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2015 Fiscal Year Annual Research Report

極限環境下におけるアーキアの遺伝情報維持機構の解明

Research Project

Project/Area Number 26242075
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

石野 良純  九州大学, (連合)農学研究科(研究院), 教授 (30346837)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 内海 利男  新潟大学, 自然科学系, 教授 (50143764)
金井 昭夫  慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60260329)
跡見 晴幸  京都大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (90243047)
Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Keywords超好熱性アーキア / ゲノム安定性維持 / 遺伝情報 / DNA修復 / RNAプロセシング / 翻訳装置 / 極限環境 / Thermococcales
Outline of Annual Research Achievements

DNA修復系の解析で大きな進展があった。DNAの塩基に損傷が起きたときの修復機能に関連する新規酵素として、昨年度に発見し、Endonuclease Qと命名した酵素の機能解析に加えて、本年度は塩基対にミスマッチが生じた時に、それを認識して切断する新規酵素を発見して解析した成果は大きい。この酵素は Endonuclease MSと名付けた。この酵素の生化学的性質解析、構造解析を活発に進め、新たなミスマッチ修復経路の提唱を行った。また細胞内での機能解析を進めるために、分担者によって、これらの酵素遺伝子を破壊した菌株の単離を行った。
RNAプロセシング装置では、P. furiosus全タンパク質抽出液を系統的かつ生化学的に分画し、rRNA前駆体のプロセシングや分解活性に関わるタンパク質複合体の部分精製分画を複数種得た。この画分のLC-MS/MS解析を行い、活性の一つがRNA分解に関わるExosomeの複合体に依る可能性を突き止めた。また、真核生物でrRNA前駆体のプロセシングに関わるNob-1とDim2のホモログを同定した。さらに、試験管内でtRNA前駆体におけるイントロン配列の切断から、エキソンの連結までの再構成を行い、未同定のタンパク質因子がtRNAエキソンの連結に必要であることを予想した。
翻訳装置では、P. furiosusのリボソーム結合タンパク質を網羅的に解析し、翻訳に関わる既知因子8種類に加え、プライマーゼを含む5種類のDNA合成関連因子、2種類のRNA合成関連因子、32種類の機能未知の因子を検出した。これら機能未知因子のうち4種類について、精製リボソームとの再結合性を確認した。これらリボソーム結合因子の中には、リボソームの機能中心に位置するstalkタンパク質と結合するもの、リボソーム小亜粒子の二量体形成に関わるものも含まれる。今後の研究の基盤が確立したと言える。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究は極限環境下における生命維持現象の解明を目指している。100 ℃の高温下で生息する超好熱性アーキアが遺伝情報を正確に維持し、子孫に伝達していくしくみを明らかにすることが目的である。超好熱性アーキアの代表的な種であるPyrococcus furious, Thermococcus kodakarensisを用いて、生化学的手法と遺伝学的手法を組み合わせながら解析を進めている。本研究は超高温という特殊環境での生命現象の解明と同時に、これまでの分子生物学で積み上げられてきた多くの知識を整理し、本研究で得られる情報を基に、生物が獲得した遺伝情報の複製、修復、転写、翻訳装置の作動原理を解き明かしたいと考えている。
本研究目的に対して、H27年度の成果は、一年間に実施できる内容としては十分に達成できている。塩基対にミスマッチが生じた時に、それを認識して切断する新規酵素Endonuclease MS の発見と、新たなミスマッチ修復経路の提唱を行ったことは顕著な進歩である。RNAプロセシング及び分解活性を担う複合体の分子同定についても、活性に関わるタンパク質(複合体)の部分精製分画をLC-MS/MS解析し、活性の一つがアーキアのRNA分解に関わるExosomeの複合体に依る可能性を突き止めたこと、アーキアのNob-1とDim2ホモログ (Pf-Nob1及びPf-Dim2)を同定したこと、tRNA前駆体スプライシング再構成系を構築したことなど顕著な進展があった。翻訳装置に関しても、リボソーム結合タンパク質を網羅的に解析し、翻訳に関わるタンパク質として新たに、プライマーゼを含む5種類のDNA合成関連因子、2種類のRNA合成関連因子、32種類の機能未知の因子を検出したことは目的通りである。特に複製と翻訳の協調的作用が示唆され、本研究チーム間の連携が今後ますます有効になる。

Strategy for Future Research Activity

本研究はH28年度が最終年である。これまでの実績と進捗状況から、期限内にある一定の特筆すべき成果を示すことは確実に達成できる。複製・修復、転写、翻訳のそれぞれで、複合体解析が進んでおり、さらにそれぞれの現象間で関連する因子の候補が上がってきている。H28年度は、個々の研究チームで進めてきたテーマを続行し、未同定の新規因子を同定していくことに加えて、チーム間での連携が大いに発揮される年になると考えている。また、分担チームで単離されてきた各種の遺伝子破壊株を用いて遺伝学的解析を進め、先行している生化学的解析結果を相補していく方向で進める予定である。本研究は、極限環境下における生命維持現象の解明という、他に類似した例を見ない独創的なものであるが、3年間を通して我々人類の生命に対する知識を大きく前進させる成果が得られる予定である。H28年度は、9月に京都において、本研究者らが中心となって開催する国際学会が予定されている。本研究成果の一部はその学会において世界に発信する予定である。

  • Research Products

    (80 results)

All 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (21 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 20 results,  Open Access: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 13 results) Presentation (52 results) (of which Int'l Joint Research: 10 results,  Invited: 7 results) Book (2 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] Institut Pasteur/University of Paris-Sud (VI)(France)

    • Country Name
      France
    • Counterpart Institution
      Institut Pasteur/University of Paris-Sud (VI)
  • [Int'l Joint Research] University of Bergen(Norway)

    • Country Name
      Norway
    • Counterpart Institution
      University of Bergen
  • [Int'l Joint Research] University of Illinois at U-C(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      University of Illinois at U-C
  • [Journal Article] Identification of a mismatch-specific endonuclease in hyperthermophilic Archaea.2016

    • Author(s)
      Ishino S, Nishi Y, Oda S, Uemori T, Sagara T, Takatsu N, Yamagami T, Shirai T, Ishino Y.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res.

      Volume: 124 Pages: in press

    • DOI

      10.1093/nar/gkw153

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] A longer finger-subdomain of family A DNA polymerases found by metagenomic analysis strengthens DNA binding and primer extension abilities.2016

    • Author(s)
      Yamagami, T., Matsukawa, H., Tsunekawa, S., Kawarabayasi, Y., Ishino, S., and Ishino, Y
    • Journal Title

      Gene

      Volume: 576 Pages: 690-695

    • DOI

      10.1016/j.gene.2015.10.030.

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] A structurally novel chitinase from the chitin-degrading hyperthermophilic archaeon, Thermococcus chitonophagus.2016

    • Author(s)
      Horiuchi, A., Aslam, M., Kanai, T. & Atomi, H.
    • Journal Title

      Appl. Environ. Microbiol.

      Volume: * Pages: *

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Expansion of Noncanonical V-Arm-Containing tRNAs in Eukaryotes.2016

    • Author(s)
      Hamashima K, Tomita M, Kanai A.
    • Journal Title

      Mol Biol Evol.

      Volume: 33 Pages: 530-540

    • DOI

      10.1093/molbev/msv253.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Involvement of ribosomal protein L6 in assembly of functional 50S ribosomal subunit in Escherichia coli cells.2016

    • Author(s)
      Shigeno Y, Uchiumi T, Nomura T.
    • Journal Title

      Biochem Biophys Res Commun.

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2016.03.085.

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Crystal structure of translation initiation factor 5B from the crenarchaeon Aeropyrum pernix.2016

    • Author(s)
      Murakami R, Miyoshi T, Uchiumi T, Ito K.
    • Journal Title

      Proteins

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      10.1002/prot.25009.

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Characterization of silk gland ribosomes from a bivoltine caddisfly, Stenopsyche marmorata: translational suppression of a silk protein in cold conditions.2016

    • Author(s)
      Nomura T, Ito M, Kanamori M, Shigeno Y, Uchiumi T, Arai R, Tsukada M, Hirabayashi K, Ohkawa K.
    • Journal Title

      Biochem Biophys Res Commun.

      Volume: 469 Pages: 210-215

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2015.11.112.

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Mutation of the gene encoding the ribonuclease P RNA in the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis causes decreased growth rate and impaired processing of tRNA precursors.2015

    • Author(s)
      Ueda, T., Ishino, S., Suematsu K., Nakashima, T., Kakuta, Y., Kawarabayasi, Y., Ishino, Y., and Kimura, M.
    • Journal Title

      Biochem Biophys Res Commun.

      Volume: 468 Pages: 660-665

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2015.11.012.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] From structure-function analyses to protein engineering for practical applications of DNA ligase.2015

    • Author(s)
      Tanabe M, Ishino Y, and Nishida H.
    • Journal Title

      Archaea

      Volume: 2015 Pages: 1-20

    • DOI

      10.1155/2015/267570

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Guanine nucleotide exchange factor 2 for Rab5 proteins coordinated with GLUP6/GEF regulates the intracellular transport of the proglutelin from the Golgi apparatus to the protein storage vacuole in rice endosperm.2015

    • Author(s)
      Wen, L., Fukuda, M., Sunada, M., Ishino, S., Ishino, Y., Okita, T.W., Ogawa, M., Ueda, T., and Kumamaru, T.
    • Journal Title

      J. Exp. Bot.

      Volume: 66 Pages: 6137-6147

    • DOI

      10.1093/jxb/erv325.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I.2015

    • Author(s)
      Miyazono, K, Ishino, S, Tsutsumi, K, Ito, T, Ishino, Y, and Tanokura, M.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res.

      Volume: 43 Pages: 7122-7136

    • DOI

      10.1093/nar/gkv654.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] EndoQ and EndoV work individually for damaged DNA base repair in Pyrococcus furious.2015

    • Author(s)
      Ishino, S, Makita, N, Shiraishi, M, Yamagami, T, and Ishino, Y.
    • Journal Title

      Biochimie

      Volume: 118 Pages: 264-269

    • DOI

      10.1016/j.biochi.2015.06.015.

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] 奇妙な繰り返し配列、それがCRISPRだった2015

    • Author(s)
      石野良純
    • Journal Title

      実験医学

      Volume: 33 Pages: 1449-1454

  • [Journal Article] DNA repair in hyperthermophilic and hyperradioresistant microorganisms.2015

    • Author(s)
      Ishino, Y., and Narumi, I.
    • Journal Title

      Curr. Opin Microbiol.

      Volume: 25 Pages: 103-112

    • DOI

      10.1016/j.mib.2015.05.010

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Functional role of the C-terminal tail of the archaeal ribosomal stalk in recruitment of two elongation factors to the sarcin/ricin loop of 23S rRNA.2015

    • Author(s)
      Imai, H, Miyoshi, T, Murakami, R, Ito, K, Ishino, Y, and Uchiumi, T.
    • Journal Title

      Genes. Cells

      Volume: 20 Pages: 613-624

    • DOI

      10.1111/gtc.12256.

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] An optimized Npro-based method for expression and purification of intrinsically disordered proteins for NMR study.2015

    • Author(s)
      Goda, N., Matsuo, N., Tenno, T., Ishino, S., Ishino, Y., Fukuchi, S., Ota, M., and Hiroaki, H.
    • Journal Title

      J. Intrinsic. Disordered Prot.

      Volume: 3 Pages: 1-6

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Overproduction of the membrane-bound [NiFe]-hydrogenase in Thermococcus kodakarensis and its effect on hydrogen production.2015

    • Author(s)
      Kanai T, Simons JR, Tsukamoto R, Nakajima A, Omori Y, Matsuoka R, Beppu H, Imanaka T, Atomi H.
    • Journal Title

      Front. Microbiol.

      Volume: 26 Pages: 847

    • DOI

      10.3389/fmicb.2015.00847

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] A pentose bisphosphate pathway for nucleoside degradation in Archaea.2015

    • Author(s)
      Aono, R., Sato, T., Imanaka, T. & Atomi, H.
    • Journal Title

      Nat. Chem. Biol.

      Volume: 11 Pages: 355-360

    • DOI

      10.1038/nchembio.1786.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Editorial overview: Extremophiles: From extreme environments to highly stable biocatalysts.2015

    • Author(s)
      Bonch-Osmolovskaya, E. & Atomi, H.
    • Journal Title

      Curr. Opin. Microbiol.

      Volume: 25 Pages: *

    • DOI

      10.1016/j.mib.2015.06.005.

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Precise mapping and dynamics of tRNA-derived fragments (tRFs) in the development of Triops cancriformis (tadpole shrimp).2015

    • Author(s)
      Hirose Y., Ikeda KT, Noro E., Hiraoka K., Tomita M., and Kanai A.
    • Journal Title

      BMC Genet.

      Volume: 16 Pages: 83

    • DOI

      10.1186/s12863-015-0245-5.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Characterization of anti-P monoclonal antibodies directed against the ribosomal protein•RNA complex antigen and produced using MRL autoimmune-prone mice.2015

    • Author(s)
      Sato H, Onozuka M, Hagiya A, Hoshino S, Narita I, Uchiumi T.
    • Journal Title

      Clin Exp Immunol.

      Volume: 179 Pages: 236-244

    • DOI

      10.1111/cei.12460.

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] A novel endonuclease responsible for damaged DNA repair in archaeal order Thermococcales.2016

    • Author(s)
      Miyako Shiraishi, Sonoko Ishino, Yuriko Egashira, Shinichi Kiyonari, Takeshi Yamagami, Isaac Cann, Yoshizumi Ishino
    • Organizer
      日本農芸化学会2016年度大会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター、札幌
    • Year and Date
      2016-03-27 – 2016-03-30
  • [Presentation] tRNA遺伝子の進化と遺伝子制御系に関する一考察2016

    • Author(s)
      金井昭夫
    • Organizer
      新学術領域研究「冥王代生命学の創成」ワークショップ
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2016-02-15
    • Invited
  • [Presentation] Structure and functions of the Thermococcal-specific exonuclease.2015

    • Author(s)
      Sonoko Ishino, Ken-ichi Miyazono, Takeshi Yamagami, Takafumi Hamasuna, Tsuyoshi Shirai, Hiroya Tomita, Tamotsu Kanai, Haruyuki Atomi, Masaru Tanokura, Yoshizumi Ishino.
    • Organizer
      2015 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies.
    • Place of Presentation
      Honolulu, Hawaii, USA
    • Year and Date
      2015-12-15 – 2015-12-20
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 超好熱性アーキアの損傷塩基修復機構の解析2015

    • Author(s)
      石野園子、白石都、牧田成人、吉田光太郎、山上健、Isaac Cann、石野良純
    • Organizer
      微生物学の新たな発展、ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム(主催)
    • Place of Presentation
      ANAホリデイ・イン リゾート 宮崎
    • Year and Date
      2015-12-06 – 2015-12-07
  • [Presentation] 超好熱性アーキアThermococcus kodakarensis由来ファミリーD DNAポリメラーゼの構造理解へ向けた生化学的機能解析2015

    • Author(s)
      高島夏希、石野園子、高藤三加、真柳浩太、原 智彦、山上 健、石野良純
    • Organizer
      微生物学の新たな発展、ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム(主催)
    • Place of Presentation
      ANAホリデイ・イン リゾート 宮崎
    • Year and Date
      2015-12-06 – 2015-12-07
  • [Presentation] 超好熱性アーキア由来ミスマッチDNA特異的切断酵素2015

    • Author(s)
      織田宗一郎、西 祐紀、石野 園子、山上 健、上森隆司、相良武宏、石野良純
    • Organizer
      微生物学の新たな発展、ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム(主催)
    • Place of Presentation
      ANAホリデイ・イン リゾート 宮崎
    • Year and Date
      2015-12-06 – 2015-12-07
  • [Presentation] 鎖置換活性を有するTaq DNAポリメラーゼの創製2015

    • Author(s)
      梶谷泰之、今井奈美子、石野園子、山上 健、石野良純
    • Organizer
      微生物学の新たな発展、ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム(主催)
    • Place of Presentation
      ANAホリデイ・イン リゾート 宮崎
    • Year and Date
      2015-12-06 – 2015-12-07
  • [Presentation] How do the two RecJ/Cdc45 proteins work in the replication fork of Thermococcus kodakarensis?2015

    • Author(s)
      Mariko Nagata, Sonoko Ishino, Takeshi Yamagami, Jan Simons, Tamotsu Kanai, Haruyuki Atomi, Yoshizumi Ishino
    • Organizer
      微生物学の新たな発展、ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム(主催)
    • Place of Presentation
      ANAホリデイ・イン リゾート 宮崎
    • Year and Date
      2015-12-06 – 2015-12-07
  • [Presentation] TaqDNAポリメラーゼおよびクランプ分子PCNAの長鎖DNA合成をめざしたPCRへの応用2015

    • Author(s)
      渡辺夏実、今井奈美子、石野園子、山上健、石野良純
    • Organizer
      微生物学の新たな発展、ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム(主催)
    • Place of Presentation
      ANAホリデイ・イン リゾート 宮崎
    • Year and Date
      2015-12-06 – 2015-12-07
  • [Presentation] Detection of the interaction between GINS and Family D DNA polymerase in Thermococcus kodakarensis.2015

    • Author(s)
      Yalu Tang, Kohei Kobayashi, Natsuki Takashima, Takeshi Yamagami, Sonoko Ishino, Yoshizumi Ishino
    • Organizer
      微生物学の新たな発展、ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム(主催)
    • Place of Presentation
      ANAホリデイ・イン リゾート 宮崎
    • Year and Date
      2015-12-06 – 2015-12-07
  • [Presentation] 超好熱性アーキアThermococcus kodakarensis由来エンドヌクレアーゼNucSの相互作用因子の探索2015

    • Author(s)
      佐々木琢也、石野園子、織田宗一郎、山上 健、石野良純
    • Organizer
      微生物学の新たな発展、ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム(主催)
    • Place of Presentation
      ANAホリデイ・イン リゾート 宮崎
    • Year and Date
      2015-12-06 – 2015-12-07
  • [Presentation] 超好熱性アーキアThermococcus kodakarensis由来ファミリーD DNAポリメラーゼの機能領域解析およびGINSとの相互作用解析2015

    • Author(s)
      原 智彦、田島 優美、秋田 眞季、高島 夏希、山上 健、石野 園子、石野 良純
    • Organizer
      微生物学の新たな発展、ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム(主催)
    • Place of Presentation
      ANAホリデイ・イン リゾート 宮崎
    • Year and Date
      2015-12-06 – 2015-12-07
  • [Presentation] Pyrococcus furiosus由来Endonuclease QとPCNAとの相互作用解析2015

    • Author(s)
      吉田光太郎、石野園子、白石 都、山上 健、石野良純
    • Organizer
      微生物学の新たな発展、ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム(主催)
    • Place of Presentation
      ANAホリデイ・イン リゾート 宮崎
    • Year and Date
      2015-12-06 – 2015-12-07
  • [Presentation] 超好熱性アーキアThermococcus kodakarensis由来タンパク質GAN-GINSの相互作用2015

    • Author(s)
      綿谷江梨、石野園子、小林康平、大山拓次、山上 健、石野良純
    • Organizer
      微生物学の新たな発展、ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム(主催)
    • Place of Presentation
      ANAホリデイ・イン リゾート 宮崎
    • Year and Date
      2015-12-06 – 2015-12-07
  • [Presentation] Development of genetic engineering enzymes derived from research on DNA transactions of microorganisms.2015

    • Author(s)
      Sonoko Ishino, Yasuyuki Kajitani, Natsumi Watanabe, Takeshi Yamagami, Yoshizumi Ishino.
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド、神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
    • Invited
  • [Presentation] Structure and functions of the replicative helicase complex in Archaea.2015

    • Author(s)
      Sonoko Ishino, Hiromi Ogino, Mariko Nagata, Kohei Kobayashi, Takuji Oyama, Takeshi Yamagami, Jan-Robert Simmons, Tamotsu Kanai, Haruyuki Atomi, Yutaka Kawarabayasi, Yoshizumi Ishino.
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド、神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
    • Invited
  • [Presentation] EndoQおよびEndoVヌクレアーゼはPyrococcus furiosusにおける損傷DNA塩基修復において別々に働く2015

    • Author(s)
      山上 健、石野園子、牧田成人、白石 都、石野良純
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド、神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] Characterization of two RecJ-like proteins from the thermophilic archaeon, Thermoplasma acidophilum.2015

    • Author(s)
      Hiromi Ogino, Sonoko Ishino, Nils-Kåre Birkeland, Daisuke Kohda, Yutaka Kawarabayasi, Yoshizumi Ishino.
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド、神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] 超好熱性アーキアThermococcus kodakarensis由来ファミリーD DNAポリメラーゼの構造と機能の相関2015

    • Author(s)
      高島夏希、石野園子、高藤三加、真柳浩太、原 智彦、山上 健、石野良純
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド、神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] How does the RecJ/Cdc45 protein work in the replication fork of Thermococcus kodakarensis?2015

    • Author(s)
      Mariko Nagata, Sonoko Ishino, Kohei Kobayashi, Takeshi Yamagami, Takuji Oyama, Jan-Robert Simons, Tamotsu Kanai, Haruyuki Atomi, Yoshizumi Ishino
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド、神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] 遺伝暗号の起源とtRNAの分子進化について2015

    • Author(s)
      金井昭夫
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド、神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
    • Invited
  • [Presentation] 超好熱性アーキアPyrococcus furiousにおけるrRNA及びtRNA前駆体のプロセシング因子の系統的な解析2015

    • Author(s)
      今井淳之介、佐藤朝子、野呂絵美子、冨田勝、森大、金井昭夫
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド、神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] RNA - RNA結合タンパク質の結合領域を2次元可視化するソフトウエアの開発とその応用2015

    • Author(s)
      玉木聡志、冨田勝、金井昭夫
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド、神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] アルゴノート蛋白質によるガイド/ターゲット二本鎖の新結合様式2015

    • Author(s)
      三好智博、伊東孝介、村上僚、内海利男
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド、神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] ペプチジルtRNA加水分解酵素の構造・機能解析2015

    • Author(s)
      上原祐二、伊東孝祐、村上僚、松本愛弥、三好智博、清水義宏、横川隆志、上田卓也、内海利男
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド、神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] 翻訳終結段階および異常停止時におけるリボソームストークタンパク質のはたらき2015

    • Author(s)
      今井大達、三好智博、伊東孝祐、内海利男
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド、神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] 古細菌リボソームにおける種特異的な翻訳因子受容性をもたらす分子要因2015

    • Author(s)
      須田真広、今井大達、三好智博、伊東孝祐、内海利男
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド、神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] 超好熱性古細菌Pyrococcus furiosusにおけるリボソーム結合性タンパク質の網羅的解析2015

    • Author(s)
      丸山圭、三好智博、伊東孝祐、内海利男
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド、神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] リボソームサブユニット会合における翻訳開始因子IF5Bとリボソームストーク間相互作用の構造・機能基盤2015

    • Author(s)
      村上僚、伊東孝祐、Jacob Morris、Leiming Tang、三好智博、浅野桂、内海利男
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会 第88回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド、神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] Pyrococcus furiosus由来EndoQおよびEndoVはDNA鎖中の損傷塩基の修復に協調して働くのだろうか?2015

    • Author(s)
      石野園子、牧田成人、白石 都、山上 健、石野良純
    • Organizer
      極限環境生物学会2015年度(第16回)年会
    • Place of Presentation
      東京海洋大学、東京
    • Year and Date
      2015-11-08 – 2015-11-09
  • [Presentation] 超好熱性アーキアThermococcus kodakarensisの複製フォーク進行に関与する二種のRecJ様ヌクレアーゼ2015

    • Author(s)
      永田麻梨子、石野園子、小林康平、山上 健、Jan-Robert Simons、金井 保、跡見晴幸、石野良純
    • Organizer
      極限環境生物学会2015年度(第16回)年会
    • Place of Presentation
      東京海洋大学、東京
    • Year and Date
      2015-11-08 – 2015-11-09
  • [Presentation] Recognition mechanism of guide RNA-target DNA heterodupulex by Argonaute.2015

    • Author(s)
      Tomohiro Miyoshi, Kosuke Ito, Ryo Murakami, Toshio Uchiumi
    • Organizer
      EMBO EMBL Symposium: The Non-Coding Genome
    • Place of Presentation
      EMBL Advanced Training Centre, Heidelberg Germany
    • Year and Date
      2015-10-18 – 2015-10-21
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Isolation and characterization of a novel endonuclease responsible in damaged DNA repair pathway from thermococcal archaea.2015

    • Author(s)
      Miyako Shiraishi, Sonoko Ishino, Yuriko Egashira, Shinichi Kiyonari, Takeshi Yamagami, Issac Cann, Yoshizumi Ishino.
    • Organizer
      Department of Microbiology Research Conference, University of Illinois.
    • Place of Presentation
      Urbana-Champaign, USA
    • Year and Date
      2015-10-17 – 2015-10-17
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Pyrococcus furiosus由来Endonuclease QとPCNAとの相互作用解析2015

    • Author(s)
      吉田光太郎、石野園子、白石 都、山上 健、石野良純
    • Organizer
      日本農芸化学会中四国支部・西日本支部合同大会
    • Place of Presentation
      愛媛大学、松山
    • Year and Date
      2015-09-17 – 2015-09-18
  • [Presentation] Thermococcus kodakarensisのDNA複製関連因子間(GAN-GINS)相互作用解析2015

    • Author(s)
      綿谷江梨、石野園子、小林康平、大山拓次、山上 健、石野良純
    • Organizer
      日本農芸化学会中四国支部・西日本支部合同大会
    • Place of Presentation
      愛媛大学、松山
    • Year and Date
      2015-09-17 – 2015-09-18
  • [Presentation] Recent progress in the study of nucleases in hyperthermophiles2015

    • Author(s)
      Yoshizumi Ishino.
    • Organizer
      Thermophiles 2015
    • Place of Presentation
      Santiago, Chile
    • Year and Date
      2015-08-30 – 2015-09-04
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Cdc45-independent activation of replicative helicase in the thermophilic archaeon, Thermoplasma acidophilum.2015

    • Author(s)
      Hiromi Ogino, Sonoko Ishino, Nils-Kare Birkeland, Daisuke Kohda, Yutaka Kawarabayasi, Yoshizumi Ishino.
    • Organizer
      Thermophiles 2015
    • Place of Presentation
      Santiago, Chile
    • Year and Date
      2015-08-30 – 2015-09-04
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Engineering of Taq DNA polymerases utilizing information from metagenomic analysis.2015

    • Author(s)
      Sonoko Ishino, Takeshi Yamagami, Hiroaki Matsukawa, Sae Tsunekawa, Yutaka Kawarabayasi, Yoshizumi Ishino
    • Organizer
      Thermophiles 2015
    • Place of Presentation
      Santiago, Chile
    • Year and Date
      2015-08-30 – 2015-09-04
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Comparative analysis of two RecJ-like exonucleases found in Thermococcus kodakarensis for the replication fork progression2015

    • Author(s)
      Mariko Nagata, Sonoko Ishino, Takeshi Yamagami, Jan-Robert Simmons, Tamotsu Kanai, Haruyuki Atomi, Yoshizumi Ishino
    • Organizer
      Thermophiles 2015
    • Place of Presentation
      Santiago, Chile
    • Year and Date
      2015-08-30 – 2015-09-04
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] アーキアのRecJ/Cdc45タンパク質はDNA複製フォーク進行に関与するのか?2015

    • Author(s)
      永田麻梨子、石野園子、小林康平、山上 健、Jan Simons、金井保、跡見晴幸、石野良純
    • Organizer
      第28回日本Archaea研究会講演会
    • Place of Presentation
      愛媛大学、松山
    • Year and Date
      2015-07-23 – 2015-07-24
  • [Presentation] アーキアのミスマッチ塩基特異的エンドヌクレアーゼ2015

    • Author(s)
      石野園子、織田宗一郎、西 祐紀、山上 健、上森隆司、相良武宏、石野良純
    • Organizer
      第28回日本Archaea研究会講演会
    • Place of Presentation
      愛媛大学、松山
    • Year and Date
      2015-07-23 – 2015-07-24
  • [Presentation] 超好熱性アーキア由来Pf-Nob1 及びPf-Dim2 によるrRNA 前駆体のプロセシング制御2015

    • Author(s)
      今井 淳之介、佐藤 朝子、野呂 絵美子、冨田 勝、金井 昭夫
    • Organizer
      第17回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      ホテルライフォート札幌(北海道)
    • Year and Date
      2015-07-15 – 2015-07-17
  • [Presentation] Rhodobacter sphaeroides ArgonauteによるガイドRNA/ターゲットDNA認識機構の構造基盤2015

    • Author(s)
      三好智博、伊東孝祐、村上僚、内海利男
    • Organizer
      第17回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      ホテルライフォート札幌(北海道)
    • Year and Date
      2015-07-15 – 2015-07-17
  • [Presentation] リボソームストークと翻訳因子GTPaseの相互作用2015

    • Author(s)
      丹澤豪人、熊倉侑紀、田中良和、内海利男、田中勲、姚閔
    • Organizer
      第17回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      ホテルライフォート札幌(北海道)
    • Year and Date
      2015-07-15 – 2015-07-17
  • [Presentation] リボソームストークタンパク質とeIF5Bの相互作用は翻訳開始反応におけるサブユニット会合を促進する2015

    • Author(s)
      村上僚、Jacob Morris、Leiming Tang、三好智博、浅野桂、伊東孝祐、内海利男
    • Organizer
      第17回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      ホテルライフォート札幌(北海道)
    • Year and Date
      2015-07-15 – 2015-07-17
  • [Presentation] Pyrolysin is a protease that specifically cleaves the C-terminal domain of the RtcB RNA ligase and represses its tRNA ligation activity in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus.2015

    • Author(s)
      A. Sato, M. Mori, T. Masuda, T. Itoh and A. Kanai
    • Organizer
      RNA2015: The 20th Annual Meeting of the RNA Society
    • Place of Presentation
      Madison, Wisconsin, USA.
    • Year and Date
      2015-05-29
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Stepwise evolution of ribosomal RNA gene cluster in Archaea.2015

    • Author(s)
      A. Kobayashi, K. Hamashima, M. Tomita and A. Kanai
    • Organizer
      RNA2015: The 20th Annual Meeting of the RNA Society
    • Place of Presentation
      Madison, Wisconsin, USA.
    • Year and Date
      2015-05-27
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] シンポジウム「超好熱菌における耐熱性の分子機構」企画2015

    • Author(s)
      石野良純
    • Organizer
      平成27年度日本生化学会九州支部例会
    • Place of Presentation
      九州大学、福岡
    • Year and Date
      2015-05-16 – 2015-05-17
  • [Presentation] 超好熱性アーキアThermococcus kodakarensisのDNA polymerase Dの機能解剖に向けて2015

    • Author(s)
      高島夏希、山上 健、石野園子、石野良純
    • Organizer
      平成27年度日本生化学会九州支部例会
    • Place of Presentation
      九州大学、福岡
    • Year and Date
      2015-05-16 – 2015-05-17
  • [Presentation] 超好熱性アーキアからの新規ミスマッチ塩基特異的エンドヌクレアーゼの発見2015

    • Author(s)
      織田宗一郎、西 祐紀、石野園子、山上 健、上森隆司、相良武宏、石野良純
    • Organizer
      平成27年度日本生化学会九州支部例会
    • Place of Presentation
      九州大学、福岡
    • Year and Date
      2015-05-16 – 2015-05-17
  • [Presentation] 好熱性アーキアThermoplasma acidophilumにおけるDNA複製ヘリカーゼの活性化機構2015

    • Author(s)
      尾木野弘実、石野園子、Gyri Teien Haugland、Nils-Kare Birkeland、神田大輔、石野良純
    • Organizer
      平成27年度日本生化学会九州支部例会
    • Place of Presentation
      九州大学、福岡
    • Year and Date
      2015-05-16 – 2015-05-17
  • [Presentation] Disrupted tRNA genes and their splicing regulations.2015

    • Author(s)
      A. Kanai
    • Organizer
      The 2nd Symposium on Complex Biodynamics & Networks
    • Place of Presentation
      Tsuruoka, Japan
    • Year and Date
      2015-05-13
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] CRISPRの発見と遺伝子工学への応用,「進化するゲノム編集技術」第1編第1章第2節2015

    • Author(s)
      石野良純
    • Total Pages
      400
    • Publisher
      株式会社エヌ・ティー・エス
  • [Book] DNA replication in thermophilic microorganisms,InThermophilic Microorganisms.,2015

    • Author(s)
      Ishino, S. and Ishino, Y
    • Total Pages
      254
    • Publisher
      Caister Academic Press
  • [Remarks] 九州大学 蛋白質化学工学研究室 研究成果 論文発表

    • URL

      http://www.agr.kyushu-u.ac.jp/lab/pce-web/achievement.html

  • [Remarks] 九州大学 蛋白質化学工学研究室 研究成果 学会発表

    • URL

      http://www.agr.kyushu-u.ac.jp/lab/pce-web/meeting.html

URL: 

Published: 2017-01-06   Modified: 2022-02-02  

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