2013 Fiscal Year Annual Research Report
エピゲノム情報を用いた統合的データ解析によるアディポネクチン発現パスウェイの解明
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25893087
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Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
中杤 昌弘 名古屋大学, 医学部附属病院, 病院助教 (10559983)
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| Project Period (FY) |
2013-08-30 – 2015-03-31
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| Keywords | エピゲノム / アディポネクチン / バイオインフォマティクス / DNAメチル化 / SNP / 生活習慣病 |
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| Research Abstract |
申請者らは、バイオインフォマティクス解析により、後天的ゲノム修飾が血中アディポネクチン濃度に如何なる影響を与えるのか、発現パスウェイの調査・解明を目的とする。本研究では、北名古屋市住民コホート（北名古屋ゲノム疫学研究: KING Study、NCT00262691）の中でメチル化アレイ(Illumina HumanMethylation450)を測定した男性・非糖尿病患者192名を対象に、血中アディポネクチン濃度に関連するDNAメチル化サイトを探索した。Batch effectを初めとする本研究に悪影響を与え得るバイアスは、複数のバイオインフォマティクス解析手法を活用する事で可能な限り取り除き、一般化線形モデル(GLM)を使用して、アディポネクチン濃度と関連するメチル化サイトの探索を行った。結果として、アディポネクチン濃度とP < 1.0 x 10の-6乗で関連するサイトを５カ所（４座位）同定した。
アディポネクチンの分泌異常である低アディポネクチン血症は、肥満や高血圧、2 型糖尿病、メタボリックシンドローム、心筋梗塞など様々な病態において認められ、これらの生活習慣病の発症および進展に深く関与する。アディポネクチン濃度が増減する分子メカニズムの解明は、そのメカニズムに沿ったアディポネクチン関連疾患の治療戦略の開発に繋がる事が期待される。そのため、本研究で同定されたメチル化サイトはそれらの足がかりになる事が期待され、非常に重要である。
更に本研究対象を含むメチル化アレイとSNPデータを用いて、アディポネクチン濃度とSNPのゲノムワイドメタアナリシス及び、若年発症心筋梗塞に関連するSNPの同定、喫煙習慣に関連するメチル化サイトの探索を行った。これら同定されたSNP・メチル化サイトと上記で同定したメチル化サイトとの関連も今後確認する予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
研究計画時に、初年度は、アディポネクチン濃度に関連するメチル化サイトの探索を行う事を目的とした。昨年度の段階で、我々は北名古屋市住民コホート（北名古屋ゲノム疫学研究: KING Study、NCT00262691）の中でメチル化アレイ(HumanMethylation450)を測定した男性・非糖尿病患者192名を対象に、DNAメチル化強度と血中アディポネクチン濃度の関連解析を実施した。本研究に悪影響を与え得るバイアスを、バイオインフォマティクス解析を活用する事で可能な限り取り除き、一般化線形モデル(GLM)を使用して、アディポネクチン濃度と関連するメチル化サイトの探索を行った。結果として、アディポネクチン濃度とP < 1.0 x 10の-6乗で関連する関連するサイトを５カ所（４座位）同定した。この様に研究計画時の目的を達成できている事から、本研究はおおむね順調に進展しているといえる。
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| Strategy for Future Research Activity |
我々は昨年度の時点で、KING Study参加者のメチル化アレイ(HumanMethylation450)データから、アディポネクチン濃度とP < 1.0 x 10の-6乗で関連する関連するメチル化サイトを５カ所（４座位）同定した。今後の研究では、これらのサイトを対象に以下の二つの解析を進める。
解析①：関連が確認されたメチル化サイトから、SNPや生活習慣に起因するメチル化サイトの探索を行う。
解析②：一連の解析で得られたメチル化サイトに対して、バイオインフォマティクスツールを活用したパスウェイ解析を行う。
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[Presentation] A meta-analysis of genome-wide association studies for adiponectin level in East Asians identifies a novel locus near WDR11-FGFR22013
Author(s)
Wu Y, Gao H, Li H, Tabara Y, Nakatochi M, Chiu YF, Park EJ, Vadlamudi S, Fogarty M, Wen W, Shu XO, Shin C, Jee SH, Chuang LM, Miki T, Yokota M, Lin X, Mohlke KL, Tai ES, Asian Genetic Epidemiology Network (AGEN) Adiponectin Working Group
Organizer
American Society of Human Genetics 2013
Place of Presentation
Boston (America)
Year and Date
20131023-20131023
