2014 Fiscal Year Research-status Report
オントロジーを利用した診療情報検索システムの開発に関する研究
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25870156
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
河添 悦昌 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (10621477)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 診療データの検索 / 臨床試験 / オントロジー / セマンティックウェブ / RDF / SPARQL / クエリ拡張 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究はオントロジーを活用した診療データ検索システムを開発するために、１）生命科学分野のオントロジーと診療データとを連合して利用可能なRDFデータベースの構築、２）生活習慣病関連の臨床試験を想定した検索表現の評価、３）検索システムの検索結果の精度評価、を行うことを目的とする。昨年度は、１）に関し、HL7データをRDFデータへと変換する効率的な手法を開発し、当院のSMIX2ストレージに蓄積される過去4年分の全入院および外来患者に関する検体検査オーダ、検体検査結果、処方オーダ、注射オーダ、病名登録オーダ、患者基本情報を含むRDFデータベースを構築した。本年度は、生命科学分野のオントロジーとして、KEGG、SIDER、ATC、USP、ICD10、MEDIS病名マスタをRDFデータとして、前述のRDFデータベースと連合して検索可能な環境を構築し、医薬品の有害事象の検出を目的としたSPARQLクエリの記述性、実行性能の評価を行った。その結果、オントロジーを利用したクエリ拡張により、より抽象的な検索の表現を具体的な検索表現に解決して検索することが可能となり、これは異なるネットワーク上に存在するオントロジーに対しても同様に検索することが可能であった。また、クエリの実行時間はデータ量に応じて発散せず、線形に増加することを確認し、現実的な応答時間であると思われた。本研究は、知識を活用した大規模な診療データ検索の可能性を示唆するものであるといえる。研究の成果を第34回医療情報連合大会に発表し、また、海外論文誌への投稿を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
１）生命科学分野のオントロジーと診療データとを連合して利用可能なRDFデータベースの構築に関しては、十分に達成したが、２）生活習慣病関連の臨床試験を想定した検索表現の評価、３）検索システムの検索結果の精度評価、関しての着手が遅れている。生活習慣病のうち、糖尿病に焦点を絞り、大学病院医療情報ネットワーク研究センターで公開される約８００件の臨床試験の適格基準を調査した結果、これらのうち半数程度の適格基準は、SPARQLクエリとして表現可能であると思われたが、血圧値や眼底所見、心エコーなどレポート類は、現在利用可能なデータ・ソース（SS－MIX２ストレージ）に含まれておらず、抽出対象とすることができなかった。そのため、研究期間の延長を申請した。
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| Strategy for Future Research Activity |
次年度は、糖尿病と対象とした臨床試験の適格基準を表現可能とするために、診療録や眼底所見、心エコーなどレポート類をデータ・ソースとしたRDFデータベースを構築する。また、このデータベースを用いて、SPARQLクエリによる適格基準の表現とその評価を行う。これら課題を着実に推進することが、３年目である平成２７年度の目標である。
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| Causes of Carryover |
糖尿病に焦点をしぼり、大学病院医療情報ネットワーク研究センターで公開される約８００件の臨床試験を調査した。このうち、半数程度の適格基準は表現できると思われたが、血圧値や心エコー検査の結果、眼底所見の結果などを含む適格基準は、現在利用するデータソース（SS－MIX２ストレージ）に含まれておらず表現ができなかった。そのため、これらデータ利用の許可とデータベース実装に時間を有するため期間の延長を申請した。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
これまでに行った研究をまとめ海外誌に投稿した。修正投稿時の英文校正と受理された際の出版費に費用を要するため、これに未使用金を用いる。本年度の研究をすすめるにあたり、必要な機材はそろっているため、それに関する新たな出費の必要はない。
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Research Products
(1 results)
