2013 Fiscal Year Research-status Report
神経系多階層モデリングのためのネットワークインフォストラクチャの開発
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25730180
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Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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| Research Institution | Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University |
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Principal Investigator |
淺井 義之 沖縄科学技術大学院大学, オープンバイオロジーユニット, グループリーダー (00415639)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 多階層モデリング / 計算神経科学 / データベース |
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| Research Abstract |
多階層・多スケールの神経系大規模モデル構築の取り組みの増加に伴い、モデル共有・再利用の促進のための基盤技術の重要性が増している。本研究ではモデル・実験データのシェア、モデル構築、シミュレーション実行、ならびにシミュレーション結果の保存・共有とその後の議論をつなぐ、一連の研究サイクルを総合的にサポートするためのインフォストラクチャの構築を目指している。25年度は、モデル・形態データ・時系列データを保存・共有し、外部へのSNSなどを介した情報発信機能を備えたオンライン・インフォパブリッシングシステムを構築し、αバージョンを平成25年12月に http://physiome.jp において公開した。
またNineML、NeuroMLとのハイブリッドモデル構築に関する技術的な検討を行った。各言語を扱うためのAPIが配布されているため本研究ではそれらを利用する。NineML用のAPIがバージョン0.1.0が2011年7月を最後に更新されていないのに対し、NeuroML用のAPIはバージョン beta1 が2013年9月に更新されている。このため現状では、本研究においては今後NeuroMLとのハイブリッドモデル構築技術の開発に専念するのが妥当であると考えられる。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
インフォパブリッシングシステムのαバージョンの公開を計画通り平成25年12月に行った。
また、我々が開発しているPHML（多階層生理機能モデル記述言語）とハイブリッドさせる対象候補であるNineML、 NeuroMLそれぞれの開発現状を吟味し、計画通り技術的検討を進めている。
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| Strategy for Future Research Activity |
PHMLとNeuroMLのハイブリッドモデリング技術の開発のため、昨年公開された NeuroML API を用いて NeuroMLで記述されているモデルをPHMLに変換する方法を第一に検討する。
平成26年度中にNineMLのAPIが更新された場合は可能な限りハイブリッド方法を検討する。
また、平成25年度中に開発したインフォパブリッシングシステムと既存のPhysioDesigner、Flint K3 との親和性を向上させるための技術開発を進め、モデル構築、シミュレーション、データ保存・共有、という全体的なシステムとしての利用度を向上させる。
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[Presentation] A versatile platform for multilevel modeling of physiological systems: Template/instance2013
Author(s)
Yoshiyuki Asai, Takeshi Abe, Hideki Oka, Masao Okita, Tomohiro Okuyama, Ken-ichi Hagihara, Samik Ghosh, Yukiko Matsuoka, Yoshihisa Kurachi, Hrioaki Kitano.
Organizer
IEEE EMBC2013
Place of Presentation
Osaka International Convention Center, Osaka
Year and Date
20130706-20130706
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