胸腺悪性腫瘍における次世代シーケンサーを用いた網羅的遺伝子変異解析

2013 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 25861246
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Research Institution: Nagoya City University
• Principal Investigator: 設楽 将之 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 臨床研究医 (60595643)
• Project Period (FY): 2013-04-01 – 2015-03-31
• Keywords: 呼吸器外科学 / 縦隔外科

Research Abstract

【研究目的】胸腺癌、胸腺腫などの胸腺上皮悪性腫瘍については手術以外に有効な治療がなく、発症機構に
ついても殆ど解明されていない。本研究では、胸腺腫瘍の分子生物学的発症機構の解明を目指し、ゲノムワイド解析を行う。これにより、胸腺悪性腫瘍の増殖、進展に関与する遺伝子を同定し、新たな分子標的治療の開発へ臨床応用を進めていく。
【研究実施計画】胸腺悪性腫瘍の遺伝子変異を、次世代シーケンサーを用いたターゲットシーケンスにより網羅
的に解析し、胸腺癌、胸腺腫などに特徴的な遺伝子変異を検出する。
【研究成果】まず胸腺癌12例についてLifeTechnology社の次世代シーケンサー(Ion PGM sysytem)とIon AmpliSeq Compehensive Cancer Panelを用いたターゲットシーケンスによって、癌関連409遺伝子の網羅的解析をおこなった。癌組織に特異的な変異を同定するために、対応する正常組織10例に対してもシーケンスを施行した。症例あたり平均4,881,951塩基のシーケンスを行い、average base coverage depthは311、uniformity of coverageは92.8%であった。平均で294遺伝子から1039 variantsが検出された。Ingenuity Variant Analysis、SHIFT、PolyPhen-2、PROVEANによってフィルタリングを行い、胸腺癌10例から24遺伝子、25変異が候補遺伝子変異として決定された。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

胸腺癌の12例の次世代シーケンスは順調に行われ、解析可能なデータが得られた。現在さらに詳細な解析、ならびに追加実験を行っている。

Strategy for Future Research Activity

次世代シーケンスで得られたデータを元に、今後は遺伝子変異の解析と、他のシーケンスによる確認を行っていく。また確認できた遺伝子変異については、機能解析等も追加する予定である。得られた研究成果については、学術誌への投稿や、国内外の学会での発表を予定している。