重要な実験結果を得ることに成功した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

前年度の分裂酵母を用いた計測結果を受け、細胞死の原因について調べる新たな実験を行ったため、L1210を用いた実験の開始が当初予定よりも遅くなったが、分裂酵母の実験で明らかになった結果は、細胞のAgingやタンパク質凝集の分野にとって極めて重要であり、必要な研究であったと判断している。

Strategy for Future Research Activity

当初は、H28年度で終了予定であったが、分裂酵母について報告した論文の査読の対応で追加実験が必要となったため、研究期間を1年間延長し、これを行う予定である。また、L1210の計測についてもこれをまとめ、論文として報告する予定である。

Causes of Carryover

分裂酵母の結果についてまとめた論文の査読対応で追加実験が必要となったため。

Expenditure Plan for Carryover Budget

追加実験で必要となる試薬、およびL1210細胞の計測で必要となる試薬などの消耗品費にあてる予定。

  • Research Products

    (11 results)

All 2017 2016 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 6 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] ニューヨーク大学(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      ニューヨーク大学
  • [Journal Article] 1細胞レベルの環境応答と選択の計測2017

    • Author(s)
      中岡秀憲, 梅谷実樹, 若本祐一
    • Journal Title

      化学と生物

      Volume: 55 Pages: 263-268

    • DOI

      10.1271/kagakutoseibutsu.55.263

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Inferring fitness landscapes and selection on phenotypic states from single-cell genealogical data2017

    • Author(s)
      Nozoe, T., Kussell, E., Wakamoto, Y.
    • Journal Title

      PLoS Genetics

      Volume: 13 Pages: e1006653

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1006653

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] The Microfluidic lighthouse: an omnidirectional gradient generator2016

    • Author(s)
      Nakajima, A., Ishida, M., Fujimori, T., Wakamoto, Y., Sawai, S.
    • Journal Title

      Lab Chip

      Volume: 16 Pages: 4382-4394

    • DOI

      10.1039/c6lc00898d

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Unique single-cell histories that adapt to antibiotic stress2017

    • Author(s)
      若本 祐一
    • Organizer
      第90回日本細菌学会総会
    • Place of Presentation
      仙台国際センター(宮城県仙台市)
    • Year and Date
      2017-03-20 – 2017-03-20
    • Invited
  • [Presentation] Constraints and limits in the growth of microbial cells2017

    • Author(s)
      Wakamoto, Y.
    • Organizer
      Physical Approaches for Growing and Evolving Population
    • Place of Presentation
      東京大学生産技術研究所(東京都目黒区)
    • Year and Date
      2017-02-11 – 2017-02-11
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Single-cell dynamics leading to drug resistance acquisition2016

    • Author(s)
      Wakamoto, Y.
    • Organizer
      International Symposium on Universal Biology
    • Place of Presentation
      東京大学本郷キャンパス(東京都文京区)
    • Year and Date
      2016-11-28 – 2016-11-28
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Acquisition of drug resistance at the single-cell level2016

    • Author(s)
      Wakamoto, Y.
    • Organizer
      第54回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • Year and Date
      2016-11-25 – 2016-11-25
    • Invited
  • [Presentation] ストレス環境に対する適応・順応を担う特殊細胞系列の解析2016

    • Author(s)
      若本 祐一
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会9.0
    • Place of Presentation
      早稲田大学国際会議場(東京都新宿区)
    • Year and Date
      2016-11-21 – 2016-11-21
    • Invited
  • [Presentation] Techniques for measuring and analyzing single-cell histories and lineage trees2016

    • Author(s)
      Wakamoto, Y.
    • Organizer
      日本顕微鏡学会第59回シンポジウム
    • Place of Presentation
      帝京平成大学池袋キャンパス(東京都豊島区)
    • Year and Date
      2016-11-18 – 2016-11-28
    • Invited
  • [Remarks] 若本研究室ホームページ/Research

    • URL

      http://webpark1706.sakura.ne.jp/research/

URL: 

Published: 2018-01-16  

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