• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2016 Fiscal Year Annual Research Report

Mechanisms of symbiotic evolution and N2O mitigation of soybean bradyrhizobia

Research Project

Project/Area Number 26252065
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

南澤 究  東北大学, 生命科学研究科, 教授 (70167667)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 佐藤 修正  東北大学, 生命科学研究科, 准教授 (70370921)
内田 隆史  東北大学, 農学研究科, 教授 (80312239)
Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Keywords生物間相互作用 / 共生 / タンパク質分泌系 / 脱窒
Outline of Annual Research Achievements

ダイズ根粒菌のRj2-ダイズ共生不和合性の分子機構:Rj2ダイズに共生不和合性を誘導するUSDA122株のエフェクター遺伝子 nop BD122_09010を遺伝子破壊で同定した。共生和合性を示すUSDA110株にも当該遺伝子があり、BD122_09010とは4アミノ酸残基の置換が存在した。USDA122株とUSDA110株の当該nop遺伝子のスワッピング実験により、USDA122型のnop遺伝子の産物が共生不和合性を起こすことが証明され、当初目標を達成した。また、rj2ダイズにRj2遺伝子を形質転換したダイズを材料として、nop遺伝子の産物が、Rj2原因遺伝子Glyma16g33780の産物(R)を介して共生不和合性が起こることを証明した。さらなる分子機構の解明が、当該nop遺伝子産物と宿主Rタンパク質による根粒菌のせめぎ合い型の共進化について重要な科学的根拠を与えると考えられる。
ダイズ根粒菌nasSTによる脱窒遺伝子発現制御の解析:二成分制御系のNasTタンパク質によるN2O還元酵素遺伝子nosZを含むnosRZDFYLX 遺伝子群のアンチターミネーション制御について検討した。nosR遺伝子上流の5’リーダーRNA配列のヘアピン構造H1, H2を欠失させたところ、硝酸非存在下特異的なnosRZD遺伝子の発現誘導が観察された。ヘアピンH1を欠失されたRNAはNasT結合能を失った。これらの結果は、nos遺伝子群の発現は、H1, H2両方の転写終結により抑制されると考えられた。したがって、nasSTは硝酸同化制御のみでなく、硝酸異化系の制御に関わっており、硝酸センサーNasSとそのレギュレータNasTのアンチターミネーション制御によるnosR遺伝子発現までの制御系の仕組みが明らかとなった。これらの知見はN2O還元酵素活性の高いダイズ根粒菌の作出の基盤となると考えられた。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (23 results)

All 2017 2016

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 6 results,  Acknowledgement Compliant: 6 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 3 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Complete genome sequence of Bradyrhizobium japonicum J5, isolated from a soybean nodule in Hokkaido, Japan2017

    • Author(s)
      Kazuma Kanehara, Kiwamu Minamisawa.
    • Journal Title

      Genome Announc.

      Volume: 5(6) Pages: e01619-16.

    • DOI

      10.1128/genomeA.01619-16.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Complete genome sequence of Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 122,a nitrogen-fixing soybean symbiont2017

    • Author(s)
      Masayuki Sugawara, Takahiro Tsukui, Takakazu Kaneko, Yoshiyuki Ohtsubo, Shusei Sato, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Hisayuki Mitsui, Kiwamu Minamisawa.
    • Journal Title

      Genome Announc.

      Volume: 5(9) Pages: e01743-16.

    • DOI

      10.1128/genomeA.01743-16.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Origin and evolution of nitrogen fixation genes on symbiosis islands and plasmid in Bradyrhizobium.2016

    • Author(s)
      Takashi Okubo, Pongdet Piromyou, Panlada Tittabutr, Neung Teaumroong, and Kiwamu Minamisawa.
    • Journal Title

      Microbes Environ.

      Volume: 31(3) Pages: 260-267

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME15159

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Metagenomic analysis revealed methylamine and ureide utilization of soybean-associated Methylobacterium.2016

    • Author(s)
      Tomoyuki Minami, Misue Anda, Hisayuki Mitsui, Masayuki Sugawara, Takakazu Kaneko, Shusei Sato, Seishi Ikeda, Takashi Okubo, Hirohito Tsurumaru, Kiwamu Minamisawa.
    • Journal Title

      Microbes Environ.

      Volume: 31(3) Pages: 268-278

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME16035

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Draft genome sequence of Methylosinus sp. strain 3S-1, an isolate from rice root in a low-N paddy field.2016

    • Author(s)
      Zhihua Bao, Ryo Shinoda, and Kiwamu Minamisawa.
    • Journal Title

      Genome Announc.

      Volume: 4(5) Pages: e00932-16.

    • DOI

      10.1128/genomeA.00932-16

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Mitigation of soil N2O emission by inoculation with a mixed culture of indigenous Bradyrhizobium diazoefficiens.2016

    • Author(s)
      Hiroko Akiyama, Yuko Takada Hoshino, Manabu Itakura, Yumi Shimomura, Yong Wang, Akinori Yamamoto, Kanako Tago, Yasuhiro Nakajima, Kiwamu Minamisawa & Masahito Hayatsu.
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 6 Pages: 32869

    • DOI

      10.1038/srep32869

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] ダイズとBradyrhizobium diazoefficiensとの共生不和合性を誘導する根粒菌3型分泌エフェクター2017

    • Author(s)
      菅原雅之 ,岩野裕也 ,今道仁 ,高橋智子 ,佐藤修正 ,梅原洋佐 ,三井 久幸 ,南澤究
    • Organizer
      日本農芸化学会2017年度大会
    • Place of Presentation
      ウェスティン都ホテル京都、京都女子大学(京都府京都市)
    • Year and Date
      2017-03-17 – 2017-03-20
  • [Presentation] 開花特性からみたミヤコグサの地域適応戦略の解析2017

    • Author(s)
      川村弥司子,王明卓,日下部翔平,菊池裕喜,佐藤修正
    • Organizer
      第58回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学 群元キャンパス(鹿児島県鹿児島市)
    • Year and Date
      2017-03-16 – 2017-03-18
  • [Presentation] ダイズ根粒菌3型分泌エフェクター遺伝子の多様性2017

    • Author(s)
      高橋智子、菅原雅之、三井久幸、南澤究
    • Organizer
      第11回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      慶應義塾大学 湘南藤沢キャンパス(神奈川県藤沢市)
    • Year and Date
      2017-03-02 – 2017-03-04
  • [Presentation] 温室効果ガスを減らす植物共生細菌2017

    • Author(s)
      南澤究
    • Organizer
      日本生物工学会東日本支部賀詞交歓会
    • Place of Presentation
      アサヒビールタワー(東京都千代田区)
    • Year and Date
      2017-01-27 – 2017-01-27
    • Invited
  • [Presentation] Frontiers of plant-associated bacteria2016

    • Author(s)
      Kiwamu Minamisawa
    • Organizer
      4th Asian Conference Plant-Microbe Symbiosis and Nitrogen Fixation (4APMNF)
    • Place of Presentation
      PARKROYAL Penang Resort(Penang, Malaysia)
    • Year and Date
      2016-10-16 – 2016-10-19
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Differences in the denitrification pathway between Bradyrhizobium diazoefficiens and B. japonicum under strictly anaerobic conditions2016

    • Author(s)
      Arthur Fernandes Siqueira, Cristina Sanchez, Kiwamu Minamisawa
    • Organizer
      4th Asian Conference Plant-Microbe Symbiosis and Nitrogen Fixation (4APMNF)
    • Place of Presentation
      PARKROYAL Penang Resort(Penang, Malaysia)
    • Year and Date
      2016-10-16 – 2016-10-19
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Rhizobial effector protein inducing the symbiotic incompatibility between Bradyrhizobium diazoefficiens and soybean plants2016

    • Author(s)
      Masayuki Sugawara, Hiroya Iwano, Hitoshi Kondo, Satoko Takahashi, Shohei Kusakabe, Shusei Sato, Yosuke Umehara, Hisayuki Mitsui, Kiwamu Minamisawa
    • Organizer
      4th Asian Conference Plant-Microbe Symbiosis and Nitrogen Fixation (4APMNF)
    • Place of Presentation
      PARKROYAL Penang Resort(Penang, Malaysia)
    • Year and Date
      2016-10-16 – 2016-10-19
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ダイズとBradyrhizobium diazoefficiensとの共生不和合性を誘導する根粒菌エフェクター2016

    • Author(s)
      菅原雅之 ,岩野裕也 ,今道仁 ,高橋智子 ,日下部翔平 ,佐藤修正 ,梅原洋佐 ,三井 久幸 ,南澤究
    • Organizer
      植物微生物研究会第26回研究交流会
    • Place of Presentation
      東北大学片平キャンパスさくらホール(宮城県仙台市)
    • Year and Date
      2016-09-07 – 2016-09-09
  • [Presentation] 共生不和合性を誘導する根粒菌エフェクターのダイズによる認識と応答2016

    • Author(s)
      今道仁, 菅原雅之, 岩野裕也, 佐藤修正, 三井久幸, 南澤究
    • Organizer
      植物微生物研究会第26回研究交流会
    • Place of Presentation
      東北大学片平キャンパスさくらホール(宮城県仙台市)
    • Year and Date
      2016-09-07 – 2016-09-09
  • [Presentation] ダイズ根粒菌3型分泌エフェクター遺伝子の多様性2016

    • Author(s)
      高橋智子、鈴木悠太、菅原雅之、三井久幸、南澤究
    • Organizer
      植物微生物研究会第26回研究交流会
    • Place of Presentation
      東北大学片平キャンパスさくらホール(宮城県仙台市)
    • Year and Date
      2016-09-07 – 2016-09-09
  • [Presentation] Enrichment of nasS mutant of Bradyrhizobium diazoefficiens with higher N2O reductase activity to recover naturally-rare nosZ++ strains2016

    • Author(s)
      Arthur F. Siqueira, Manabu Itakura, Kiwamu Minamisawa
    • Organizer
      植物微生物研究会第26回研究交流会
    • Place of Presentation
      東北大学片平キャンパスさくらホール(宮城県仙台市)
    • Year and Date
      2016-09-07 – 2016-09-09
  • [Presentation] Functional characterization of Bradyrhizobium oligotrophicum S58 Cu-type and cd1-type nitrite reductase genes2016

    • Author(s)
      Cristina Sanchez, Kiwamu Minamisawa
    • Organizer
      植物微生物研究会第26回研究交流会
    • Place of Presentation
      東北大学片平キャンパスさくらホール(宮城県仙台市)
    • Year and Date
      2016-09-07 – 2016-09-09
  • [Presentation] Plant-associated Aureimonas with the sole rRNA operon on a tiny plasmid2016

    • Author(s)
      Kiwamu Minamisawa
    • Organizer
      16th International Symposium on Microbial Ecology
    • Place of Presentation
      Palais des Congres de Montreal(Montreal, Canada)
    • Year and Date
      2016-08-21 – 2016-08-26
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] メタゲノム解析によるダイズ Methylobacterium 属細菌のメチルアミン・ウレイド代謝の発見2016

    • Author(s)
      南智之・按田瑞恵・三井久幸・菅原雅之・金子貴一・佐藤修正・池田成志・南澤究
    • Organizer
      日本土壌微生物学会2016年度大会
    • Place of Presentation
      岐阜大学全学共通教育講義棟(岐阜県岐阜市)
    • Year and Date
      2016-06-11 – 2016-06-12
  • [Presentation] Differences in the denitrification pathway between Bradyrhizobium diazoefficiens and Bradyrhizobium japonicum under strictly anaerobic conditions2016

    • Author(s)
      Arthur F. Siqueira・Cristina Sanchez・Manabu Itakura・Kiwamu Minamisawa
    • Organizer
      日本土壌微生物学会2016年度大会
    • Place of Presentation
      岐阜大学全学共通教育講義棟(岐阜県岐阜市)
    • Year and Date
      2016-06-11 – 2016-06-12
  • [Book] 共生微生物 生物と密接に関わるミクロな生命体2016

    • Author(s)
      南澤究
    • Total Pages
      281 (138-146)
    • Publisher
      化学同人
  • [Book] 肥料科学2016

    • Author(s)
      南澤究
    • Total Pages
      38: 109 (79-108)
    • Publisher
      肥料科学研究所

URL: 

Published: 2018-01-16  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi