2013 Fiscal Year Research-status Report
宿主大腸菌の血清型によりCDT-Iプロファージの安定性が異なる原因の解明
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25860323
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Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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| Research Institution | Osaka Prefecture University |
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Principal Investigator |
日根野谷 淳 大阪府立大学, 生命環境科学研究科(系), 助教 (20548490)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | CDT-Iファージ / Spontaneous induction |
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| Research Abstract |
(1) CDT-Iファージ遺伝子発現制御に関わるRegulation領域のシークエンス解析を行った。O127（4株）、O142（3株）が保有するCDT-IプロファージのRegulation領域を含む14.7 kb（Integrase～Q protein）を比較した結果、3株のO127と1株のO142の間でその配列が完全に一致した。O127の1株でPutative replication protein（G118S）、O142の2株でcII protein（G57V）に変異が認められたが、血清型の違いを反映するようなSNPsは認められなかった。即ち、宿主血清型の違いによるCDT-Iファージ安定性の違いは、O127とO142が保有するCDT-Iファージの違いに由来しないことが明らかになった。
(2) Restriction-Modification (R-M) systemの関与について調べるため、type I R-M systemのSubtypingを目的とした3種のPCRを構築した。結果としてO127およびO142が保有するtype I R-M systemのサブタイプはEcoR124I、EcoR124I⊿、EcoDXXIであることが判明した。O127とO142それぞれ2株ずつ選択し、R-M systemに関与する遺伝子群（約11 kb）のシークエンスを比較解析した結果、O142ではO127に比べてhsdS遺伝子が約340 bpの欠損があり、hsdR遺伝子に多数の変異があることが判明した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
平成25年度の目標として以下2点を当初予定していた。
(1)Regulation 領域を中心としたCDT-I ファージゲノムのSNPs 解析を行い、ファージ本体がCDT-Iファージ安定性の違いに関与していないことを確認する。
(2)Restriction-Modification systemの分布と遺伝子多型を調べ、R-M systemのCDT-Iファージ安定性への関与を調べる。
(1)については予定通り遂行できた。(2)についても遺伝子多型の解析までは行ったが、R-M systemのCDT-Iファージ安定性への関与について調べるという一部の項目を次年度に行うことになったため、「おおむね順調に進展している」と判断した。
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| Strategy for Future Research Activity |
type I Restriction-Modification systemのCDT-Iファージ安定性への影響を調べるため、O142の遺伝子群をO127の遺伝子群に置換したO142変異株を作製し、CDT-Iファージ産生能を調べる。また当初の予定通り、CTEC-IのTransposon mutant libraryを作製し、CDT-Iファージの安定性が変化した変異株を探索することで、CDT-Iファージの安定性に影響を与える未知の遺伝子の同定を試みる。加えて、ファージ誘導経路としてRecA依存経路と非依存経路が報告されてきたが、CDT-Iファージの誘導がどの経路で起こっているのか明らかにすることで、CDT-Iファージの安定性に影響を与える因子の同定に繋げる。
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Research Products
(8 results)
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[Journal Article] A PCR-RFLP assay for the detection and differentiation of Campylobacter jejuni, C. coli, C. fetus, C. hyointestinalis, C. lari, C. helveticus and C. upsaliensis2014
Author(s)
Kamei K, Asakura M, Somroop S, Hatanaka N, Hinenoya A, Nagita A, Misawa N, Matsuda M, Nakagawa S, Yamasaki S
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Journal Title
J Med Microbiol
Volume: 63
Pages: 667-673
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Escherichia coli harboring cytolethal distending toxin-II gene is actually E. albertii2013
Author(s)
Yasuda N, Hinenoya A, Nagita A, Hibino T, Mukaizawa N, Niwa Y, Tsukamoto T, Asakura M, Yamasaki S
Organizer
The 113th general meeting of American Society for Microbiology
Place of Presentation
Denver, Colorado, USA
Year and Date
20130518-20130521
