2013 Fiscal Year Annual Research Report
統合ゲノム解析によるパーキンソン病の遺伝子同定と個別化医療開発
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25713015
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
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| Research Institution | Kobe University |
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Principal Investigator |
佐竹 渉 神戸大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (50467594)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | パーキンソン病 / エクソーム / 神経遺伝 / 神経内科学 / 人類遺伝学 / ゲノム医科学 / 孤発性神経疾患 |
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| Research Abstract |
我々は、一塩基多型SNPを解析したゲノムワイド関連解析を行い、4つの孤発性PD遺伝子（PARK16, BST1,α-synuclein, LRRK2）を報告した（Satake W et al, Nature Genet 2009）。これらは、その後の白人での大規模解析でも結果が再現された、確実な孤発性PD遺伝子である(IPDGC, Lancet 2011; Lill et al, PLoS Genet 2012, Do et al, PLoS Genet 2011 etc)。また、最近、機能的な面からも、PARK16遺伝子RAB7L1の、細胞内輸送のPD病態への重要性・LRRK2との相互作用がしめされた(MacLeod et al, Neuron 2013)。しかし一方、これらだけでは本症の遺伝背景は説明できず、他にも孤発性PD遺伝子は存在する。そこで、本研究では、エクソンに存在するRareながら強いPDゲノム因子を発見するため、とくに孤発性PD患者を中心に、全エクソン塩基配列解読（エクソーム解析）をおこなった。
755例のPD患者ゲノムから、全エクソン（エクソーム）を抽出、HiSeq2000シークエンサーで超高速・並列シークエンスをおこなった。ヒト参照配列hg19へマップし、参照配列とことなるSNV (single nucleotide variant)を検出した。755検体のエクソームデータの平均被覆は126.1xであり、全エクソン配列の94.9%のエリアが10x以上で被覆された。これは、孤発性PD患者755人について、全遺伝子の全エクソン塩基配列のほぼすべてが解読できたことを意味する。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
おおむね当初の予定どおりすすんでいるため。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は、本患者データを非患者対照群と比較する、全エクソン関連解析をおこない、孤発性パーキンソン病の強いRare variantリスクを発見する。家系例データもあわせることにより、家系～孤発例に存在する、本疾患の遺伝背景を明らかにする。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
検体準備の日程にともない次世代シークエンサー実験試薬の消費がへったため。
検体準備もととのい、今後シークエンス実験をするので、それに使用する。
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Research Products
(15 results)
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[Journal Article] A case of Bardet-Biedl syndrome complicated with intracranial hypertension in a Japanese child2014
Author(s)
Saida K, Inaba Y, Hirano M, Satake W, Toda T, Suzuki Y, Sudo A, Noda S, Hidaka Y, Hirabayashi K, Imai H, Kurokawa T, Koike K.
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Journal Title
Brain Dev
Volume: 36
Pages: 721-724
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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