2014 Fiscal Year Annual Research Report
胃がんにおけるHER2発現の腫瘍内ヘテロ不均一性に対するDNAメチル化異常の意義
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25860266
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| Research Institution | Kanazawa University |
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Principal Investigator |
尾山 武 金沢大学, 医学系, 助教 (00515314)
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2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | CGH / gastric cancer / heterogeneity / HER2 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ヒト進行胃癌手術検体のうちHER2タンパク発現陽性領域と陰性領域を含むもの、すなわちHER2タンパクの発現に関する腫瘍内（ヘテロ）不均一性を示すものを２０例選出した。
同一腫瘍内におけるHER2陽性および陰性領域を含む組織切片から、それぞれの領域を含む組織をlaser captured microdissection法あるいはトリミングにより分離しRNAを抽出した。
当初の計画では両領域におけるHER2及びその関連遺伝子のプロモーター領域におけるメチル化の状態をmethylation specific PCR法やbisulfite sequence法により比較し、さらにその遺伝子発現との相関を検索する予定であったが、マイクロアレイによるRNA発現の差の比較を先行して行うことにした。その理由は、HER2関連遺伝子のみならず未知の遺伝子を含めた網羅的な解析やmRNAの転写制御と直接関わるDNAメチル化の選択的な解析が可能となると考えたためである。
ホルマリン固定・パラフィン包埋材料 (Formalin fixed paraffin embedded: FFPE)材料を用いたマイクロアレイはRNAの分解・架橋により困難であったが、FFPE材料にも対応が可能であった企業に依頼し解析結果を得ることが出来た。両領域における遺伝子発現の差はその大部分が3倍以内であったが、あるapoptosis関連遺伝子などでは４倍以上の差が観察された。それらの遺伝子に対してはreal-time RT-PCR法により定量を試みたが再現性が得られなかった。そのためより分解しにくいDNAに対してSNP array法を用いることにより両領域間の遺伝子増幅の差の解析を行った。その結果、複数の遺伝子において遺伝子増幅の差が検出されたため、臨床病理学的な情報との相関の結果と併せて国際的な学術雑誌への投稿を予定している。
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