2015 Fiscal Year Annual Research Report
Analysis of the type VI secretion system in Acinetobacter baumannii
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25713017
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| Research Institution | National Institute of Infectious Diseases |
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Principal Investigator |
鈴木 仁人 国立感染症研究所, 薬剤耐性研究センター, 主任研究官 (70444073)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 薬剤耐性 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
高度に進化を遂げた多剤耐性菌のモデルとしてアシネトバクター・バウマニ（Ab: Acinetobacter baumannii）に注目し、国内医療機関から収集した152株のゲノム解析を行った。さらに公共データベース (PATRIC) から海外医療機関由来の150株のゲノム配列を加え、計302株を用いた大規模な比較ゲノム解析を行った。Ab流行株 ST2株の完全ゲノム配列をリファレンスに用いたBLASTatlas解析から、Ab流行株ST2株に特異的に存在するDNA領域にVI型分泌機構（T6SS）依存的に分泌する抗菌エフェクターTseXとその抗菌活性を阻害する免疫タンパク質TsiXをコードする遺伝子対を発見した。SNPを用いた系統樹解析から、Ab ST2株は複数のcladeに細分類可能で、tseXとtsiX遺伝子のオペロンがコードされたDNA領域はclade毎で多様性があり、個々のエフェクターは異なる抗菌活性を有していることが明らかとなった。また、国内医療機関または農場から分離された緑膿菌（Pseudomonas aeruginosa）40株とGenBankに登録された緑膿菌の海外臨床分離株について比較ゲノム解析を行い、T6SS抗菌エフェクターTse1とその免疫タンパク質Tsi1はほとんど全ての菌株に保存されていることを確認した。そのため、Tse1-Tsi1複合体は緑膿菌に対する抗菌薬開発のよい標的と考えられ、in silicoスクリーニングを経て、阻害化合物候補を同定した。さらに緑膿菌流行株ST235株に特異的に存在するDNA領域に新規のT6SSエフェクター候補遺伝子を発見した。BLASTによるホモロジー解析では、同遺伝子は緑膿菌流行株でのみ存在することから、流行株の迅速な診断法にも応用可能であり、ST235株を標的とした抗菌薬開発ではよい標的となることが予想された。
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| Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Causes of Carryover |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] Emergence of New Delhi metallo-β-lactamase 1 and other carbapenemase-producing Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex among patients in hospitals in Ha Noi, Viet Nam2017
Author(s)
Tran DN, Tran HH, Matsui M, Suzuki M, Suzuki S, Shibayama K, Pham TD, Van Phuong TT, Dang DA, Trinh HS, Loan CT, Nga LT, van Doorn HR, Wertheim HF.
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Journal Title
Eur J Clin Microbiol Infect Dis
Volume: 36(2)
Pages: 219-225
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Genome Sequence of an Acinetobacter baumannii Strain Carrying Three Acquired Carbapenemase Genes2016
Author(s)
Oinuma KI, Suzuki M, Sato K, Nakaie K, Niki M, Takizawa E, Niki M, Shibayama K, Yamada K, Kakeya H, Kaneko Y.
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Journal Title
Genome Announc
Volume: 4(6)
Pages: e01290-16
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Draft Genome Sequence of Helicobacter suis Strain SNTW101, Isolated from a Japanese Patient with Nodular Gastritis2016
Author(s)
Matsui H, Takahashi T, Murayama SY, Uchiyama I, Yamaguchi K, Shigenobu S, Suzuki M, Rimbara E, Shibayama K, Overby A, Nakamura M.
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Journal Title
Genome Announc
Volume: 4(5)
Pages: e00934-16
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Analyses of Short-Term Antagonistic Evolution of Pseudomonas aeruginosa Strain PAO1 and Phage KPP22 (Myoviridae Family, PB1-Like Virus Genus)2016
Author(s)
Uchiyama J, Suzuki M, Nishifuji K, Kato S, Miyata R, Nasukawa T, Yamaguchi K, Takemura-Uchiyama I, Ujihara T, Shimakura H, Murakami H, Okamoto N, Sakaguchi Y, Shibayama K, Sakaguchi M, Matsuzaki S.
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Journal Title
Appl Environ Microbiol
Volume: 82(15)
Pages: 4482-91
Peer Reviewed
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[Presentation] Novel sequence variations in the cytadherence-related orf6 gene of Mycoplasma pneumoniae2016
Author(s)
Tsuyoshi Kenri, Tsuyoshi Sekizuka, Masato Suzuki, Atsuko Horino, Hiroyuki Fujii, Toru Hashimoto, Hiroshi Nakajima, Hitomi Ohya, Makoto Kuroda, Keigo Shibayama
Organizer
IOM 2016 (21st Congress of the International Organization for Mycoplasmology)
Place of Presentation
QUT Gardens Point Campus (Brisbane, Australia)
Year and Date
2016-06-03 – 2016-06-07
Int'l Joint Research
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[Presentation] volution and dissemination of TMB-type metallo-β-lactamase2016
Author(s)
Masato Suzuki, Mari Matsui, Ryuichiro Hirayama, Takaya Segawa, Satowa Suzuki, Keigo Shibayama
Organizer
ECCMID 2016 (26th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases)
Place of Presentation
RAI Amsterdam (Amsterdam, Nederland)
Year and Date
2016-04-09 – 2016-04-12
Int'l Joint Research
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