集合管癌の進行にかかわるゲノム異常の同定

2013 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 25860269
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Research Institution: Oita University
• Principal Investigator: 井上 享 大分大学, 医学部, 客員研究員 (90468009)
• Project Period (FY): 2013-04-01 – 2015-03-31
• Keywords: 集合管癌 / アレイＣＧＨ

Research Abstract

本研究では、集合管癌症例のゲノムプロファイルをアレイCGH法によって解析し、浸潤性腎盂癌、乳頭状腎癌ならびに Mucinous tubular and spindle cell carcinoma (MTSCC)ゲノムプロファイルと比較することによって、集合管癌に特異的なゲノム異常（特定の遺伝子の増幅あるいは欠失）を同定し、アレイCGHによる鑑別診断マーカー（ゲノムコピー数異常）を同定する。アレイCGH解析によって、特定したゲノム異常領域の中で、増幅領域において発現亢進する遺伝子ならびに欠失領域において発現低下する遺伝子を特定する。また、アレイCGH解析によって、特定したゲノム異常領域の中で、増幅領域において発現亢進する遺伝子ならびに欠失領域において発現低下する遺伝子を特定する。そのために、アレイCGH解析した症例についてmRNA発現をマイクロアレイを用いて網羅的に解析して（トランスクリプトーム解析）、コピー数異常によって発現亢進または低下する遺伝子を特定する。それによって、集合管癌と他の浸潤性腎盂癌、乳頭状腎癌ならびに Mucinous tubular and spindle cell carcinoma (MTSCC)の鑑別に有用な遺伝子を特定され、その遺伝子発現を鑑別に有用なマーカーとして集合管癌の診断マーカーとして活用する。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

これまでに既にpreliminaryな研究を開始している。これまで９例の集合管癌症例のパラフィン包埋組織を用いてアレイCGH解析を行いそのゲノムプロファイルを解析したところ、集合管癌ゲノムプロファイルパターンを見出している。また、集合管癌と組織学的に鑑別が困難であった浸潤性腎盂癌、乳頭状腎癌ならびに MTSCC症例も集積しているため、これらのゲノムコピー数異常も未だpreliminaryではあるが解析がほぼ終了しており、比較予定である。

Strategy for Future Research Activity

アレイCGH解析した症例についてmRNA発現をマイクロアレイを用いて網羅的に解析して（トランスクリプトーム解析）、コピー数異常によって発現亢進または低下する遺伝子を特定する。それによって、集合管癌と他の浸潤性腎盂癌、乳頭状腎癌ならびに Mucinous tubular and spindle cell carcinoma (MTSCC)の鑑別に有用な遺伝子を特定され、その遺伝子発現を鑑別に有用なマーカーとして集合管癌の診断マーカーとして活用する。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

mRNA発現の研究について、臨床検体収集が困難であることから研究が遅延したため
mRNA発現をマイクロアレイを用いて網羅的に解析して（トランスクリプトーム解析）のための試薬、機材などに使用する。