2013 Fiscal Year Research-status Report
骨軟部腫瘍の新規治療法開発を目的としたプロテオーム解析
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25861342
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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| Research Institution | Juntendo University |
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Principal Investigator |
末原 義之 順天堂大学, 医学部, 准教授 (70509405)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 骨軟部腫瘍 / プロテオミクス / GIST / Ewing肉腫 / 滑膜肉腫 / KTCD12 |
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| Research Abstract |
本研究は、(1)手術検体を使用した網羅的タンパク質発現解析による各種骨軟部腫瘍予後予測マーカー、治療法感受性マーカーの同定を目的とし、(2)その同定されたバイオマーカーについては臨床応用を目的とした国内海外大規免疫染色検証を行う。(3)また、その同定されたタンパク質については機能解析を行う。(4) また同時に骨軟部肉腫特有の組織型特異的融合遺伝子の発現に基づいた方向よりも網羅的タンパク質発現解析及び機能解析を行い、総合的にタンパク質ネットワークの解明及び 新規バイオマーカー・ターゲットの同定を行う。
(1)特に今年度は予後予測マーカーとしてGISTのKCTD10,DDX39、骨肉腫のPRDX6, Ezrin、類上皮肉腫のCAPZBを同定した。
(2)特に今年度はGISTのKCTD12, KCTD10, DDX39、Ewing肉腫のNPM1について、国内海外多施設研究において検証に成功した。
(3)GISTのKCTD12,KCTD10、滑膜肉腫のSCRN1、Ewing肉腫のNPM1、類上皮肉腫のCAPZBのターゲットタンパク質発現が、それぞれ細胞増殖能が有意に変化することの確認に成功した。GISTでKCTD12, 滑膜肉腫でSCRN1, Ewing肉腫でNPM1，骨肉腫でPRDX2タンパク質の相互タンパク質の同定に成功し、pathway解析で特にEwing肉腫のNPN1においてMYC-pathwayが重要であることの同定に成功した。GISTでKCTD12, Ewing肉腫でNPM1の制御タンパク質の発現プロファイルの獲得に成功し、pathway解析で特にEwing肉腫のNPN1においてTGF-β1が重要であることの同定に成功した。
(4)各種腫瘍遺伝子・融合遺伝子の制御タンパク質発現プロファイルの一部獲得することに成功した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
網羅的なタンパク質発現解析により各種予後予測タンパク質の同定に成功し、それらのタンパク質は臨床応用のための国内外大規模免疫染色検証にも成功している。また各種予後予測タンパク質の相互タンパク質・制御タンパク質の同定にも成功している。その他の発見として腫瘍遺伝子や各種融合遺伝子の制御タンパク質の一部も同定にも成功しており、申請時の計画を大旨達成している。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後も引き続きタンパク質発現解析に基づいたバイオマーカーの開発、同定されているバイオマーカーの臨床応用に向けた多施設共同研究、各腫瘍における同定タンパク質の機能解析を行っていく。特に腫瘍遺伝子や各種融合遺伝子の制御タンパク質で同定されたタンパク質の機能解析とそれぞれの遺伝子変異の相関に焦点をあてた機能解析が重要と考える。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
次年度、GISTにおける腫瘍遺伝子であるKITや各種融合遺伝子（Ewing肉腫においてEWS/FLI1, 滑膜肉腫においてSYT/SSX, 横紋筋肉腫腫に対してPAX3/FOXO1, 胞巣状軟部肉腫に対してのASPL/TFE3等）の各種腫瘍細胞系に対して融合遺伝子（腫瘍遺伝子）の発現抑制下の制御タンパク質の発現プロファイルを獲得することを予定しているため次年度使用額が生じている。次年度使用額が生じているが、研究は予定通り進んでいる。
次年度も計画にのっとり、GISTにおいてKIT、Ewing肉腫においてEWS/FLI1、滑膜肉腫においてSYT/SSX、横紋筋肉腫腫においてPAX3/FOXO1、胞巣状軟部肉腫においてASPL/TFE3等の融合遺伝子（腫瘍遺伝子）を各種腫瘍細胞系に対して発現抑制下を行い、制御タンパク質の発現プロファイルをi-TRAQを用いて獲得することを予定している。
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[Journal Article] Proteomic technologies to develop biomarkers and functional analyses for bone and soft tissue tumors2013
Author(s)
Suehara Y, Kohsaka S, Kubota D, Mukaihara K, Akaike K, Mineki R, Fujimura T , Kaneko K, Ladanyi M, Saito T, Kondo T
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Journal Title
Journal of Proteomics & Bioinformatics
Volume: S3
Pages: 01
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Response to Cabozantinib in Patients with RET Fusion-Positive Lung Adenocarcinomas2013
Author(s)
Drilon A, Wang L, Hasanovic A, Suehara Y, Lipson D, Stephens P, Ross J, Miller V, Ginsberg M, Zakowski MF, Kris MG, Ladanyi M, Rizvi N
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Journal Title
Cancer Discovery
Volume: 3
Pages: 630-5
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Quantitative assessment of intragenic receptor tyrosine kinase deletions in primary glioblastomas: their prevalence and molecular correlates2013
Author(s)
Kastenhuber ER, Huse JT, Berman SH, Pedraza A, Zhang J, Suehara Y, Viale A, Cavatore M, Heguy A, Szerlip N, Ladanyi M, Brennan CW
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Journal Title
Acta Neuropathologica
Volume: -
Pages: -
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Gene expression network analysis of ETV1 reveals KCTD10 as a novel prognostic biomarker in gastrointestinal stromal tumor.2013
Author(s)
Kubota D, Yoshida A, Tsuda H, Suehara Y, Okubo T, Saito T, Orita H, Sato K, Taguchi T, Yao T, Kaneko K, Katai H, Kawai A, Kondo T
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Journal Title
PLos ONE
Volume: 8
Pages: e73896
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] The prognostic value of pfetin: A validation study in gastrointestinal stromal tumors using a commercially available antibody2013
Author(s)
Kubota D, Mukaihara K, Yoshida A, Suehara Y, Saito T, Okubo T, Gotoh M, Orita H, Tsuda H, Kaneko K, Kawai A, Kondo T, Sato K, Yao T
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Journal Title
Jpn J Clin Oncol.
Volume: 43
Pages: 669-75
DOI
Peer Reviewed
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