2016 Fiscal Year Annual Research Report
Integrative study of nucleotide sequence evolution using primate genomes as model
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26251040
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| Research Institution | National Institute of Genetics |
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Principal Investigator |
斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 教授 (30192587)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
池尾 一穂 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 准教授 (20249949)
太田 聡史 国立研究開発法人理化学研究所, バイオリソースセンター, 専任研究員 (30391890)
長田 直樹 北海道大学, 情報科学研究科, 准教授 (70416270)
古賀 章彦 京都大学, 霊長類研究所, 教授 (80192574)
北野 誉 茨城大学, 工学部, 准教授 (90400564)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 霊長類 / CNS / 遺伝子変換 / Rh式血液型遺伝子 / ABO式血液型遺伝子 / ゲノム解析 / カピバラ / ムササビ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
斎藤は、ヒト科だけで高度に保存されている非コード領域（CNS）の解析をおこなった (Saber et al. 2016)。さらにヒト上科のＣＮＳについても解析をおこない、現在論文を投稿中である。また、真核生物全体でＣＮＳの解析をおこない、脊椎動物ＣＮＳの特殊性を見いだして、論文を発表した (Hettiarachchi & Saitou 2016)。またカピバラとムササビについて、ゲノム配列の解析を進めた。古賀は、新世界ザル３種でCENP-B boxを発見した（Kugou et al. 2016; Suntronpong et al. 2016）。長田はカニクイザルの遺伝子CXCL1Lにおけるスプライス変異体の解析をおこなった（Nomiyama et al. 2017）。池尾は、アカゲザルゲノムをリファレンスに、カニクイザルゲノムのアノテーションを行なった。また、SNPs情報をゲノムにマッピングし利用可能にするとともに、RNAseqのデータもゲノムへマッピングし参照可能とした。アノテーションの結果は、遺伝子名、コンンティグ状の位置で検索可能とし、それぞれrefseq、GenBankへのリンクを行うことにより詳細情報を参照可能とした。北野は斎藤とともに、チンパンジーのRh式遺伝子の塩基配列について詳細に解析し、順系相同（オーソロジー）と傍系相同（パラロジー）の区別がはっきりできなくなるほど遺伝子変換がひんぱんに生じてきたことをしめした（Kitano et al. 2016）.一方、テナガザル数種を含む様々な霊長類のABO式血液型遺伝子のハプロタイプの塩基配列を決定し、その進化過程の解析も行った。ABO式血液型遺伝子には、組換えが多く含まれていることが示唆されているので、系統ネットワーク法を用いて、組換えの影響を最小限にするような解析の工夫を行った。
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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