融合遺伝子同定法の最適化

2015 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 25871073
• Research Institution: Japanese Foundation for Cancer Research
• Principal Investigator: 冨樫 由紀 公益財団法人がん研究会, 分子標的病理プロジェクト, 研究助手 (00648016)
• Project Period (FY): 2013-04-01 – 2016-03-31
• Keywords: バイオマーカー / 融合遺伝子

Outline of Annual Research Achievements

ALK融合遺伝子においては免疫染色法およびFISH法がすでに汎用されているが，RET, ROS1融合遺伝子は，免疫染色やFISHによる診断が困難であり，実用的な診断法がない．また，病理組織学的なアプローチによりスクリーニングされた転座候補症例のうち，conventionalな方法では融合遺伝子同定に至らないケースが多く実在する．そこで，A) 既知の融合遺伝子の実用的な診断法の開発ないしバイオマーカーの同定，B) 融合遺伝子探索システムにおける新規融合遺伝子同定効率の向上を目指し，以下を行った．
A) 肺癌融合遺伝子陽性症例62例（ALK陽性例37例、ROS1陽性例12例、RET陽性例13例）とEGFR変異陽性症例20例，これら4種の異常すべてが陰性である8例に，新たにROS1陽性例の正常部12検体を加え，Human Genome U133 Plus 2.0にて遺伝子発現プロファイルを取得した．これまでの解析で，発現解析のみでは融合遺伝子の存在を示唆するのは困難である可能性が示されたため，27年度は、融合遺伝子陽性例の検体間での差を検証した． t検定とq-value法による多重検定補正により，q値0.05以下かつ腫瘍部と正常部の発現が2倍以上ある遺伝子を抽出し，ALK陽性例とそれ以外，ROS1陽性例とそれ以外，RET陽性例とそれ以外についてt検定を行い，q値0.05以下である遺伝子を抽出したところ，ALK陽性例の一部とROS1陽性例の一部で高発現が見られる遺伝子が抽出された．
B) これまでの検討により，RNA capture sequenceが融合遺伝子を同定するのに適していることが示唆されていた．そこで，臨床での実用化を志向し作成した，肺癌で頻出する遺伝子変異に特化したcustom probeを用いて，唾液腺型肺癌，婦人科癌など合わせて19例のRNA capture sequenceを行った．さらに，イルミナ社のパネルを用いて，フォルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)検体のRNA capture sequenceを行い，融合および変異を検出する実験系・解析系を確立した．

Research Products

• [Journal Article] Prospective and clinical validation of ALK immunohistochemistry: results from the phase I/II study of alectinib for ALK-positive lung cancer (AF-001JP study). (2016)
  • Author(s): Takeuchi K, Togashi Y, Kamihara Y, Fukuyama T, Yoshioka H, Inoue A, Katsuki H, Kiura K, Nakagawa K, Seto T, Maemondo M, Hida T, Harada M, Ohe Y, Nogami N, Yamamoto N, Nishio M, Tamura T.
  • Journal Title: Annals of Oncology Volume: 27 Pages: 185-92
  • DOI: 10.1093/annonc/mdv501
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Mouse models for ROS1-fusion-positive lung cancers and their application to the analysis of multikinase inhibitor efficiency. (2016)
  • Author(s): Inoue M, Toki H, Matsui J, Togashi Y, Dobashi A, Fukumura R, Gondo Y, Minowa O, Tanaka N, Mori S, Takeuchi K, Noda T.
  • Journal Title: Carcinogenesis Volume: 37 Pages: 452-460
  • DOI: 10.1093/carcin/bgw028
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Two Cases of Renal Cell Carcinoma Harboring a Novel STRN-ALK Fusion Gene. (2016)
  • Author(s): Kusano H, Togashi Y, Akiba J, Moriya F, Baba K, Matsuzaki N, Yuba Y, Shiraishi Y, Kanamaru H, Kuroda N, Sakata S, Takeuchi K, Yano H.
  • Journal Title: The American journal of surgical pathology Volume: 40 Pages: 761-769
  • DOI: 10.1097/PAS.0000000000000610
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] ALK-positive large B-cell lymphoma: identification of EML4-ALK and a review of the literature focusing on the ALK immunohistochemical staining pattern. (2016)
  • Author(s): Sakamoto K, Nakasone H, Togashi Y, Sakata S, Tsuyama N, Baba S, Dobashi A, Asaka R, Tsai CC, Chuang SS, Izutsu K, Kanda Y, Takeuchi K.
  • Journal Title: International journal of hematology Volume: 103 Pages: 399-408
  • DOI: 10.1007/s12185-016-1934-1
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant