2013 Fiscal Year Research-status Report
転写因子結合量から転写量を予測する物理化学的モデルの構築
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25830148
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
二階堂 愛 独立行政法人理化学研究所, 情報基盤センター, ユニットリーダー (00383290)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | バイオインフォマティクス |
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| Research Abstract |
RNA転写の物理化学モデルの構築するために必要な ChIP-seq と 転写量データ (Microarray) を収集・解析をした。共同研究により、マウス胚性幹細胞 (ES 細胞) を栄養外胚葉細胞 (TS細胞) に 分化させた時系列の発現データと Sox2, Esrrb, p300 の時系列 ChIP-seqデータを取得し、そのデータ解析を進め、論文を出版した。このデータを元に統計的モデリングを行った。
詳細なモデル法の開発のために、よりタイムポイント数かが多い実験データを入手すべく、NCBI GEOや DDBJ DRAなどの公的データヘベースに登録されているChIP-SeqやRNA-Seqデータを利用する予定であった。しかしより良いモデルを提案するために、複数の転写因子のデータが必要となったが、公的なデータベースにはそのようなデータは非常に少ない。そのため、さらなる共同研究により複数の転写因子結合データを取得する準備を行っている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
共同研究で進めていた、胚性幹細胞(ES 細胞)を栄養外胚葉細胞(TS 細胞)に 分化させた時系列の発現データと Sox2, Esrrb, p300 の時系列 ChIP-seq データの解析を進め論文を出版できたため。
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| Strategy for Future Research Activity |
統計的モデリングについて終了しため、物理化学的なモデル構築を目指す。また、本研究提案では、時系列ChIP-Seqの転写因子結合データを前提として物理化学モデル構築を目指していたが、複数の転写因子の結合部位を同定するシーケンス技術が登場したため、そのようなデータの利用も検討する。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
ほかの研究プロジェクトで利用する予定であった大型計算機を利用することで、小規模な計算機の導入で済み研究コストを削減することができたため。
次年度は大型計算機の購入を見込んでいなかったため配分を少なめに見積っていた。しかし新しい実験データを入手する見込みが出てきたため、繰越分と次年度分を利用して、それらの装置の購入を検討する。
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Research Products
(7 results)
