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2014 Fiscal Year Research-status Report

天然魚からの直接選抜育種

Research Project

Project/Area Number 25850134
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

細谷 将  東京大学, 農学生命科学研究科, 助教 (60526466)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
Keywordsトラフグ / 選抜育種 / 遺伝
Outline of Annual Research Achievements

本年度は、昨年度につづき、福井県産の天然トラフグを購入して解析家系を作出し、成長、生残、およびヘテロボツリウム症耐性試験を行った。昨年度の結果から、成長と生残に関する遺伝効果はオス親では検出可能だが、メス親については生理状態の差による母性効果の影響が強いために検出できないことが分かったため、オス10個体とメス1個体とを交配した半同胞10家系を作出して実験に供した。
ゲノミックセレクションをddRAD-seq法で行う予定であったが、トラフグの性決定遺伝子周辺の領域でのLDサイズが小さいことが予想されたことから、天然魚をリシーケンスしてLDの推定を行った。本年度に購入したオス10個体と比較群として愛知県産トラフグのオス10個体とについて、被覆度が10xとなるように全ゲノムリシーケンスを行い、変異解析を行った。連鎖不平衡解析から推定されたLDサイズは予想通り小さかった。遺伝的効果の高いSNPを高解像度で取得して推定精度を上げるにはddRAD-seqよりも多くSNPのとれるRAD-seq法を行うべきであるが、少数の親魚から選抜育種を行うには、ddRAD-seqでも可能であると予想された。
また、親魚の遺伝的多様性を評価するために、その結果、両地域ともSNP頻度は1SNP/600bp程度となり、これまでに取得しているトラフグ属近縁種に比べてやや低い値となった。また、ヘテロ接合率は観測値が期待値よりも過剰に大きく、どの個体もF=-0.5程度であった。このことは、最近にボトルネックを起こし、集団サイズが縮小した可能性を示唆している。しかし、集団サイズについてはサンプル数が少なく正確さが低いデータしか得られなかった。もし、集団サイズの縮小が起きていたのなら、天然親魚の数を可能な限り増やす必要があると予想された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

子供世代の変異解析に至っておらず、予測モデルが確立していないため。

Strategy for Future Research Activity

昨年度に作出した集団のオスが成熟するので、次世代を得て表現型解析を行い、親子間の表現型分散を利用して遺伝率の推定を行う。

Causes of Carryover

解析集団の変異解析を行うに至らなかったから。

Expenditure Plan for Carryover Budget

解析集団の変異解析を行う。

  • Research Products

    (2 results)

All 2015 2014

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results)

  • [Journal Article] トラフグ凍結精子の家庭用冷蔵庫での二次保存.2015

    • Author(s)
      細谷将, 水野直樹, 城夕香, 藤田真志, 鈴木譲, 菊池潔
    • Journal Title

      水産技術

      Volume: 7 Pages: 85-88

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rearing Takifugu rubripes larvae in communal tanks: paternal genetic contribution to survivability.2014

    • Author(s)
      Hosoya, S., Mizono, N. Kikuchi, K., Kurokura, H.
    • Journal Title

      Fish. Sci.

      Volume: 80 Pages: 1037-1043

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant

URL: 

Published: 2016-06-01  

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