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2018 Fiscal Year Annual Research Report

リピート結合分子をプローブとしたトリヌクレオチドリピート病の化学生物学研究

Research Project

Project/Area Number 26000007
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

中谷 和彦  大阪大学, 産業科学研究所, 教授

Project Period (FY) 2014 – 2019
Keywordsトリヌクレオチドリピート / 低分子 / 神経変性疾患 / 遺伝子疾患 / 分子設計 / スクリーニング / 分子合成
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、我々の開発するトリヌクレオチドリピート結合分子を用いて、リピート伸長とリピートRNAの機能を低分子で調節する化学を拓き、トリヌクレオチドリピート病の新しい治療法開発に資する創薬リード化合物の創製を目指して、以下4つの研究項目、1)リピート結合分子の性能向上と創製、2)結合分子のリピート不安定化誘導と分子機構の解明・短縮分子探索、3)結合分子によるToxic RNAの捕捉、4)RAN Translationの分子機構解明と低分子による調節原理導出、を実施する。平成30年度は、研究項目1)に関して、前年度までの成果をもとにCUGリピート結合分子の構造最適化を進めた。計算機シミュレーションにより選択したジアミノイソキノリン誘導体の構造活性相関研究を進め、5位に導入した置換基および認識部位の二量化が、CUGリピートへの選択的結合やRNA foci生成解消に重要であることを見出した。また、リピート結合分子の性能向上を目指し、リピートDNAを認識・結合した後に標的配列上で二量体化して強固な結合能を発揮する分子を新規に開発した。研究項目2)では、プライマー伸長反応において観測された結合分子依存的なリピート短縮化産物について次世代シーケンサーを用いた定量解析を実施した。また、本成果をもとに結合分子のリピート短縮効果に基づくハイスループットスクリーニング系の確立を進めている。研究項目3)に関しては、脊髄小脳失調症31型(SCA31)に関わる5塩基リピートRNA (UGGAA)に結合する分子として前年度同定したNCDによるtoxic RNAの捕捉を細胞レベルで評価した。研究項目4)については、ポーランドアダムミツケビッチ大学との共同研究により推進中である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

平成30年度は、昨年度までに開発したリピート結合分子について、モデル細胞、個体モデルを用いたバイオアッセイを推進し、有望な成果を得ている。具体的には、脊髄小脳変性症31型(SCA31)の原因となるUGGAAリピートに結合する分子NCDを用いた細胞レベルのアッセイにより、NCDの添加によりRNA凝集体が減少することを明らかにした。既にショウジョウバエモデルをもちいたフェノタイプアッセイにおいて、NCD添加による複眼異常回復を観測しており、NCDの作用機序の解明が期待される。また、CUGリピートに結合する分子であるアミノフェナンスロリン誘導体およびジアミノイソキノリン誘導体が、筋緊張性ジストロフィー1型(DM1)の細胞モデルならびにマウスモデルにおいて、スプライシング異常修復効果を示すことを確認している。ジアミノイソキノリン誘導体は顕著な置換基構造依存性を示すことを見出しており、構造最適化を行うことで異常回復活性の更なる向上が期待できる。ハンチントン病に関係するCAGリピート結合分子NAについては、ハンチントンマウスモデルの線条体において観測されたリピート短縮効果について、阪大医学部、カナダSick Kids Instituteとの共同研究成果を踏まえて、Nature Geneticsに再投稿している。

Strategy for Future Research Activity

繰越申請の研究計画に従う。具体的には、筋緊張性ジストロフィー1型(DM1)に関わるCUGリピートに結合するジアミノイソキノリン誘導体について、構造最適化実施後の誘導体を用いて、疾患モデル細胞、モデルマウスにおける効果を明らかにする。また、NMR複合体構造解析により、ジアミノイソキノリン誘導体の分子認識機構の解明を進め、さらなる構造最適化と分子認識の新原理創出を目指す。本研究課題推進を通じて構築した共同研究ネットワークを最大限に活用し、研究課題のとりまとめを行う。

  • Research Products

    (51 results)

All 2019 2018 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 1 results) Presentation (41 results) (of which Int'l Joint Research: 24 results,  Invited: 17 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Scick Kids Institute, Tronto(カナダ)

    • Country Name
      CANADA
    • Counterpart Institution
      Scick Kids Institute, Tronto
  • [Int'l Joint Research] Polish Academy of Sciences, Poznan/Instiute of Bioorganic Chemistry/Adam Mickiewicz University(ポーランド)

    • Country Name
      POLAND
    • Counterpart Institution
      Polish Academy of Sciences, Poznan/Instiute of Bioorganic Chemistry/Adam Mickiewicz University
  • [Journal Article] A dimeric 2, 9-diamino-1, 10-phenanthroline derivative improves alternative splicing in myotonic dystrophy type 1 cell and mouse models2018

    • Author(s)
      Li, J. ; Nakamori, M. ; Matsumoto, J. ; Murata, A. ; Dohno, C. ; Kiliszek, A. ; Taylor, K. ; Sobczak, K. ; Nakatani, K.
    • Journal Title

      Chem. Eur. J.

      Volume: 24 Pages: 18115-18122

    • DOI

      10.1002/chem.201804368

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] CGG repeat DNA assisted dimerization of CGG/CGG binding molecule through intermolecular disulfide formation2018

    • Author(s)
      Yamada, T. ; Miki, S. ; Ni, L. ; Nakatani, K.
    • Journal Title

      Chem. Commun.

      Volume: 54 Pages: 13072-13075

    • DOI

      10.1039/C8CC06757K

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Small synthetic molecule-stabilized RNA pseudoknot as an activator for -1 ribosomal frameshifting2018

    • Author(s)
      Matsumoto, S. ; Caliskan, N. ; Rodnina, M. V. ; Murata, A. ; Nakatani, K.
    • Journal Title

      Nucl. Acids Res.

      Volume: 46 Pages: 8079-8089

    • DOI

      10.1093/nar/gky689

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Expanding chemical space of DNA-binding molecules with three base-binding units2018

    • Author(s)
      Yagi, Y. ; Aikawa, H. ; Yamada, T. ; Nakatani, K.
    • Journal Title

      Bioorg. Med. Chem. Lett.

      Volume: 28 Pages: 2894-2898

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2018.07.024

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 1, 3-Di(quinolin-2-y1) guanidine binds to GGCCCC hexanucleotide repeat DNA in C90RF722018

    • Author(s)
      Shibata, T. ; Murakami, E. ; Nakatani, K.
    • Journal Title

      Bioorg. Med. Chem. Lett.

      Volume: 28 Pages: 2364-2368

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2018.06.032

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Bicyclic and tricyclic C-C mismatch-binding ligands bind to CCG trinucleotide repeat DNAs2018

    • Author(s)
      Shibata, T. ; Nakatani, K.
    • Journal Title

      Chem. Commun.

      Volume: 54 Pages: 7074-7077

    • DOI

      10.1039/c8cc02393j

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Relative stability between the manganese hydroxide- and oxo-models for water oxidation by CCSD, DMRG CASCI, CASSCF, CASPT2 and CASDFT methods ; Importance of static and dynamical electron correlation effects for OEC of PSII2018

    • Author(s)
      Kawakami, T. ; Miyagawa, K. ; Isobe, H. ; Shoji, M. ; Yamanaka, S. ; Katouda, M. ; Nakajima, T. ; Nakatani, K. ; Okumura, M. ; Yamaguchi, K.
    • Journal Title

      Chem. Phys. Lett.

      Volume: 705 Pages: 85-91

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2018.05.046

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] リピートDNA、RNAに結合する低分子化合物による神経変性疾患治療への試み2019

    • Author(s)
      中谷 和彦
    • Organizer
      第1回医学系研究科・産業科学研究所懇話会
    • Invited
  • [Presentation] Small molecules targeting DNA and RNA repeats as potential drugs for neurological disorders2019

    • Author(s)
      Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      Indo-Japan (NCBS/InStem-Osaka) Meeting : Interfacing chemistry and biology
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Toward site selective modification of pyrimidine bases flipped out by naphthyridine cabamate dimer binding.2019

    • Author(s)
      Yuki Yagi, Takeshi Yamada, Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      JSPS日中韓フォーサイト事業 アジア化学プローブ研究拠点 第3回A3若手研究者ミーティング
  • [Presentation] 配列選択的ピリミジン塩基の酸化を指向した、ナフチリジンカルバメートダイマー誘導体の合成とその評価2019

    • Author(s)
      八木 勇樹、山田 剛史、中谷 和彦
    • Organizer
      日本化学会第99春季年会
  • [Presentation] N, N' -ジヘテロアリールグアニジン誘導体の合成とGGCCCCリピートDNAへの結合評価2019

    • Author(s)
      村上 英太郎、柴田 知範、中谷 和彦
    • Organizer
      日本化学会第99春季年会
  • [Presentation] Recognition of bulge-mismatched dsDNA's by a three-carbon atom linked 2-amino-1, 8-naphthyridine dimer2019

    • Author(s)
      Das Bimolendu, Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      日本化学会第99春季年会
  • [Presentation] Research on NCD (Naphthyridine Carbamate Dimer) Linked Arene-Ruthenium(Ⅱ) Half-Sandwich Complexes2019

    • Author(s)
      Ni Lu, Takeshi Yamada
    • Organizer
      日本化学会第99春季年会
  • [Presentation] 7位修飾ナフチリジンカルバメートダイマーの合成と結合特性2019

    • Author(s)
      櫻林 修平、山田 剛史、中谷 和彦
    • Organizer
      日本化学会第99春季年会
  • [Presentation] ピペラジン骨格を有する新規ナフチリジン誘導体の創成とRNAとの結合評価2019

    • Author(s)
      小林 笙太朗、廬 藝歡、堂野 主税、中谷 和彦
    • Organizer
      日本化学会第99春季年会
  • [Presentation] d(CTG)リピートへ結合する新規分子の合成及び結合評価2019

    • Author(s)
      岡本 竜政、中谷 和彦
    • Organizer
      日本化学会第99春季年会
  • [Presentation] Dicer切断を阻害するRNA結合分子標的配列の網羅的解析2019

    • Author(s)
      高島 祐介、村田 亜沙子、中谷 和彦
    • Organizer
      日本化学会第99春季年会
  • [Presentation] Targeting Trinucleotide Repeat Sequences by Small Organic Molecules2018

    • Author(s)
      Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      Trends in Nucleic Acid
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Fluorescent molecules binding to DNA bulges and mismatches : toward application for the practical use2018

    • Author(s)
      Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      Fluorescent Biomolecules and their Building Blocks (FB3)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] リピートRNA結合化合物によるリピート病の制御への試み2018

    • Author(s)
      中谷 和彦
    • Organizer
      第59回日本神経学会学術大会
    • Invited
  • [Presentation] Fluorescent Ligand binding to DNA and Its Potential Application in PCR and Sensing Disease Related Repeat Sequences2018

    • Author(s)
      Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      3rd International Caparica Conference on Chromogenic and Emissive Materials (IC3EM)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Targeting Spinocerebellar ataxia 31 (SCA31) by Small Molecules2018

    • Author(s)
      Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      2018 Bilateral Symposium Academia Sinica & Osaka University
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Regulation of RNA structure and function by small organic molecules2018

    • Author(s)
      Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      Seoul National University Korea seminar,
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Regulation of RNA structure and function by small organic molecules2018

    • Author(s)
      Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      Sungkyunkwan University Suwon, Korea, seminar
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Targeting DNA and RNA repeats responsible for neurological disorders by small organic molecules2018

    • Author(s)
      Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      The Weizmann Institute of Science Israel, seminar
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Regulation of RNA structure and function by small organic molecules2018

    • Author(s)
      Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      Seoul National University Korea seminar
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Targeting DNA and RNA repeats responsible for Neurological Disorders by Small Organic Molecules2018

    • Author(s)
      Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      The 3rd A3 Roundtable Meeting on Chemical Probe Research Hub
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Regulation of RNA structure and function by small organic molecules2018

    • Author(s)
      Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      Dankook University Yongin-si, Korea seminar
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] RNAを標的とした低分子創成の実際2018

    • Author(s)
      中谷 和彦
    • Organizer
      第399回情報計算化学生物学会講演会
    • Invited
  • [Presentation] RNAを標的とした低分子の創成~本当に可能ですよ~2018

    • Author(s)
      中谷 和彦
    • Organizer
      日経バイオテク プロフェッショナルセミナー
    • Invited
  • [Presentation] DNA、RNAの特徴的な配列を標的とする低分子創薬の現状と展望2018

    • Author(s)
      中谷 和彦
    • Organizer
      ヒューマンサイエンス振興財団ヒアリング
  • [Presentation] Targeting DNA- and RNA-repeats responsible for Neurological Disorders by Small Molecules2018

    • Author(s)
      Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      18th International Symposium at TMIMS on Structured Nucleic Acids
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Targeting DNA and RNA repeats responsible for neurological disorders by small organic molecules2018

    • Author(s)
      Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      Faculty of Science, The Hebrew University of Jerusalem Israel, seminar
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Rational design of CUG repeat binging molecule targeting Myotonic Dystrophy type 12018

    • Author(s)
      Jun Matsumoto, Jinxing Li, Asako Murata, Chikara Dohno, Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会
  • [Presentation] Synthesis and evaluation of ligands binding to C9orf72 GGCCCC repeat DNA related to ALS/FTD2018

    • Author(s)
      Eitaro Murakami, Tomonori Shibata, Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      JSPS日中韓フォーサイト事業 アジア化学プローブ研究拠点 第2回A3若手研究者ミーティング
  • [Presentation] Repeat-Assisted Dimerization of Thiol Modified Mismatch Binding Ligand2018

    • Author(s)
      Takeshi Yamada, Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      International Roundtable of Nucleosides, Nucleotides, and Nucleic Acids (IRT)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Development of Isoquinoline Ligand Binding to r(CUG) Repeats2018

    • Author(s)
      Jun Matsumoto, Jinxing Li, Asako Murata, Chikara Dohno, Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      International Roundtable of Nucleosides, Nucleotides, and Nucleic Acids (IRT)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] RNA-based Genetic Switch Controlled by Synthetic RNA Binding Ligands2018

    • Author(s)
      Chikara Dohno
    • Organizer
      Asian 3 Roundtable on Nucleic Acids (A3RONA 2018)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Synthesis and evaluation of ligands binding to C9orf72 GGCCCC repeat DNA related to ALS/FTD2018

    • Author(s)
      Eitaro Murakami, Tomonori Shibata, Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      The Third A3 Roundtable Meeting on Chemical Probe Research Hub
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Functional Regulation of Epigenetic DNA Modifications using Photoreactive Oligonucleotides2018

    • Author(s)
      Asako Yamayoshi, Takayuki Shibata, Yui Sakai, Takeshi Yamada, Tsuyoshi Yamamoto, Takehiko Wada, Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC) 2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Repeat DNA assisted dimerization of mismatch binding molecules through intermolecular disulfide formation2018

    • Author(s)
      Takeshi Yamada, Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC) 2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 1, 3-Di (quinolin-2-y1) guanidine binding to C9orf72 GGCCCC repeat DNA in ALS/FTD2018

    • Author(s)
      Eitaro Murakami, Tomonori Shibata, Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC) 2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Recognition of DNA GGGGCC repeats by novel naphthyridine tetramer2018

    • Author(s)
      Yihuan Lu, Chikara Dohno, Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC) 2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Rationally engineered ribozyme activatable by ligand induced restoration of tertiary structure2018

    • Author(s)
      Chikara Dohno, Maki Kimura, Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC) 2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Synthetic small molecule-stabilized RNA pseudoknot as an activator for -1 ribosomal frameshifting2018

    • Author(s)
      Asako Murata, Saki Matsumoto, Neva Caliskan, Marina V. Rodnina, Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC) 2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Development of Isoquinoline Ligand Binding to r(CUG) Repeats2018

    • Author(s)
      Jun Matsumoto, Jinxing Li, Masayuki Nakamori, Asako Murata, Chikara Dohno, Kazuhiko Nakatani
    • Organizer
      International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC) 2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 分子動力学シミュレーションによる核酸のミスマッチ部位に結合する小分子に関する研究2018

    • Author(s)
      宮川 晃一, 庄司 光男, 中谷 和彦, 重田 育照, 山口 兆
    • Organizer
      第12回分子科学討論会
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.sanken.osaka-u.ac.jp/labs/rbc/

URL: 

Published: 2021-07-06  

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