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2014 Fiscal Year Annual Research Report

環状最小ペプチド酵素の創製

Research Project

Project/Area Number 26220204
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

菅 裕明  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (00361668)

Project Period (FY) 2014-05-30 – 2019-03-31
Keywordsペプチド / 天然物 / 翻訳 / リボザイム / ケミカルバイオロジー / 酵素
Outline of Annual Research Achievements

本研究計画は、短鎖ペプチドを大環状化することで構造的に束縛(constrained)した空間をもつペプチドライブラリーを翻訳合成し、様々な触媒機能をもつペプチド分子を探索することに挑む。究極的には、大環状ペプチドの人工進化系を用いた「酵素起源」の探索とも言える基礎研究提案でもある。具体的には、(1)3次元空間を生み出す大環状ペプチド(1環~3環)ライブラリーの構築、(2)触媒活性種のセレクション、(3)個々の大環状ペプチド触媒の反応機構及び構造の解明を達成目標に掲げた。また(2)については、(2a)レドックス触媒、(2b)キナーゼ、(2c)アシルトランスフェラーゼ、(2d)糖転移触媒、を具体的な活性種探索の候補に挙げた。
本年度は、(1)の目標を完全に達成した(論文投稿中)。本研究では、システィン残基が2位にあっても、3位以下の位置に現れたシスティン残基がN末端のクロロアセチル基と選択的に環状化する知見を得ていた。そこで、2位のシスティン残基の下流に3つのシスティン残基を配置し、1,3,5-トリス(ブロモメチル)ベンゼンの投入による2位システィン残基とm位ならびにo位のシスティン残基のトリプルチオエーテル架橋を行うことで、3環構造をもつ複雑なペプチドの合成に成功した。さらに、2位のシスティン残基の下流にランダム配列のペプチド鎖を入れることで、そのライブラリー化にも成功した。一方、(2a)のセレクションによる1環ペプチド構造をもつ活性種の濃縮にも成功した。ただし、(2a)については、その濃縮された活性種が実際に目的の反応を促進している触媒機能をもつかどうかの確認を進めている最中であり、結論は平成27年度に持ち越している。また、(2b)についてもキナーゼ活性の探索を開始した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

実験開始を優先した(1)および(2a)については順調に進んでおり、また後続して開始した(2b)についても順調である。したがって、現状に大きな計画変更はない。

Strategy for Future Research Activity

平成27年度では(2b)の継続的研究、および(2c)と(2d)の研究を開始する。

  • Research Products

    (14 results)

All 2015 2014

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (11 results) (of which Invited: 11 results)

  • [Journal Article] Selection-based discovery of macrocyclic peptides for the next generation therapeutics.2015

    • Author(s)
      T. Morioka; N.D. Loik; C.J. Hipolito; Y. Goto; H. Suga
    • Journal Title

      Current opinion in chemical biology

      Volume: 26C Pages: 34-41

    • DOI

      10.1016/j.cbpa.2015.01.023.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Reprogramming the genetic code in vitro2014

    • Author(s)
      T. Passioura; H. Suga
    • Journal Title

      Trends in Biochemical Sciences

      Volume: 39 Pages: 400-408

    • DOI

      10.1016/j.tibs.2014.07.005.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Construction and screening of vast libraries of natural product-like macrocyclic peptides using in vitro display technologies2014

    • Author(s)
      N.K. Bashiruddin; H. Suga
    • Journal Title

      Current Opinion in Chemical Biology

      Volume: 24C Pages: 131-138

    • DOI

      10.1016/j.cbpa.2014.11.011.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 特殊ペプチド創薬イノベーション2015

    • Author(s)
      菅 裕明
    • Organizer
      Joint International Symposium on TGF-beta and Cancer
    • Place of Presentation
      筑波国際会議場、日本
    • Year and Date
      2015-01-11 – 2015-01-11
    • Invited
  • [Presentation] A RaPID way to discover bioactive macrocyclic peptides2014

    • Author(s)
      菅 裕明
    • Organizer
      Asian Chemical Biology Symposium
    • Place of Presentation
      Education Resource Centre, Singapore
    • Year and Date
      2014-12-15 – 2014-12-15
    • Invited
  • [Presentation] A RaPID way to discover bioactive macrocyclic peptides2014

    • Author(s)
      菅 裕明
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Asia "Synthetic Biology"
    • Place of Presentation
      Suzhou Dushu Lake Conference Center, Suzhou, China
    • Year and Date
      2014-12-04 – 2014-12-04
    • Invited
  • [Presentation] A RaPID way to discover bioactive macrocyclic Scafforld and its Innovation2014

    • Author(s)
      菅 裕明
    • Organizer
      Joint symposium of the Institute of Convergent Technology at Seoul National University and the Research Center for Advanced Science and Technology at the University of Tokyo
    • Place of Presentation
      Conference RoomI, AICT, Suwon, Korea
    • Year and Date
      2014-11-28 – 2014-11-28
    • Invited
  • [Presentation] 特殊ペプチド創薬イノベーション2014

    • Author(s)
      菅 裕明
    • Organizer
      第51回ペプチド討論会
    • Place of Presentation
      徳島大学大塚講堂、日本
    • Year and Date
      2014-10-22 – 2014-10-22
    • Invited
  • [Presentation] A RaPID way to discover bioactive macrocyclic peptides2014

    • Author(s)
      菅 裕明
    • Organizer
      Switzerland-Japan Chemical Biology Symposium
    • Place of Presentation
      University of Bern, Switzerland
    • Year and Date
      2014-10-02 – 2014-10-02
    • Invited
  • [Presentation] 特殊ペプチド創薬イノベーション2014

    • Author(s)
      菅 裕明
    • Organizer
      The Origin 2014
    • Place of Presentation
      奈良県新公会堂、日本
    • Year and Date
      2014-07-23 – 2014-07-23
    • Invited
  • [Presentation] Pseudo-Natural Product Synthesis and Drug Applications2014

    • Author(s)
      菅 裕明
    • Organizer
      International Conference on Medicinal Chemistry 2014
    • Place of Presentation
      Rouen's Law Faculty meeting room, Rouen, France
    • Year and Date
      2014-07-01 – 2014-07-01
    • Invited
  • [Presentation] A novel drug discovery platform technology fro "Nontraditional" molecules2014

    • Author(s)
      菅 裕明
    • Organizer
      Pre-COST meeting “Innovation”
    • Place of Presentation
      Universita Degli Studi Firenze, Siena, Italy
    • Year and Date
      2014-06-25 – 2014-06-25
    • Invited
  • [Presentation] In Vitro Biophynthesis and Discovery of Pseudo-nutural Products2014

    • Author(s)
      菅 裕明
    • Organizer
      Chemical Biology meets Drug Discovery meeting, Royal Society of Chemistry
    • Place of Presentation
      Lilly Research Centre Erl Wood Manor, Surrey, UK
    • Year and Date
      2014-06-12 – 2014-06-12
    • Invited
  • [Presentation] 特殊ペプチド創薬イノベーション2014

    • Author(s)
      菅 裕明
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会第9回年会
    • Place of Presentation
      大阪大学 豊中キャンパス、日本
    • Year and Date
      2014-06-11 – 2014-06-11
    • Invited

URL: 

Published: 2016-06-01  

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