2016 Fiscal Year Annual Research Report
Ecogenomics studies for the genetic basis of adaptive speciation
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26251044
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
曽田 貞滋 京都大学, 理学研究科, 教授 (00192625)
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| Project Period (FY) |
2014-06-27 – 2018-03-31
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| Keywords | 適応的種分化 / 生態ゲノミクス / 遺伝的基盤 / オサムシ / 適応的形態 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
（１）交尾器形態種間差に関与するQTLの探索とゲノム上の原因遺伝子探索：イワワキオサムシ，マヤサンオサムシの種間交雑によってF2個体を得て，RADシーケンスにより連鎖地図作成と交尾器形態QTLの解析を行った．この解析においては，ドウキョウオサムシのゲノム配列を参照した．さらにイワワキオサムシ，マヤサンオサムシのゲノムシーケンスデータを複数個体分取得し，ドウキョウオサムシのゲノム上にマッピングして，ゲノム上のQTL領域における種特異的なSNPの探索を行った．その結果，交尾器形態の種間差に関わるとみられる遺伝子領域と塩基置換を特定した．この結果について，論文作成を進めた．
（２）交尾器発生過程の遺伝子発現パターンの種間比較：近縁でありながら交尾器形態が大きく異なるイワワキオサムシ，マヤサンオサムシ，ドウキョウオサムシの終令幼虫期（前蛹期を含む）・蛹期の遺伝子発現パターンを種間・性間・ステージ間で比較するために，腹部交尾器部分からRNAを抽出し，Illumina HiSeq4000によりmRNAをpaired endライブラリーをシーケンスした．データ解析を行い，交尾器形成過程で発現に種間差のある遺伝子を探索している．
（３）ヒメオサムシの体サイズ変異の遺伝的基盤：体サイズの異なる２集団から得た個体を交配し，F2個体を得た．RADシーケンスにより連鎖地図作成と交尾器形態QTLの解析を行った．この解析においては，ヒメオサムシのゲノム配列を参照した．ゲノム上の体サイズQTL付近に存在する候補遺伝子（成長・サイズ制御に関わる機能を持つ遺伝子）について精査し，結果をまとめて論文を投稿した．
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
ゲノム解読とQTL解析に基づく原因領域と候補遺伝子の探索に関しては，交尾器形態，体サイズとも成果が得られており，体サイズに関しては論文が投稿できた．また交尾器に関しても次年度前半に論文の投稿が可能である．トランスクリプトーム比較による交尾器形成に関する遺伝子発現パターンの種間比較についても順調にデータが得られている．
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| Strategy for Future Research Activity |
ゲノム解読とQTL解析に基づく原因領域と候補遺伝子の探索に関する２本の論文の出版を実現する．トランスクリプトーム比較による交尾器形成に関する遺伝子発現パターンの種間比較に関して，データ解析を精密に行うとともに，主要な発現変動遺伝子についてRNA干渉実験を行い，交尾器形態への影響を調べる．
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