2015 Fiscal Year Annual Research Report
好塩性古細菌Halobacteriaceae科の明確な系統分類
| Project/Area Number |
25840142
|
|---|
| Research Institution | Toyo University |
|---|
Principal Investigator |
峯岸 宏明 東洋大学, 工業技術研究所, 奨励研究員 (30440019)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
|
| Keywords | orthologous 16S rRNA遺伝子 / rpoB遺伝子群 / Halobacteria / DNA-DNAハイブリダイゼーション解析 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
古細菌最大数のグループであるHalobacteria綱に分類される好塩性古細菌は多くの種において複数の16S rRNA遺伝子コピーが存在し、その中にはコピー間の相同性が低いものもあり、各々の配列で系統樹のトポロジーが大きく異なることが指摘されている。申請者はこれまでにHalobacteria綱がオーソロガス16S rRNA遺伝子の上流遺伝子群により二つのグループに分かれることを示しており、またrpoB’遺伝子塩基配列による系統解析の結果もその結果を支持していた。本研究の申請時43属148種であった好塩性古細菌は50属213種まで膨れあがり、その系統関係はより複雑化してきた。
平成25年度および平成26年度では、主に新属新種として提唱された菌株のオーソロガス16S rRNA遺伝子およびrpoB遺伝子群の解析を行ってきた。また、系統関係が複雑なHaloarcula属およびその近縁種の解析を中心に表現性解析を行った。さらに、統一して生理生化学試験が行われていないHalococcus属について表現性解析を行い、新種を含めIJSEM誌に発表し採択された。
この間に、Guptaらによりゲノム配列解析によりHalobacteria綱の再分類が提案されたが、我々の結果との間に矛盾があった。そこで平成27年度は、引き続き遺伝子型を中心に解析を行った。新たに提唱された新属新種のうち入手可能な株のオーソロガス16S rRNA遺伝子およびrpoB遺伝子群（rpoH-rpoB"-rpoB)の塩基配列を決定した。さらにこれら系統樹のクラスターごとに代表選び、DNA-DNAハイブリダイゼーションを行った。その結果、Halobacteria綱においては種間だけでなく属間においてもDNA-DNAハイブリダイゼーション解析が有用であることが示された。
|
