2013 Fiscal Year Research-status Report
早期大腸腫瘍内のゲノム不均一性からアプローチする大腸がん起源の系統解析
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25860547
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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| Research Institution | Sapporo Medical University |
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Principal Investigator |
山本 英一郎 札幌医科大学, 医学部, 助教 (60567915)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 大腸癌 / 遺伝子変異 / メチル化 |
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| Research Abstract |
本研究では早期大腸腫瘍内におけるゲノム・エピゲノム背景の多様性および共通性に 着目することで、大腸発癌の起源となる遺伝子異常を同定し、それを標的とした治療法につなが る知見を得ることを目的としている。
同一腫瘍内、同一個体内で形態および分子レベルの多様性を示す腫瘍検体を用いてSureSelectHuman All Exon V4 、V5 キットを用いた全エクソンシークエンス、Ion PGMのCancer Panel、Infinium BeadArray を用いたメチル化解析を行った。上記解析結果から同一個体内に存在する複数の大腸癌において異なる遺伝子異常を示しており、また同一腫瘍内においても、腫瘍内部位特異的な遺伝子異常が多数存在する一方で共通に認める遺伝子異常や癌部特異的に認める遺伝子変異が存在した。
次に腫瘍内の癌部でのみ認める遺伝子変異、同一個体内の腺腫では認めず大腸癌でのみ認める遺伝子変異を抽出、さらにTCGA、ENCODEなどの公開データーベースを用いた絞り込みを行い、約５０遺伝子を抽出した。プライマーを設計し、ダイレクトシークエンスにて検証した。ダイレクトシークエンスにて確認された遺伝子変異を多数の大腸癌検体でさらに検証を行った。
今後、臨床病理学的因子との相関、またIonPGMを用い、抽出した遺伝子全領域の変異を確認することで発癌をドライブする遺伝子変異の同定、機能解析を行うことを検討している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
平成２５年度は大規模シークエンスを行い、新規遺伝子異常を抽出するまでを予定していた。予定どうり目的の遺伝子異常を同定することができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は抽出した遺伝子異常の機能解析を進める。
またエピゲノムの多様性に着目した解析、エピゲノム異常の同定を進める。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
当初の計画どうり研究はできている。エクソンシークエンスは当初より少ない検体数で目的の遺伝子がいまのところ抽出できているため。
今後の研究の進展により、さらに大規模シークエンスの追加が必要な可能性がある。また追加の大規模シークエンスが必要ない場合は検証に用いるIonPGM、機能解析に投入することでより確かな研究成果が得られる。
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[Journal Article] Colorectal carcinomas with CpG island methylator phenotype 1 frequently contain mutations in chromatin regulators.2014
Author(s)
Tahara T, Yamamoto E, Madireddi P, Suzuki H, Maruyama R, Chung W, Garriga J, Jelinek J, Yamano HO, Sugai T, Kondo Y, Toyota M, Issa JP, Estécio MR.
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Journal Title
Gastroenterology.
Volume: 146
Pages: 530-38
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Fusobacterium in colonic flora and molecular features of colorectal carcinoma.2014
Author(s)
Tahara T, Yamamoto E, Suzuki H, Maruyama R, Chung W, Garriga J, Jelinek J, Yamano HO, Sugai T, An B, Shureiqi I, Toyota M, Kondo Y, Estécio MR, Issa JP.
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Journal Title
Cancer Res
Volume: 74
Pages: 1311-8
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Aberrant methylation of microRNA-34b/c is a predictive marker of metachronous gastric cancer risk.2013
Author(s)
Suzuki R1, Yamamoto E, Nojima M, Maruyama R, Yamano HO, Yoshikawa K, Kimura T, Harada T, Ashida M, Niinuma T, Sato A, Nosho K, Yamamoto H, Kai M, Sugai T, Imai K, Suzuki H, Shinomura Y.
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Journal Title
J Gastroenterol.
Volume: Epub ahead of print
Pages: 9999
Peer Reviewed
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