骨軟部腫瘍の新規治療法開発を目的としたプロテオーム解析

2014 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 25861342
• Research Institution: Juntendo University
• Principal Investigator: 末原 義之 順天堂大学, 医学部, 准教授 (70509405)
• Project Period (FY): 2013-04-01 – 2016-03-31
• Keywords: 骨軟部腫瘍 / プロテオミクス / GIST / 滑膜肉腫 / Ewing肉腫 / 横紋筋肉腫

Outline of Annual Research Achievements

(1)骨軟部腫瘍の手術検体を用いた網羅的タンパク質発現解析を行い、バイオマーカーとしてGISTでKCTD12, KCTD10, DDX39、滑膜肉腫でSCRN1、Ewing肉腫でNPM1、類上皮肉腫でCAPZB、骨肉腫でPRDXファミリー(特に PRD2X, PRDX 6)タンパク質等を同定した。引き続き検証を進める。
(2)バイオマーカーの臨床応用を目的とした国内海外大規免疫染色検証においては、GISTでKCTD12, KCTD10, DDX39、Ewing肉腫でNPM1、類上皮肉腫でCAPZB、において免疫染色の検証を行い、発現において有意差を確認した。引き続き検証を進める。
(3)同定されたタンパク質の機能解析については、GISTでKCTD12, KCTD10、滑膜肉腫でSCRN1、Ewing肉腫でNPM1、類上皮肉腫でCAPZBの発現調整下において、細胞増殖能が有意に変化することの確認に成功した。またそれら、発現調整下で変化するタンパク質リストとPathway解析による上流制御タンパク質リストの同定にも成功した。引き続き検証を進める。
(4)組織型特異的融合遺伝子に基づいたタンパク質発現解析については、GISTのKIT遺伝子や各種融合遺伝子（ Ewing肉腫＿EWS/FLI1, 滑膜肉腫＿SYT/SSX, 横紋筋肉腫腫＿PAX3-FOXO1, 胞巣状軟部肉腫＿ASPL‐TFE3等）に対し融合遺伝子発現調整下のタンパク質発現プロファイルの獲得に成功し、Pathway解析による上流制御タンパク質リストの同定にも成功し、それらタンパク質と細胞増殖の関係を確認した。引き続き検証を進める。
(5)GISTのKCTD12遺伝子における変異探索については、手術検体より抽出したDNAをの遺伝子変異解析を行い、その情報と臨床情報・pfetinの発現との相関を比較した。引き続き検証を進める。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

網羅的なタンパク質発現解析により各種予後予測タンパク質の同定に成功し、それらのタンパク質は臨床応用のための国内外大規模免疫染色検証にも成功している。また各種予後予測タンパク質の相互タンパク質・制御タンパク質の同定にも成功している。その他の発見として腫瘍遺伝子や各種融合遺伝子の制御タンパク質のも同定にも成功している。しかしながら機能解析の部分で若干研究計画より遅れているため、H27も補助事業期間延長を申請し引き続き本研究テーマの研究を進める。

Strategy for Future Research Activity

今後も引き続きタンパク質発現解析に基づいたバイオマーカーの開発、同定されているバイオマーカーの臨床応用に向けた多施設共同研究、各腫瘍における同定タンパク質の機能解析を行っていく。特に腫瘍遺伝子や各種融合遺伝子の制御タンパク質で同定されたタンパク質の機能解析とそれぞれの遺伝子変異の相関に焦点をあてた機能解析が重要と考え引き続き研究を進める。

Causes of Carryover

本年度、GISTにおける腫瘍遺伝子であるKITや各種融合遺伝子（Ewing肉腫においてEWS/FLI1, 滑膜肉腫においてSYT/SSX, 横紋筋肉腫腫に対してPAX3/FOXO1, 胞巣状軟部肉腫に対してのASPL/TFE3等）の各種腫瘍細胞系に対して融合遺伝子（腫瘍遺伝子）の発現抑制下の制御タンパク質の発現プロファイルを獲得することに成功した。しかしながら機能解析の部分で若干研究計画より遅れているため、次年度使用額が生じている。H27も補助事業期間延長を申請し引き続き本研究テーマの研究を進める。

Expenditure Plan for Carryover Budget

次年度は計画に則り、各種タンパク質プロファイリングで同定したタンパク質リストの機能解析を進めるために、H27に補助事業期間延長を申請し、引き続き本研究テーマの研究を進める。

Research Products

• [Journal Article] The Recognition of Locomotive Syndrome in 2014: A Cross-sectional Study in the Orthopeadic Outpatients in Tokyo. (2015)
  • Author(s): Ishii M, Kim Y, Suehara Y, Kawasaki T, Matsuoka J, Akaike K, Mukaihara K, Kubota D, Okubo T, Saito T, Takagi T, Kaneko K.
  • Journal Title: British Journal of Medicine & Medical Research Volume: 6(6) Pages: 606-616
  • DOI: 10.9734/BJMMR/2015/14207#sthash.Va4Mbomo.dpuf
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Rationale for co-targeting IGF-1R and ALK in ALK fusion positive lung cancer (2014)
  • Author(s): 4.Lovly CM, McDonald NT, Chen H, Jin H, Lim D, Suehara Y, Wang Lu, Chen X, Lu P, Red-Brewer M, Johnson DH, Horn L, Ladanyi M, Pao W
  • Journal Title: Nature Medicine Volume: 20(9) Pages: 1027-1034
  • DOI: doi: 10.1038/nm.3667
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Quantitative assessment of intragenic receptor tyrosine kinase deletions in primary glioblastomas: their prevalence and molecular correlates. (2014)
  • Author(s): Kastenhuber ER, Huse JT, Berman SH, Pedraza A, Zhang J, Suehara Y, Viale A, Cavatore M, Heguy A, Szerlip N, Ladanyi M, Brennan CW
  • Journal Title: Acta Neuropathologica Volume: 127(5) Pages: 747-759
  • DOI: doi: 10.1007/s00401-013-1217-3
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Distinct clinicopathologic features of NAB2-STAT6 fusion gene variants in solitary fibrous tumor with emphasis on the acquisition of highly malignant potential. (2014)
  • Author(s): Akaike K, Kurisaki-Arakawa A, Hara K, Suehara Y, Takagi T, Mitani K, Kaneko K, Yao T, Saito T.
  • Journal Title: Hum Pathol. Volume: 46(3) Pages: 347-356
  • DOI: doi: 10.1016/j.humpath.2014.11.018.
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Proteomic Profile of Epithelioid Sarcoma (2014)
  • Author(s): Mukaihara K, Kubota D, Yoshida A, Asano N, Suehara Y, Kaneko K, Kawai A, Kondo T
  • Journal Title: Journal of Proteomics & Bioinformatics Volume: 7 Pages: 158-165
  • DOI: doi.org/10.4172/jpb.1000316
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] A case of low-grade fibromyxoid sarcoma with unusual central necrosis in a 77-year-old man confirmed by FUS-CREB3L2 gene fusion. (2014)
  • Author(s): Kurisaki-Arakawa A, Akaike K, Tomomasa R, Arakawa A, Suehara Y, Takagi T, Kaneko K, Yao T, Saito T.
  • Journal Title: International Journal of Surgery Case Reports. Volume: 5(12) Pages: 1123-1127
  • DOI: doi: 10.1016/j.ijscr.2014.09.034.
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Deeply located low-grade fibromyxoid sarcoma with FUS-CREB3L2 gene fusion in a 5-year-old boy with review of literature (2014)
  • Author(s): Kurisaki-Arakawa A, Suehara Y, Arakawa A, Takagi T, Takahashi M, Mitani K, Kaneko K, Yao T, Saito T.
  • Journal Title: Diagn Pathol Volume: 9(1) Pages: 163
  • DOI: doi: 10.1186/1749-799X-6-15.
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] A case of primary spindle cell variant of embryonal rhabdomyosarcoma of the prostate. (2014)
  • Author(s): Asahina M, Saito T, Arakawa A, Suehara Y, Takagi T, Hisasue S, Kaneko K, Horie S, Yao T.
  • Journal Title: Int J Clin Exp Pathol Volume: 7(8) Pages: 5181-5185
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Eggshell-like mineralized recurrent lesion in the popliteal region after treatment of giant cell tumor of bone with denosumab (2014)
  • Author(s): Akaike K, Suehara Y, Takagi T, Kaneko K, Saito T.
  • Journal Title: Skeletal Radiol Volume: 43(12) Pages: 1767-1772
  • DOI: doi: 10.1007/s00256-014-1961-z
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Giant-cell tumor of bone arising in the anterior rib with a positive expression of GPX-1: a case report and review of the literature. (2014)
  • Author(s): oda M, Suehara Y, Akaike K, Okubo T, Kubota D, Mukaihara K, Kaneko K, Yao T, Takagi T, Saito T.
  • Journal Title: Int Canc Conf J Volume: 3 Pages: 178-182
  • DOI: 10.1007/s13691-013-0142-6
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Pfetin as a risk factor of recurrence in gastrointestinal stromal tumors (2014)
  • Author(s): Orita H, Ito T, Sakurada M, Kushida T, Maekawa H, Wada R, Suehara Y, Kubota D, and Sato K.
  • Journal Title: BioMed Research International Volume: 651935 Pages: 1-4
  • DOI: org/10.1155/2014/651935
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Proteomic approach to gastrointestinal stromal tumor identified prognostic biomarkers (2014)
  • Author(s): Kubota T, Yoshida A, Kikuta K, Saito T, Suehara Y, Gotoh M, Kawai A, Kondo T.
  • Journal Title: Journal of Proteomics & Bioinformatics Volume: 7(1) Pages: 10-16
  • DOI: 10.4172/jpb.1000297
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] An Outpatient-based Survey about the Recognition of Locomotive Syndrome and the Results of the Loco-check at a University Hospital in Tokyo (2014)
  • Author(s): Okubo T, Suehara Y, Kawasaki T, Akaike K, Toda M, Okubo N, Kubota D, Mukaihara K, Kim Y, Kaketa T, Homma Y, Shimanouchi N, Saito T, Takagi T and Kaneko K.
  • Journal Title: British Journal of Medicine & Medical Research Volume: 4(17) Pages: 3255-3268
  • DOI: 10.9734/BJMMR/2014/7506#sthash.ibSmIVze.dpuf
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Presentation] Proteomic approaches for defining the protein profiles of EWS/FLi1 in Ewing's sarcomas. (2015)
  • Author(s): Suehara Y, Kohsaka S, Mukaihara K, Akaike K, Ishii M, Kubota D, Kazuno S, Mineki R, Fujimura T, Kaneko K, Ladanyi M, Saito T.
  • Organizer: the 61th Annual Meeting of the Orthopaedic Research Society
  • Place of Presentation: Las vegans, USA
  • Year and Date: 2015-03-28 – 2015-03-31
• [Presentation] Distinct Clinicopathologic Features Of Nab2-stat6 Fusion Gene Variants In Solitary Fibrous Tumor With Emphasis On The Acquisition Of Highly Malignant Potential. (2015)
  • Author(s): Akaike K, Kurisaki-Arakawa A, Hara K, Suehara Y, Takagi T, Kaneko K, Yao T, Saito T.
  • Organizer: the 61th Annual Meeting of the Orthopaedic Research Society
  • Place of Presentation: Las vegans, USA
  • Year and Date: 2015-03-28 – 2015-03-31
• [Presentation] Proteomic identified overexpression of SET nuclear oncogene products and possible therapeutic target in alveolar soft part sarcoma. (2014)
  • Author(s): Kubota D, Mukaihara K, Suehara Y, Yoshida A, Kaneko K, Kawai A, Kondo T
  • Organizer: Connective Tissue Oncology Society, 2014 Annual Meeting
  • Place of Presentation: Berlin, Germany
  • Year and Date: 2014-10-15 – 2014-10-18
• [Presentation] Functional analysis of F-actin capping protein subunit beta in epithelioid sarcomas. (2014)
  • Author(s): Mukaihara K, Kubota D, Suehara Y, Akaike K, Ishii M, Kohsaka S, Kaneko K, SaitO T
  • Organizer: Connective Tissue Oncology Society, 2014 Annual Meeting
  • Place of Presentation: Berlin, Germany
  • Year and Date: 2014-10-15 – 2014-10-18
• [Presentation] Protein expression profiling of giant cell tumors of bone treated with denosumab. (2014)
  • Author(s): Mukaihara K, Suehara Y, Kubota D, Akaike K, Ishii M, Kohsaka S, Kaneko K, Saito T
  • Organizer: Connective Tissue Oncology Society, 2014 Annual Meeting
  • Place of Presentation: Berlin, Germany
  • Year and Date: 2014-10-15 – 2014-10-18
• [Presentation] Proteomic approaches for defining the protein profiles of EWS/FLi1 in patients with Ewing's sarcoma. (2014)
  • Author(s): Suehara Y, Kohsaka S, Mukaihara K, Kubota D, Akaike K, Ishii M, Kazuno S, Mineki R, Fujimura T, Kaneko K, Ladanyi M, Saito T
  • Organizer: Connective Tissue Oncology Society, 2014 Annual Meeting
  • Place of Presentation: Berlin, Germany
  • Year and Date: 2014-10-15 – 2014-10-18
• [Presentation] 骨軟部腫瘍の「治療手がかり」の探索を目的とした網羅的な解析ータンパク質発現, 遺伝子変異, チロシンキナーゼ標的よりー (2014)
  • Author(s): 末原義之
  • Organizer: 第29回日本整形外科学会・基礎学術集会
  • Place of Presentation: 鹿児島（城山観光ホテル）
  • Year and Date: 2014-10-09 – 2014-10-10
  • Invited
• [Presentation] 骨軟部腫瘍のプロテオーム解析 (2014)
  • Author(s): 末原義之
  • Organizer: 第73回日本癌学会
  • Place of Presentation: 横浜（パシフィコ横浜）
  • Year and Date: 2014-09-25 – 2014-09-27
  • Invited
• [Presentation] 網羅的発現解析による骨軟部腫瘍の「治療手がかり」の探索 (2014)
  • Author(s): 末原義之
  • Organizer: 第３回回文京整形外科合同セミナー
  • Place of Presentation: 東京（御茶ノ水ソラシティカンファレンスセンター）
  • Year and Date: 2014-07-29 – 2014-07-29
  • Invited
• [Presentation] 分子標的治療薬の時代へ；Ewing’s 肉腫におけるEWS/FLI1融合遺伝子のi-TRAQ解析（プロテオーム解析 (2014)
  • Author(s): 末原義之
  • Organizer: 第47回日本整形外科学会・骨軟部腫瘍学術集会
  • Place of Presentation: 大阪（大阪国際会議場）
  • Year and Date: 2014-07-17 – 2014-07-18
  • Invited
• [Presentation] Ewing’s 肉腫におけるNucleophosminの遺伝子発現ベースの機能解析 (2014)
  • Author(s): 末原義之,高阪真路, Neerav Shukla,窪田大介,金子和夫, Marc Ladanyi,齋藤剛
  • Organizer: 第47回日本整形外科学会・骨軟部腫瘍学術集会
  • Place of Presentation: 大阪（大阪国際会議場）
  • Year and Date: 2014-07-17 – 2014-07-18
• [Presentation] Ewing’s 肉腫におけるNucleophosminのプロテオミクスベースの機能解析 (2014)
  • Author(s): 末原義之,高阪真路, Neerav Shukla,窪田大介,峯木礼子,藤村努,金子和夫, Marc Ladanyi,齋藤剛
  • Organizer: 第47回日本整形外科学会・骨軟部腫瘍学術集会
  • Place of Presentation: 大阪（大阪国際会議場）
  • Year and Date: 2014-07-17 – 2014-07-18
• [Presentation] 骨軟部肉腫のチロシンキナーゼ融合遺伝子の探索のためのNanoString解析 (2014)
  • Author(s): 末原義之, Marc Ladanyi
  • Organizer: 第87回日本整形外科学会学術総会
  • Place of Presentation: 神戸（国際会議場 ポートピアホール ）
  • Year and Date: 2014-05-22 – 2014-05-25
• [Presentation] Proteomic approaches for evaluating functions of nucleophosmin in Ewing's sarcomas. (2014)
  • Author(s): Suehara Y, Kohsaka K , Shukla N, Kubota D, Mineki R, Fujimura T, Saito T, Ladanyi M
  • Organizer: 10th Asia Pacific Musculoskeletal Tumour Society (APMSTS)
  • Place of Presentation: Melbourne, Australia
  • Year and Date: 2014-04-09 – 2014-04-11