2015 Fiscal Year Research-status Report
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25840129
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
手島 康介 九州大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教 (20447593)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 集団遺伝学 / 集団史 / 集団構造 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本プロジェクトは次世代ゲノムデータの解析と集団史の推定に関する研究の二つの柱がある。ゲノムデータ解析に関しては樹木種のゲノムデータを利用して、バイオインフォマティックス解析を行なうパイプラインおよびスクリプトの構築を行なった。スクリプトに関してはゲノムリードデータから遺伝的変異データへの変換を行う操作と各種統計量の計算を行なうスクリプトのそれぞれを作製した。PERLおよびPythonを用いて記述しており、ゲノムデータおよびシミュレーションデータの両方に対応する。シミュレーションの開発としては伝統的な前向きシミュレーションプログラムおよび遺伝子系図理論に基づくプログラムの双方の開発を進めた。これらを統合することで集団の分岐、集団サイズの変動、遺伝子頻度の変化を取り込むことの出来るシミュレーションを走らせることが出来る。
遺伝子系図シミュレーションおよび統計量計算用スクリプトを用いて、集団の分岐途中の集団間変異の増加について研究を行った。特にF_{ST}に注目した。F_{ST}は広く用いられている量であるが、用いる遺伝マーカーの違いなどに起因して数種類の計算方法が存在する。シミュレーションを行ない、同一の進化史の下で生じた多様性データを使用して各種F_{ST}を計算することで、計算方法の違いやマーカーの違いによるF_{ST}の数値の違いについて調べた。定義や想定するデータによって複数存在するF_{ST}であるが、その収束先に注目すると大きく二つの系統に分けることが出来ることを確認した。また値の分散の大きさやバイアスのあるデータの影響についても確認した。この結果は現在投稿準備中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
時間を制約される事象が生じたため、解析スクリプトの開発と次世代データ解析パイプラインの構築を行なうことは出来たものの、実際にシミュレーションを走らせた解析が遅れている。
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| Strategy for Future Research Activity |
これまでF_{ST}の挙動を解析した。頻度スペクトルや連鎖不平衡を計算し、ABCの解析枠組を完成させる。次世代データ解析で得られた実データの解析を進める。
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| Causes of Carryover |
時間を制約される事項が生じたため、研究に遅れが生じた。予定通り進まず、研究の完了および成果の取りまとめまで到達しなかった。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
現在準備中の論文の投稿および研究成果発表に要する費用として使用する。
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