2015 Fiscal Year Annual Research Report
高次エピゲノムが生み出す生命情報を読み解く統計解析法の開発
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25730173
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
島村 徹平 名古屋大学, 医学(系)研究科(研究院), 特任准教授 (00623943)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | バイオインフォマティクス / ベイズモデル / 次世代シークエンサー / 高次クロマチン構造 / エピゲノム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
エピゲノムによる遺伝子発現制御機構を解明するためには、ヒストン修飾やDNAメチル化などの化学的制御が関与する一次エピゲノム機構に加えて、クロマチン高次構造変化などの物理的制御が関与する高次エピゲノム機構を解析することが重要である。本研究課題では、統計科学による数理モデリングとスーパーコンピュータによる大規模計算を用いて、クロマチン交互作用を網羅的に解析するChIA-PET、hi-Cなどの高次エピゲノム構造情報を解析し、高次エピゲノムによる遺伝子発現制御機構を解明するためのベイズモデリング手法を開発する。平成２７年度は以下の進展があった。
① 前年度までに開発したクロマチン交互作用過程のベイズモデルとその推定法をシミュレーションデータ、及び公開データベースで登録されたChIA-PETデータに適用し、モデルの有用性の検証を引き続き行った。その結果、TNF-α刺激下において刺激後にクロマチン高次構造が大きく変化する転写ファクトリーを同定した。これらの方法論に関する成果は論文投稿中である。
② 本研究課題で開発した高次クロマチン構造データ解析を行うベイズモデリング手法のためのソフトウェアを開発した。具体的には、ChIA-PET、hi-Cデータの前処理、アライメント、クロマチン交互作用領域の検出、転写ファクトリーの同定を行うための関数をまとめた解析パイプラインを統計言語Rの解析パッケージとして開発した。
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Research Products
(13 results)
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[Journal Article] An Integrative Analysis to Identify Driver Genes in Esophageal Squamous Cell Carcinoma2015
Author(s)
Sawada G, Niida A, Hirata H, Komatsu H, Uchi R, Shimamura T, Takahashi Y, Kurashige J, Matsumura T, Ueo H, Takano Y, Ueda M, Sakimura S, Shinden Y, Eguchi H, Sudo T, Sugimachi K, Yamasaki M, Tanaka F, Tachimori Y, Kajiyama Y, Natsugoe S, Fujita H, Tanaka Y, Calin G, Miyano S, Doki Y, Mori M, Mimori K
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Journal Title
PLoS One
Volume: 10(10)
Pages: e0139808
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Elevated β-catenin pathway as a novel target for patients with resistance to EGF receptor targeting drugs2015
Author(s)
Nakata A, Yoshida R, Yamaguchi R, Yamauchi M, Tamada Y, Fujita A, Shimamura T, Imoto S, Higuchi T, Nomura M, Kimura T, Nokihara H, Higashiyama M, Kondoh K, Nishihara H, Tojo A, Yano S, Miyano S, Gotoh N
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Journal Title
Scientific Report
Volume: 5
Pages: 13076
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Integrated genetic and epigenetic analysis defines novel molecular subgroups in rhabdomyosarcoma2015
Author(s)
Seki M, Nishimura R, Yoshida K, Shimamura T, Shiraishi Y, Sato Y, Kato M, Chiba K, Tanaka H, Hoshino N, Nagae G, Shiozawa Y, Okuno Y, Hosoi H, Tanaka Y, Okita H, Miyachi M, Souzaki R, Taguchi T, Koh K, Hanada R, Kato K, Nomura Y, Akiyama M, Oka A, Igarashi T, Miyano S, Aburatani H, Hayashi Y, Ogawa S, Takita J
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Journal Title
Nature Communications
Volume: 6
Pages: 7557
DOI
Peer Reviewed
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